mia-ps-portable - vault backup: 2026-06-10 14:41:13 - 8 files modified

Affected files:
.obsidian/types.json
.obsidian/workspace.json
Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md
Thèse/Axes/Phylogénie/SBM avec covariance latente.md
Thèse/Projets annexes/Application colBiSBM réseaux d'optimisation de NN.md
Thèse/Projets annexes/Applications colBiSBM pour impact pratiques agris sur interactions plantes pollinisateurs.md
Thèse/Projets annexes/VGAE avec (Gromov-)Wasserstein.md
Thèse/Résolution des problèmes/Problème avec renv.md

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+    "Thèse/Résolution des problèmes/Problème avec renv.md",
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     "Thèse/Séminaires/2026-06-09 VICTOR François.md",
     "Thèse/Séminaires/2026-06-09 FRANCHETERRE Blanche.md",
     "Perso/Tâches/2026-05-17.md",
-    "Thèse/Axes/Phylogénie/SBM avec covariance latente.md",
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     "Thèse/Tutoriel ABC.md",
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@@ -261,17 +258,10 @@
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     "Thèse/StateOfTheR",
     "Thèse/Groupes de travail/Modèles génératifs/VAE pour la régularisation de problème inverse.md",
-    "Thèse/Séminaires/2026-05-28 SILVA BERNARDES Juliana.md",
     "Thèse/Groupes de travail/Modèles génératifs",
     "Thèse/Groupes de travail",
-    "Meta/Modèles/Séminaire_Template.md",
-    "Thèse/Séminaires/2026-05-28 NOM.md",
-    "Thèse/Séminaires/2026-05-28.md",
-    "Thèse/Séminaires/null.md",
-    "2026-05-28.md",
     "public/index-listing.json",
     "index-listing.json",
-    "site_libs/quarto-listing/quarto-listing.js",
+    "site_libs/quarto-listing/quarto-listing.js"
-    "site_libs/quarto-listing/list.min.js"
   ]
 }

Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md

@@ -123,7 +123,7 @@ Thank you for your submission. I hope these comments enable you to revise the wo
 - [x] Lire le papier de [[@neumannBipartiteStochasticBlock2018]] 🆔 d2pqyo ✅ 2026-06-01
 - [x] Lire le papier ArXiv de Pierre sur la taille pour ajouter Neumann en conclusion. ✅ 2026-06-09
 - [ ] Ajouter les VGAEs dans le dépôt code-colBiSBM 🆔 hszuud
-- [ ] Reprendre les VGAE sur Baldock et faire tourner avec : ⛔ hszuud
+- [ ] Reprendre les VGAE sur Baldock et faire tourner avec : 🆔 p0n5me ⛔ hszuud
     + une constante
     + Le degré corrigé des NAs
 - [x] Il faut qu'on discute de comment on parle du point 1 du reviewer 1 sur comment adoucir l'hypothèse des $\alpha$ ✅ 2026-06-09

Thèse/Axes/Phylogénie/SBM avec covariance latente.md

@@ -1,3 +1,7 @@
+# Inclusion dans la thèse
+
+Ce modèle ci est une proposition pour remettre en cause l'hypothèse du LBM d'indépendance des $Z_{i}$ en définissant une structure de dépendance dépendantes de la phylogénie.
+
 # Idée du modèle
 
 ![[local_macros.tex]]
@@ -825,35 +829,25 @@ $$
 	\end{align*}
 $$
 
-**A MODIFIER**
+À la fin 
 
-On a :
+$$
+	W_{j} \sim \Cat_{R}(\tilde{\rho}_{1:R}^j)
+$$
+
+### Implémentation
 
 $$
 \begin{align*}
-  p(Z_{i}\mid P_{i}) & = \ilr^{-1}(P_{i}) = (\pi_{i,1},\dots,\pi_{i,k},\dots,\pi_{i,K}) \\
+ \log \tilde{p_{jr}} & = \log \rho_{r} + \sum_{q=1}^{Q} [R_{jq}^{Z} \log\alpha_{q,r} + F_{jq}^W\log{(1-\alpha_{q,r})}] \\
-  p(Y_{i,\bullet}\mid Z_{i}, \alpha, W) & = \prod_{j=1}^{n_{2}} \alpha_{Z_{i},W_{j}}^{Y_{ij}}(1- \alpha_{Z_{i},W_{j}})^{1-Y_{ij}} \\
+ \tilde{\rho}_{jr} &= \frac{\exp(\log \tilde{p}_{jr} - m_{j})}{\sum_{l=1}^{R}\exp(\log \tilde{p_{jr}}-m_{j})},\quad m_{j} = \max_{l} \log p_{jr}
-  p(Z_{i} = k \mid P_{i}) & = \pi_{i,k} \\
-  p(Y_{i,\bullet}\mid Z_{i} = k, \alpha, W) & = \prod_{j=1}^{n_{2}} \prod_{r=1}^{R}\alpha_{k,r}^{\mathbb{1}_{W_{j} = r} Y_{ij}}(1- \alpha_{k,r})^{\mathbb{1}_{W_{j} = r}(1-Y_{ij})} \\
-  & = \prod_{r=1}^{R} \alpha_{k,r}^{\sum_{j=1}^{n_{2}}W_{jr}Y_{ij}} (1-\alpha_{k,r})^{\sum_{j=1}^{n_{2}}W_{jr}(1-Y_{ij})}
 \end{align*}
 $$
 
-En posant $R_{ir}=\sum_{j=1}^{n_{2}}W_{jr}Y_{ij}$ et $F_{ir}=\sum_{j=1}^{n_{2}}W_{jr}(1-Y_{ij})$ on définit les matrices $\mathbf{R}$ et $\mathbf{F}$ qui comptent les succès et échecs par ligne $i$ et groupe $r$.
+Ainsi :
-
-Ce qui donne pour les $\tilde{\pi}_{i,k}$ de la posterior:
 
 $$
-\begin{align*}
+\log \tilde{R} = \log(\rho) + \mathbf{R}^Z\log\alpha^{\top} + \mathbf{F}^Z \log(1-\alpha)^{\top}
-\tilde{\pi}_{i,k} = p(Z_{i} = k\mid Y_{i,\bullet},\alpha,W,P_{i}) & \propto p(Y_{i,\bullet}\mid Z_{i} = k, \alpha, W, P_{i})p(Z_{i}=k\mid P_{i})\\
-& \propto \pi_{i,k} \prod_{r=1}^{R} \alpha_{k,r}^{R_{ir}}(1-\alpha_{k,r})^{F_{ir}}
-\end{align*}
-$$
-
-Et ainsi à la fin :
-
-$$
-Z_{i}\mid P_{i}, Y, W, \alpha \sim \Cat_{K}(\tilde{\pi}_{i,1},\dots, \tilde{\pi}_{i,K})
 $$
 
 ## Loi de $\alpha \mid Y,Z,W$

Thèse/Projets annexes/Application colBiSBM réseaux d'optimisation de NN.md

@@ -0,0 +1,26 @@
+---
+title: Application colBiSBM réseaux d'optimisation de NN
+categories:
+  - machine learning
+  - graphes
+  - colbisbm
+  - interprétabilité
+author:
+  - Julian Agudelo Acosta
+  - Louis Lacoste
+---
+  
+
+Suite à la discussion avec Julian j'inscris ce que l'on s'est dit.
+
+# TODO
+
+- [ ] En attente réception réseaux de Julian
+
+# Idée principale
+
+Julian a utilisé la technique #STN pour obtenir des réseaux qui résument l'entraînement de réseaux de neurones.
+
+Il espère pouvoir en tirer une manière de différencier les réseaux qui auraient mémorisé de ceux qui auraient généralisé.
+
+**On peut appliquer colSBM sur ces réseaux !**

Thèse/Projets annexes/Applications colBiSBM pour impact pratiques agris sur interactions plantes pollinisateurs.md

@@ -0,0 +1,59 @@
+---
+title: Pour application du modèle colBiSBM sur données interaction PP et pratiques agricoles
+categories:
+  - application
+  - agricole
+  - graphe
+  - collection
+  - lbm
+  - sbm
+author:
+  - Louis Lacoste
+  - Alizée Geffroy
+  - Jean Cohen
+---
+
+{{< include /_macros.tex >}}
+
+# TODO
+
+- [ ] Écrire un script pour télécharger les données des diverses sources
+- [ ] Écrire un script de prétraitement des données pour les mettre au bon format
+- [ ] Appliquer colBiSBM sur les réseaux
+
+# Idée de l'application
+
+En discutant avec Alizée et grâce aux ressources de la [section "Liens" données par Jean](#liens) possible d'essayer de voir l'impact sur la structure des réseaux plantes-pollinisateurs des pratiques agricoles autour des espaces de pollinisation.
+
+# Point à éclaircir
+
+1. Quels réseaux plantes-pollinisateurs choisir, où les trouver ? Besoin de réseaux en France pour la facilité.
+
+2. Faut-il utiliser les covariables seulement de manière *post-hoc* pour corréler avec le *clustering* de réseaux obtenus ?
+
+3. Comment encoder les covariables ?
+- Est-ce que je les mets sous forme de pourcentage dans un *buffer* (quel rayon ?) comme Jean ? Alors problèmes inhérents aux données compositionnelles mais facilité d'exécution ?
+- Quelle distance considérer pour l'impact des pratiques agricoles, distance variables par pollinisateurs en soit ? Besoin de connaissances expertes.
+- Besoin d'homogénéiser les échelles ? Ou a minima d'en choisir une ou plusieurs à considérer pour les covariables ?
+- Gestion de gros tableaux de données pas simple.
+1. **Le temps ???**
+
+# Liens
+
+CORINE Land Cover et extraction en R
+
+Très gros grain :
+
+<https://fr.wikipedia.org/wiki/Corine_Land_Cover> et le package de Jean pour l'extraction des *buffers* de types d'utilisation des sols :
+
+<https://github.com/jean-cohen/corine.land.cover.landuse.extraction>
+
+Les cartes de données :
+
+- Carte du Bio et des types de cultures échelle parcelle : <https://www.agencebio.org/cartobio/>
+
+- Échelle code postal, achat de phytosanitaires : <https://ventes-produits-phytopharmaceutiques.eaufrance.fr/>
+
+- Thèse de Milena Cairo, classification des parcelles selon les pratiques en pesticides : <https://theses.hal.science/tel-05038286>
+
+- Recensement des parcelles et du type de culture : <https://cartes.gouv.fr/rechercher-une-donnee/dataset/IGNF_RPG?redirected_from=geoservices.ign.fr>

Thèse/Projets annexes/VGAE avec (Gromov-)Wasserstein.md

@@ -0,0 +1,61 @@
+---
+title: Variational Graph AutoEncoder with Wasserstein
+categories:
+  - convolution
+  - machine learning
+  - vae
+  - graphes
+author:
+  - Julian Agudelo Acosta
+  - Louis Lacoste
+---
+
+{{< include /_macros.tex >}}
+
+  
+
+Suite à la discussion avec Julian j'inscris ce que l'on s'est dit.
+
+# TODO
+
+- [ ] Mettre au propre mes expés VGAE ⛔ p0n5me 📅 2026-07-01
+- [ ] Discuter avec Julian pour préparer un papier d'études d'archis de VGAE pour #JDSE 📅 2026-07-02
+- [ ] 🔺 AVOIR SOUMIS aux #JDSE avant le **==28 August 2026==** 📅 2026-08-28
+
+# Idée principale
+
+Les VAE avec convolution de graphes (GCN) permettent d'apprendre une représentation latente des noeuds d'un graphe basée sur les interactions entre noeuds.
+
+**Objectif** : apprendre un même encodeur et donc un espace latent structuré pour clusteriser une collection de réseaux sur la base de la structure.
+
+*Sous-objectif* : pouvoir prendre en compte des covariables (Fused Wasserstein ?).
+
+## Principe du VAE:
+
+Soit $Y$ une matrice d'adjacence (ou de bi-adjacence pour les graphes bipartites), $X$ une matrice de covariables.
+
+Soit $D_1$ la matrice des degrés en ligne, $D_2$ la matrice des degrés en colonne.
+
+$\widetilde{Y} = D_1^{-1/2} Y D_2^{-1/2}$
+
+**à compléter**
+
+  
+
+# Apprentissage contrastif
+
+Puisque l'on voudrait marquer la séparation entre différentes structures de réseaux, on pourrait vouloir faire de l'[apprentissage contrastif pour V(G)AE](https://u9534056.medium.com/an-overview-of-contrastive-learning-fa520f5f2c23).
+
+## Hypersphère méga cool
+
+Il faut creuser : forcer les contraintes des *embeddings* à vivre sur la surface d'une hypersphère car, d'après Julian et la littérature, par rapport à un espace euclidien cela permet d'avoir :
+
+- position latente bornée : stabilisation de l'apprentissage et évite l'explosion dans une ou plusieurs directions.
+
+- couverture "uniforme" de la sphère : tendance à faciliter l'apprentissage contrastif, avec l'idée de bien séparer les graphes aux structures différentes.
+
+[Première source](https://www.envisioning.com/vocab/hyperspherical-representation-learning)
+
+  
+
+Le softmax est remplacée par la loi de von Mises-Fisher. D'après [Wikipédia](https://fr.wikipedia.org/wiki/Loi_de_von_Mises-Fisher#Relation_avec_la_loi_normale) équivalent de la loi normale multivariée à covariance isotrope restreinte à l'hypersphère unité.

Thèse/Résolution des problèmes/Problème avec renv.md

@@ -11,7 +11,7 @@ Le package 'truc' n'as pas Meta/package.rds
 Il semblerait que j'avais mal spécifié l'option pkgType (peut-être avait-elle sauté pendant la mise à jour, que sais-je ?). Elle était à "both" là où en la changeant en "source", `{renv}` parvient à installer les packages.
 
 ```r
-option(pkgType = "source")
+options(pkgType = "source")
 renv::restore()
 ```