vault backup: 2026-06-10 15:18:06

Affected files:
.obsidian/plugins/obsidian-tasks-plugin/main.js
.obsidian/plugins/obsidian-tasks-plugin/manifest.json
.obsidian/workspace.json
Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md
Thèse/Packages/R/colSBM.md
Thèse/Projets annexes/Application colBiSBM réseaux d'optimisation de NN.md
Thèse/Projets annexes/VGAE avec (Gromov-)Wasserstein.md
Thèse/Résolution des problèmes/Problème avec renv.md

.obsidian/plugins/obsidian-tasks-plugin/manifest.json

@@ -1,7 +1,7 @@
 {
   "id": "obsidian-tasks-plugin",
   "name": "Tasks",
-  "version": "8.0.0",
+  "version": "8.1.0",
   "minAppVersion": "1.8.7",
   "description": "Track tasks across your vault. Supports due dates, recurring tasks, done dates, sub-set of checklist items, and filtering.",
   "helpUrl": "https://publish.obsidian.md/tasks/",

.obsidian/workspace.json

@@ -6,20 +6,63 @@
       {
         "id": "1cf21b6cf48676e1",
         "type": "tabs",
+        "dimension": 55.52282768777614,
         "children": [
           {
-            "id": "5a22d122169dedf7",
+            "id": "9008c2c9f7c08ed0",
+            "type": "leaf",
+            "pinned": true,
+            "state": {
+              "type": "markdown",
+              "state": {
+                "file": "Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md",
+                "mode": "source",
+                "source": false,
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+              },
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+              "icon": "lucide-file",
+              "title": "Review papier colBiSBM"
+            }
+          },
+          {
+            "id": "bd694dfa434e6a04",
             "type": "leaf",
             "state": {
               "type": "markdown",
               "state": {
-                "file": "Thèse/Projets annexes/Application colBiSBM réseaux d'optimisation de NN.md",
+                "file": "Thèse/Résolution des problèmes/Problème avec renv.md",
                 "mode": "source",
                 "source": false,
                 "backlinks": false
               },
               "icon": "lucide-file",
-              "title": "Application colBiSBM réseaux d'optimisation de NN"
+              "title": "Problème avec renv"
+            }
+          }
+        ],
+        "currentTab": 1
+      },
+      {
+        "id": "093b69f5907f4d4c",
+        "type": "tabs",
+        "dimension": 44.47717231222386,
+        "children": [
+          {
+            "id": "5a22d122169dedf7",
+            "type": "leaf",
+            "pinned": true,
+            "state": {
+              "type": "markdown",
+              "state": {
+                "file": "Résumé des tâches.md",
+                "mode": "source",
+                "source": false,
+                "backlinks": false
+              },
+              "pinned": true,
+              "icon": "lucide-file",
+              "title": "Résumé des tâches"
             }
           }
         ]
@@ -225,21 +268,24 @@
       "templater-obsidian:Templater": false
     }
   },
-  "active": "5a22d122169dedf7",
+  "active": "bd694dfa434e6a04",
   "lastOpenFiles": [
-    "macros.tex.md",
+    "Thèse/Packages/R/colSBM.md",
+    "Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md",
+    "Thèse/Packages/R",
+    "Thèse/Packages",
     "Thèse/Projets annexes/Application colBiSBM réseaux d'optimisation de NN.md",
+    "Thèse/Projets annexes/Applications colBiSBM pour impact pratiques agris sur interactions plantes pollinisateurs.md",
+    "Résumé des tâches.md",
+    "Thèse/TODO/2026-05-18.md",
+    "macros.tex.md",
     "Thèse/Lectures/local_macros.tex.md",
     "Thèse/Projets annexes/VGAE avec (Gromov-)Wasserstein.md",
-    "Thèse/Projets annexes/Applications colBiSBM pour impact pratiques agris sur interactions plantes pollinisateurs.md",
-    "Thèse/TODO/2026-05-18.md",
     "Thèse/Projets annexes",
     "Thèse/Axes/Phylogénie/SBM avec covariance latente.md",
     "Thèse/Résolution des problèmes/Problème avec renv.md",
     "Thèse/Lectures/@quericBridgingMaximumLikelihood2026.md",
     "@quericBridgingMaximumLikelihood2026.md",
-    "Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md",
-    "Résumé des tâches.md",
     "Thèse/Résumés séminaires.md",
     "Thèse/Séminaires/2026-06-09 VICTOR François.md",
     "Thèse/Séminaires/2026-06-09 FRANCHETERRE Blanche.md",
@@ -257,11 +303,8 @@
     "Thèse/StateOfTheR/HappyR/Sans titre",
     "Thèse/StateOfTheR/HappyR",
     "Thèse/StateOfTheR",
-    "Thèse/Groupes de travail/Modèles génératifs/VAE pour la régularisation de problème inverse.md",
     "Thèse/Groupes de travail/Modèles génératifs",
     "Thèse/Groupes de travail",
-    "public/index-listing.json",
-    "index-listing.json",
-    "site_libs/quarto-listing/quarto-listing.js"
+    "public/index-listing.json"
   ]
 }

Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md

@@ -120,10 +120,11 @@ Thank you for your submission. I hope these comments enable you to revise the wo
 	- [x] Trouver les coquilles et les phrases non finies ✅ 2026-05-29
 	- [x] Écrire fonction vérifiant l'identifiabilité des simulations fournies 🛫 2026-05-19 ✅ 2026-05-19
 - [ ] Faire tourner les simulations (en cours de débug) ⛔ rwls7u
+    - [ ] Besoin de débugger Migale 🔺 
 - [x] Lire le papier de [[@neumannBipartiteStochasticBlock2018]] 🆔 d2pqyo ✅ 2026-06-01
 - [x] Lire le papier ArXiv de Pierre sur la taille pour ajouter Neumann en conclusion. ✅ 2026-06-09
-- [ ] Ajouter les VGAEs dans le dépôt code-colBiSBM 🆔 hszuud
-- [ ] Reprendre les VGAE sur Baldock et faire tourner avec : 🆔 p0n5me ⛔ hszuud
+- [ ] Ajouter les VGAEs dans le dépôt code-colBiSBM 🆔 hszuud ⏫ ⛔ ej7w4j
+- [ ] Reprendre les VGAE sur Baldock et faire tourner avec : 🆔 p0n5me ⛔ hszuud ⏫ 
     + une constante
     + Le degré corrigé des NAs
 - [x] Il faut qu'on discute de comment on parle du point 1 du reviewer 1 sur comment adoucir l'hypothèse des $\alpha$ ✅ 2026-06-09

Thèse/Packages/R/colSBM.md

@@ -0,0 +1,17 @@
+# Bugs
+
+## Merging models vapply
+
+Je rencontre un bug que j'ai fréquemment eu sur Migale:
+
+```
+Merging the 3 modelsErreur dans vapply(models_comparison, function(model) model$BICL, FUN.VALUE = 0.1) : 
+  values must be length 1,
+ but FUN(X[[2]]) result is length 0
+Appels : lapply -> FUN -> <Anonymous> -> vapply
+De plus : Il y a eu 50 avis ou plus (utilisez warnings() pour voir les 50 premiers)
+Exécution arrêtée
+```
+
+- [ ] Essayer de reproduire l'erreur de `vapply` pour la réparer 🆔 ckx0ew
+- [ ] Implémenter un test unitaire pour prévenir la régression ⛔ ckx0ew

Thèse/Projets annexes/Application colBiSBM réseaux d'optimisation de NN.md

@@ -16,6 +16,7 @@ Suite à la discussion avec Julian j'inscris ce que l'on s'est dit.
 # TODO
 
 - [ ] En attente réception réseaux de Julian
+- [ ] Vérifier que #colSBM tourne toujours sur le clustering de réseaux unipartites et débug sinon
 
 # Idée principale
 

Thèse/Projets annexes/VGAE avec (Gromov-)Wasserstein.md

@@ -18,7 +18,7 @@ Suite à la discussion avec Julian j'inscris ce que l'on s'est dit.
 
 # TODO
 
-- [ ] Mettre au propre mes expés VGAE ⛔ p0n5me 📅 2026-07-01
+- [ ] Mettre au propre mes expés VGAE 🆔 ej7w4j ⛔ p0n5me 📅 2026-07-01
 - [ ] Discuter avec Julian pour préparer un papier d'études d'archis de VGAE pour #JDSE 📅 2026-07-02
 - [ ] 🔺 AVOIR SOUMIS aux #JDSE avant le **==28 August 2026==** 📅 2026-08-28
 

Thèse/Résolution des problèmes/Problème avec renv.md

@@ -16,3 +16,13 @@ renv::restore()
 ```
 
 Et hop!
+
+## On peut nettoyer son renv
+
+Avec la commande 
+
+```R
+renv::clean("unused.packages")
+```
+
+Qui enlève les packages non utilisés !