From ab85673b772b3955fdf66cd79657371a9484f4c8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Louis Lacoste Date: Thu, 11 Jun 2026 14:13:23 +0200 Subject: [PATCH] vault backup: 2026-06-11 14:13:23 MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Affected files: .obsidian/workspace.json Thèse/Séminaires/2026-06-11 BRICOUT Barbara.md --- .obsidian/workspace.json | 105 ++++++++++++------ .../Séminaires/2026-06-11 BRICOUT Barbara.md | 100 +++++++++++++++++ 2 files changed, 169 insertions(+), 36 deletions(-) create mode 100644 Thèse/Séminaires/2026-06-11 BRICOUT Barbara.md diff --git a/.obsidian/workspace.json b/.obsidian/workspace.json index fd08dd2..a36a72e 100644 --- a/.obsidian/workspace.json +++ b/.obsidian/workspace.json @@ -6,20 +6,63 @@ { "id": "1cf21b6cf48676e1", "type": "tabs", + "dimension": 55.52282768777614, "children": [ { - "id": "5a22d122169dedf7", + "id": "9008c2c9f7c08ed0", + "type": "leaf", + "pinned": true, + "state": { + "type": "markdown", + "state": { + "file": "Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md", + "mode": "source", + "source": false, + "backlinks": false + }, + "pinned": true, + "icon": "lucide-file", + "title": "Review papier colBiSBM" + } + }, + { + "id": "bd694dfa434e6a04", "type": "leaf", "state": { "type": "markdown", "state": { - 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Mais manque de moyen humains pour faire les comptages tous les ans, donc pas toutes les années. + +**Objectifs**: + +- Estimer la taille de pop +- Donner une tendance + +## Données + +Matrice d'abondance avec bcp de données manquantes, forte variance car espèce grégaires et bcp de 0 car espèces rares. + +Covariables spatiales par site + +Covariables temporelles par année + +Covariables spatio-temporelles par site et par année + +et des données socio-éco. + +**Mécanismes de données manquantes**: Hypo de données *Missing at random* (conditionnellement aux covariables qui sont complètes). + +$Y$ la matrice de comptage, $\Omega$ le masque données observées + +## Modèle ZI-PLN-PCA + +$$ + Y_{ij} = (1-U_{ij})\delta_{0} + U_{ij} P(\exp(x_{ij}\beta+Z_{ij})) +$$ + +Estimation par l'ELBO avec masque sur les données manquantes pour faire l'optimisation uniquement sur les données observées. + +Normalité et variance sandwich pour les paramètres du modèle $\theta$ avec #M-estimateur. + +## Sur simulations à partir de jeux Franco-Italiens + +- Comparaison de modèles avec effets sites, effets années versus avec covariables et effets. => De meilleures covar expliquent mieux et font de meilleures imputations. +- Variance fixé et plusieurs rapport de variance expliquée entre covariables et variables latentes => De meilleures covar permettent de faire une meilleure imputation. +- Comparaison entre ZI et nonZI => Moins d'erreurs d'imputation avec ZI. +- Analyse des Intervalles de prédiction + +## Illustration + +### sur le Fuligule Milouin + +Imputation sur 2023 : 4000 observés -> 35000 estimés + +1990 : ~80000 estimés + +Possible d'estimer la pente de décroissance avec la prise en compte de la variance. + +**Diminution significative de la probabilité de présence et de la population.** + +Décroissance de 3.4% depuis 1990. + +- Détection de point de rupture + +#### Significativité des covariables + +Sur le modèle sans effet site et année + +Signif cohérente avec l'aspect non côtier et plongeur du Fuligule. + +Anomalie de temp positive au printemps : favorable car plus de naissance + +Anomalie de temp positive en hiver : moins d'observation car moins nécessaire de migrer en Afrique Subsaharienne. + +**Lien entre la significativité des espèces**: Modélisation jointe des effets sur les espèces + +### Richesse spécifique : + +- proba de présence sur site en tendance de diminution +- abondance rupture de pente + +## Ouverture sur communautés d'espèces