From cbe404670f005d22885ea6e2e266ad758de82ec5 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Louis Lacoste Date: Fri, 12 Jun 2026 11:43:54 +0200 Subject: [PATCH] vault backup: 2026-06-12 11:43:53 MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Affected files: .obsidian/workspace.json Thèse/Axes/Phylogénie/Modèle mixte avec arbre phylogénétique.md Thèse/Packages/R/colSBM.md Thèse/Résolution des problèmes/vscode-R qui s'attache mal.md --- .obsidian/workspace.json | 28 +++++++++++---- .../Modèle mixte avec arbre phylogénétique.md | 6 ++++ Thèse/Packages/R/colSBM.md | 12 +++++-- .../vscode-R qui s'attache mal.md | 35 +++++++++++++++++++ 4 files changed, 73 insertions(+), 8 deletions(-) create mode 100644 Thèse/Axes/Phylogénie/Modèle mixte avec arbre phylogénétique.md create mode 100644 Thèse/Résolution des problèmes/vscode-R qui s'attache mal.md diff --git a/.obsidian/workspace.json b/.obsidian/workspace.json index 3f9cf14..792881a 100644 --- a/.obsidian/workspace.json +++ b/.obsidian/workspace.json @@ -48,8 +48,24 @@ "icon": "lucide-file", "title": "Résumé des tâches" } + }, + { + "id": "504266f7ed4824dd", + "type": "leaf", + "state": { + "type": "markdown", + "state": { + "file": "Thèse/Packages/R/colSBM.md", + "mode": "source", + "source": false, + "backlinks": false + }, + "icon": "lucide-file", + "title": "colSBM" + } } - ] + ], + "currentTab": 1 } ], "direction": "vertical" @@ -252,11 +268,13 @@ "templater-obsidian:Templater": false } }, - "active": "5a22d122169dedf7", + "active": "504266f7ed4824dd", "lastOpenFiles": [ - "Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md", - "Résumé des tâches.md", "Thèse/Axes/Phylogénie/SBM avec covariance latente.md", + "Thèse/Résolution des problèmes/vscode-R qui s'attache mal.md", + "Thèse/Axes/Phylogénie/Modèle mixte avec arbre phylogénétique.md", + "Résumé des tâches.md", + "Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md", "Thèse/Axes/Phylogénie/Phylogénie Papiers à regarder.md", "Thèse/Packages/R/colSBM.md", "Thèse/Résumés séminaires.md", @@ -283,8 +301,6 @@ "Bienvenue.md", "Thèse/Lectures/@turnerTutorialApproximateBayesian2012.md", "Thèse/Lectures/@hronImputationMissingValues2010.md", - "Thèse/Axes/Phylogénie/SBM avec covariance multinomiale probit.md", - "Perso/Tâches/Casque antibruit pour l'anniversaire de Kris.md", "Thèse/StateOfTheR/HappyR/Sans titre", "Thèse/StateOfTheR/HappyR", "Thèse/StateOfTheR", diff --git a/Thèse/Axes/Phylogénie/Modèle mixte avec arbre phylogénétique.md b/Thèse/Axes/Phylogénie/Modèle mixte avec arbre phylogénétique.md new file mode 100644 index 0000000..598590e --- /dev/null +++ b/Thèse/Axes/Phylogénie/Modèle mixte avec arbre phylogénétique.md @@ -0,0 +1,6 @@ + +- [ ] Faire bibliographie: l'aspect modèle mixte et SBM + +# Idée + +Voir comment inclure un aspect modèle mixte dans le (bi)SBM en nourrissant les probabilités d'appartenance *a priori* de la phylogénie. diff --git a/Thèse/Packages/R/colSBM.md b/Thèse/Packages/R/colSBM.md index 3f71140..76e59f9 100644 --- a/Thèse/Packages/R/colSBM.md +++ b/Thèse/Packages/R/colSBM.md @@ -8,6 +8,16 @@ Implémentation en R des modèles #colSBM + [ ] (colSBM) Catégorielle + [ ] (colSBM) Gaussienne + [ ] (colSBM) Binomiale négative +- [ ] Pour améliorer implémenter un hachage avec `rlang::hash` + - [ ] Comparer la vitesse entre le hachage et la méthode sans + +## Hachage + +1. Générer un hash dans fitBipartiteSBMPop à partir des matrices de tau et le rendre accessible depuis `$hash` +2. Stocker une base des hash déjà rencontrés dans `bisbmpop`. +Approche moins 'flexible' que les ARIs met qui devrait permettre de gagner de la vitesse + +**Avantage**: Possible de passer la table de hachage à des sous-modèles ? Pour le partitionnement par exemple ? # Bugs @@ -30,6 +40,4 @@ Exécution arrêtée + [x] Ajouter la même suppression pour discarded que pour compared ✅ 2026-06-11 - [x] Améliorer la fusion des runs pour conserver à chaque $(Q_1,Q_2)$ les modèles ⛔ 50v6w4 ✅ 2026-06-11 - [ ] Implémenter le nouveau merge dans le package et vérifier que tout fonctionne normalement - - [ ] Pour améliorer implémenter un hachage avec `rlang::hash` 🆔 50v6w4 - - [ ] Comparer la vitesse entre le hachage et la méthode sans - [ ] Implémenter un test unitaire pour prévenir la régression ⛔ ckx0ew diff --git a/Thèse/Résolution des problèmes/vscode-R qui s'attache mal.md b/Thèse/Résolution des problèmes/vscode-R qui s'attache mal.md new file mode 100644 index 0000000..236abcc --- /dev/null +++ b/Thèse/Résolution des problèmes/vscode-R qui s'attache mal.md @@ -0,0 +1,35 @@ +La solution vient de Github de vscode-R [cette *issue*](https://github.com/REditorSupport/vscode-R/issues/1696#issuecomment-4553641300) + +Had the same issue after updating R from 4.5.2 to 4.6.0. `.vsc.attach()` could not be found anymore. + +The root cause is that R 4.6.0 no longer calls `.First.sys()` during startup. The extension's [init.R](cci:7://file:///C:/Users/meissnerto/.windsurf/extensions/reditorsupport.r-2.8.8-universal/R/session/init.R:0:0-0:0) relies on overwriting `.First.sys` to initialize the session watcher, so the attach function never gets defined. + +Fix that worked for me (in [init.R](cci:7://file:///C:/Users/meissnerto/.windsurf/extensions/reditorsupport.r-2.8.8-universal/R/session/init.R:0:0-0:0) of the extension, for me located at `~/.windsurf/extensions/reditorsupport.r-2.8.8-universal/R/session/init.R`): + +1. Change the assign call from `.First.sys` to `.First`: + +```r +- assign(".First.sys", init_last, envir = globalenv()) ++ assign(".First", init_last, envir = globalenv()) +``` + +2. Remove the old.First.sys lines: + +```r +- old.First.sys <- .First.sys +``` + +and inside `init_last`: + +```r +- old.First.sys() +``` + +3. Update the cleanup at the end of init_last: + +```r +- rm(".First.sys", envir = globalenv()) ++ rm(".First", envir = globalenv()) +``` + +After restarting the R terminal everything attaches correctly again. This should probably be patched in the extension since R 4.6.0 deprecated `.First.sys`entirely.