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128
prez.Rnw
128
prez.Rnw
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@ -168,7 +168,7 @@ source(here("R","utils.R"))
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\note{
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\begin{itemize}
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\item Avec l'avènement des données omiques de masses, on a accès à des données quantitatives très nombreuses pour plusieurs espèces.
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\item Avec l'avènement des données "-omiques" de masses, on a accès à des données quantitatives très nombreuses pour plusieurs espèces.
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\item Le but derrière est de trouver les voies métaboliques et les gènes impliqués dans leur fonctionnement.
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\item Problème : cela coûte cher de regarder tous les gènes.
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\item On veut alors trouver les gènes qui s'expriment différentiellement en utilisant des méthodes statistiques en contrôlant l'erreur de type I, c'est-à-dire les faux positifs.
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@ -177,7 +177,7 @@ source(here("R","utils.R"))
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article de Chen:
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\begin{itemize}
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\item En compilant plusieurs jeux de données pour plusieurs espèces avec
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parfois plusieurs individus cf l'arbre les auteurs regardent par exemple
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parfois plusieurs individus \emph{cf} l'arbre les auteurs regardent par exemple
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entre les espèces les gènes qui sont différentiellement exprimés dans le foie.
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\item Pour voir s'il y a une différence entre 2 groupes d'espèces (\textit{RatMus vs Autres}). $\mu_1$, $\mu_2$ etc.
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\end{itemize}
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@ -1045,7 +1045,7 @@ présentation est disponible sur notre dépôt GitHub : \\
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\begin{frame}{Concernant les fautes d'orthographes}
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Après relecture du rapport, nous avons pu constater que celui-ci contenait de
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nombreuses coquille. Nous vous présentons nos excuses.
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nombreuses coquilles. Nous vous présentons nos excuses.
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\end{frame}
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\begin{frame}{Ornstein-Uhlenbeck}
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Une autre possibilité de processus stochastique est le processus
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@ -1093,69 +1093,77 @@ $$\dd r_t = -\theta(r_t - \mu)+\sigma\dd W_t$$
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\end{align*}
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\end{column}
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\end{columns}
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\note{
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La F stat
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\begin{align*}
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F &=\frac{\text{variance entre groupes}}{\text{variance intra-groupes}}\\
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\text{variance extra} &= \frac{\sum_{i=1}^p n_i (\bar{Y_{i,.}} - \bar{Y})^2}{p-1}\\
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\text{variance intra} &= \frac{\sum_{i=1}^p \sum_{j=1}^{n_i} (Y_{i,j} - \bar{Y_{i,.}})^2}{n-p}\\
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\end{align*}
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}
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\end{frame}
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\begin{frame}[allowframebreaks]{questions posables}
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% - comment obtenir la stat de test pour anova phylo (Cholesky)
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% - en quoi c'est un modèle mixte pour Satterthwaite ?
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% - calcul de la Hessienne optim vs formule analytique, mettre formule analytique
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% - Le LRT un modèle emboité blabla ?
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% - sur quoi est basé EVEmodel ?
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% - Mettre la démo du calcul de la Hessienne
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% - Ornstein Uhleinbeck : qu'est ce que ça change par rapport au MB ? EVE dit optimum qui saute pas le processus qui saute
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% Modélise deux niches différentes.
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% Effet sur la moyenne masi ok , et sur la variance $K_\alpha$, ok pour satterthwaite masi prendre $\alpha$ en compte aussi
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% Modifie la structure de variance et ajoute un paramètre $\alpha$, $K(\alpha)$, un saut sur l'optima.
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% - données de comptage transformées donc ok de modéliser par MB
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% \begin{frame}[allowframebreaks]{questions posables}
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% % - comment obtenir la stat de test pour anova phylo (Cholesky)
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% % - en quoi c'est un modèle mixte pour Satterthwaite ?
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% % - calcul de la Hessienne optim vs formule analytique, mettre formule analytique
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% % - Le LRT un modèle emboité blabla ?
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% % - sur quoi est basé EVEmodel ?
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% % - Mettre la démo du calcul de la Hessienne
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% % - Ornstein Uhleinbeck : qu'est ce que ça change par rapport au MB ? EVE dit optimum qui saute pas le processus qui saute
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% % Modélise deux niches différentes.
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% % Effet sur la moyenne masi ok , et sur la variance $K_\alpha$, ok pour satterthwaite masi prendre $\alpha$ en compte aussi
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% % Modifie la structure de variance et ajoute un paramètre $\alpha$, $K(\alpha)$, un saut sur l'optima.
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% % - données de comptage transformées donc ok de modéliser par MB
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% En écologie ne travaille pas sur autant de traits, spécificité de la RNA-seq
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% des milliers de données.
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% % En écologie ne travaille pas sur autant de traits, spécificité de la RNA-seq
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% % des milliers de données.
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% LIMMA pour le cas non phylogénétique.
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% Pour le cas phylogénétique \texttt{phylolimma}.
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% % LIMMA pour le cas non phylogénétique.
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% % Pour le cas phylogénétique \texttt{phylolimma}.
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% Méthodes d'amélioration essayer de faire quelque chose qui prennent en compte
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% plusieurs gènes à la fois
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% - Est ce q'on pourrait faire une méthode comme LIMMA et faire Satterthwaite ?
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% - c'est bizarre d'utiliser des mesures
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% % Méthodes d'amélioration essayer de faire quelque chose qui prennent en compte
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% % plusieurs gènes à la fois
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% % - Est ce q'on pourrait faire une méthode comme LIMMA et faire Satterthwaite ?
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% % - c'est bizarre d'utiliser des mesures
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% Questions Mélina :
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% - Qu’est qu’une ANOVA phylogénétique ? En quoi différent l’ ANOVA classique et l’ ANOVA phylogénétique ?
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% - Comment modéliser l’évolution d’un trait continu sur un arbre (choix du processus dans l’ANOVA phylogénétique : savoir qu’il existe différentes manières de faire, soit on prend un brownien, soit on prend un OU … )
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||||
% - Comment prendre en compte les erreurs de mesures dans l’anova phylogénétique ? (Car ici, dans le cadre de l’expression des gènes chez plusieurs espèces, on mesure plusieurs individus par espèce, on a donc une variabilité intra-espèce et une variabilité inter-espèces… il faut donc prendre en compte cela dans le modèle, et c’est d’ailleurs ce que fait EVE)
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% - Quel test effectuer pour tester si on a une différence d’expression significative entre différent groupes d’espèces ? (LRT ou test basé sur la stat de Fisher).
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% - Qu’est ce qu’un modèle mixte ? Comment estimer les paramètres dans un modèle mixte ? Quels tests stats ? Quel est le lien entre une anova phylo et un modèle mixte ?
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||||
% - Pourquoi faire du REML au du ML classique ? Dans quel context?
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||||
% - Pour l'analyse de données réelles, vous avez également été confrontés à un problème de tests multiples : puisque vous faites un test par gènes, et que vous avez des milliers de gènes, alors vous devez "corriger les p-values" pour extraire votre sous liste de "gènes différentiellement exprimés" (deux approches classiques : Bonferroni / BH )
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% Voici la reformulation de votre texte en utilisant l'environnement "itemize" pour qu'il soit copiable :
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% % Questions Mélina :
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% % - Qu’est qu’une ANOVA phylogénétique ? En quoi différent l’ ANOVA classique et l’ ANOVA phylogénétique ?
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% % - Comment modéliser l’évolution d’un trait continu sur un arbre (choix du processus dans l’ANOVA phylogénétique : savoir qu’il existe différentes manières de faire, soit on prend un brownien, soit on prend un OU … )
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% % - Comment prendre en compte les erreurs de mesures dans l’anova phylogénétique ? (Car ici, dans le cadre de l’expression des gènes chez plusieurs espèces, on mesure plusieurs individus par espèce, on a donc une variabilité intra-espèce et une variabilité inter-espèces… il faut donc prendre en compte cela dans le modèle, et c’est d’ailleurs ce que fait EVE)
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% % - Quel test effectuer pour tester si on a une différence d’expression significative entre différent groupes d’espèces ? (LRT ou test basé sur la stat de Fisher).
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% % - Qu’est ce qu’un modèle mixte ? Comment estimer les paramètres dans un modèle mixte ? Quels tests stats ? Quel est le lien entre une anova phylo et un modèle mixte ?
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% % - Pourquoi faire du REML au du ML classique ? Dans quel context?
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% % - Pour l'analyse de données réelles, vous avez également été confrontés à un problème de tests multiples : puisque vous faites un test par gènes, et que vous avez des milliers de gènes, alors vous devez "corriger les p-values" pour extraire votre sous liste de "gènes différentiellement exprimés" (deux approches classiques : Bonferroni / BH )
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% % Voici la reformulation de votre texte en utilisant l'environnement "itemize" pour qu'il soit copiable :
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\begin{itemize}
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\item Comment obtenir la stat de test pour ANOVA phylo (Cholesky)
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\item En quoi c'est un modèle mixte pour Satterthwaite ?
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\item Calcul de la Hessienne optim vs formule analytique, mettre formule analytique
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\item Le LRT un modèle emboîté blabla ?
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\item Sur quoi est basé EVEmodel ?
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\item Mettre la démo du calcul de la Hessienne
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\item Ornstein Uhleinbeck : qu'est-ce que ça change par rapport au MB ? EVE dit optimum qui saute pas le processus qui saute Modélise deux niches différentes. Effet sur la moyenne mais ok, et sur la variance $K_\alpha$, ok pour Satterthwaite mais prendre $\alpha$ en compte aussi Modifie la structure de variance et ajoute un paramètre $\alpha$, $K(\alpha)$, un saut sur l'optima.
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\item Données de comptage mais transformées donc ok de modéliser par MB
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\item En écologie, ne travaille pas sur autant de traits, spécificité de la RNA-seq des milliers de données.
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\item LIMMA pour le cas non phylogénétique. Pour le cas phylogénétique \texttt{phylolimma}.
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\item Méthodes d'amélioration essayer de faire quelque chose qui prennent en compte plusieurs gènes à la fois
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\begin{itemize}
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\item Est-ce qu'on pourrait faire une méthode comme LIMMA et faire Satterthwaite ?
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\item C'est bizarre d'utiliser des mesures
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\end{itemize}
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\item Questions Mélina :
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\begin{itemize}
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\item Qu’est-ce qu’une ANOVA phylogénétique ? En quoi diffère l’ANOVA classique et l’ANOVA phylogénétique ?
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\item Comment modéliser l’évolution d’un trait continu sur un arbre (choix du processus dans l’ANOVA phylogénétique : savoir qu’il existe différentes manières de faire, soit on prend un brownien, soit on prend un OU … )
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\item Comment prendre en compte les erreurs de mesures dans l’ANOVA phylogénétique ? (Car ici, dans le cadre de l’expression des gènes chez plusieurs espèces, on mesure plusieurs individus par espèce, on a donc une variabilité intra-espèce et une variabilité inter-espèces… il faut donc prendre en compte cela dans le modèle, et c’est d’ailleurs ce que fait EVE)
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\item Quel test effectuer pour tester si on a une différence d’expression significative entre différents groupes d’espèces ? (LRT ou test basé sur la stat de Fisher).
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\item Qu’est-ce qu’un modèle mixte ? Comment estimer les paramètres dans un modèle mixte ? Quels tests stats ? Quel est le lien entre une ANOVA phylo et un modèle mixte ?
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\item Pourquoi faire du REML au du ML classique ? Dans quel contexte?
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\item Pour l'analyse de données réelles, vous avez également été confrontés à un problème de tests multiples : puisque vous faites un test par gènes, et que vous avez des milliers de gènes, alors vous devez "corriger les p-values" pour extraire votre sous-liste de "gènes différentiellement exprimés" (deux approches classiques : Bonferroni / BH )
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\end{itemize}
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\end{itemize}
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\end{frame}
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% \begin{itemize}
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% \item Comment obtenir la stat de test pour ANOVA phylo (Cholesky)
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% \item En quoi c'est un modèle mixte pour Satterthwaite ?
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% \item Calcul de la Hessienne optim vs formule analytique, mettre formule analytique
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% \item Le LRT un modèle emboîté blabla ?
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% \item Sur quoi est basé EVEmodel ?
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% \item Mettre la démo du calcul de la Hessienne
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% \item Ornstein Uhleinbeck : qu'est-ce que ça change par rapport au MB ? EVE dit optimum qui saute pas le processus qui saute Modélise deux niches différentes. Effet sur la moyenne mais ok, et sur la variance $K_\alpha$, ok pour Satterthwaite mais prendre $\alpha$ en compte aussi Modifie la structure de variance et ajoute un paramètre $\alpha$, $K(\alpha)$, un saut sur l'optima.
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% \item Données de comptage mais transformées donc ok de modéliser par MB
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% \item En écologie, ne travaille pas sur autant de traits, spécificité de la RNA-seq des milliers de données.
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% \item LIMMA pour le cas non phylogénétique. Pour le cas phylogénétique \texttt{phylolimma}.
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% \item Méthodes d'amélioration essayer de faire quelque chose qui prennent en compte plusieurs gènes à la fois
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% \begin{itemize}
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% \item Est-ce qu'on pourrait faire une méthode comme LIMMA et faire Satterthwaite ?
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% \item C'est bizarre d'utiliser des mesures
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% \end{itemize}
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% \item Questions Mélina :
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% \item Qu’est-ce qu’une ANOVA phylogénétique ? En quoi diffère l’ANOVA classique et l’ANOVA phylogénétique ?
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% \item Comment modéliser l’évolution d’un trait continu sur un arbre (choix du processus dans l’ANOVA phylogénétique : savoir qu’il existe différentes manières de faire, soit on prend un brownien, soit on prend un OU … )
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% \item Comment prendre en compte les erreurs de mesures dans l’ANOVA phylogénétique ? (Car ici, dans le cadre de l’expression des gènes chez plusieurs espèces, on mesure plusieurs individus par espèce, on a donc une variabilité intra-espèce et une variabilité inter-espèces… il faut donc prendre en compte cela dans le modèle, et c’est d’ailleurs ce que fait EVE)
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% \item Quel test effectuer pour tester si on a une différence d’expression significative entre différents groupes d’espèces ? (LRT ou test basé sur la stat de Fisher).
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% \item Qu’est-ce qu’un modèle mixte ? Comment estimer les paramètres dans un modèle mixte ? Quels tests stats ? Quel est le lien entre une ANOVA phylo et un modèle mixte ?
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% \item Pourquoi faire du REML au du ML classique ? Dans quel contexte?
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% \item Pour l'analyse de données réelles, vous avez également été confrontés à un problème de tests multiples : puisque vous faites un test par gènes, et que vous avez des milliers de gènes, alors vous devez "corriger les p-values" pour extraire votre sous-liste de "gènes différentiellement exprimés" (deux approches classiques : Bonferroni / BH )
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