polarolouis/anova-phylogenetique-projet-msv
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prez.Rnw
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@ -168,7 +168,7 @@ source(here("R","utils.R"))
\note{ \note{
\begin{itemize} \begin{itemize}
\item Avec l'avènement des données omiques de masses, on a accès à des données quantitatives très nombreuses pour plusieurs espèces. \item Avec l'avènement des données "-omiques" de masses, on a accès à des données quantitatives très nombreuses pour plusieurs espèces.
\item Le but derrière est de trouver les voies métaboliques et les gènes impliqués dans leur fonctionnement. \item Le but derrière est de trouver les voies métaboliques et les gènes impliqués dans leur fonctionnement.
\item Problème : cela coûte cher de regarder tous les gènes. \item Problème : cela coûte cher de regarder tous les gènes.
\item On veut alors trouver les gènes qui s'expriment différentiellement en utilisant des méthodes statistiques en contrôlant l'erreur de type I, c'est-à-dire les faux positifs. \item On veut alors trouver les gènes qui s'expriment différentiellement en utilisant des méthodes statistiques en contrôlant l'erreur de type I, c'est-à-dire les faux positifs.
@ -177,7 +177,7 @@ source(here("R","utils.R"))
article de Chen: article de Chen:
\begin{itemize} \begin{itemize}
\item En compilant plusieurs jeux de données pour plusieurs espèces avec \item En compilant plusieurs jeux de données pour plusieurs espèces avec
parfois plusieurs individus cf l'arbre les auteurs regardent par exemple parfois plusieurs individus \emph{cf} l'arbre les auteurs regardent par exemple
entre les espèces les gènes qui sont différentiellement exprimés dans le foie. entre les espèces les gènes qui sont différentiellement exprimés dans le foie.
\item Pour voir s'il y a une différence entre 2 groupes d'espèces (\textit{RatMus vs Autres}). $\mu_1$, $\mu_2$ etc. \item Pour voir s'il y a une différence entre 2 groupes d'espèces (\textit{RatMus vs Autres}). $\mu_1$, $\mu_2$ etc.
\end{itemize} \end{itemize}
@ -1045,7 +1045,7 @@ présentation est disponible sur notre dépôt GitHub : \\
\begin{frame}{Concernant les fautes d'orthographes} \begin{frame}{Concernant les fautes d'orthographes}
Après relecture du rapport, nous avons pu constater que celui-ci contenait de Après relecture du rapport, nous avons pu constater que celui-ci contenait de
nombreuses coquille. Nous vous présentons nos excuses. nombreuses coquilles. Nous vous présentons nos excuses.
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame}{Ornstein-Uhlenbeck} \begin{frame}{Ornstein-Uhlenbeck}
Une autre possibilité de processus stochastique est le processus Une autre possibilité de processus stochastique est le processus
@ -1093,69 +1093,77 @@ $$\dd r_t = -\theta(r_t - \mu)+\sigma\dd W_t$$
\end{align*} \end{align*}
\end{column} \end{column}
\end{columns} \end{columns}
\note{
La F stat
\begin{align*}
F &=\frac{\text{variance entre groupes}}{\text{variance intra-groupes}}\\
\text{variance extra} &= \frac{\sum_{i=1}^p n_i (\bar{Y_{i,.}} - \bar{Y})^2}{p-1}\\
\text{variance intra} &= \frac{\sum_{i=1}^p \sum_{j=1}^{n_i} (Y_{i,j} - \bar{Y_{i,.}})^2}{n-p}\\
\end{align*}
}
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame}[allowframebreaks]{questions posables} % \begin{frame}[allowframebreaks]{questions posables}
% - comment obtenir la stat de test pour anova phylo (Cholesky) % % - comment obtenir la stat de test pour anova phylo (Cholesky)
% - en quoi c'est un modèle mixte pour Satterthwaite ? % % - en quoi c'est un modèle mixte pour Satterthwaite ?
% - calcul de la Hessienne optim vs formule analytique, mettre formule analytique % % - calcul de la Hessienne optim vs formule analytique, mettre formule analytique
% - Le LRT un modèle emboité blabla ? % % - Le LRT un modèle emboité blabla ?
% - sur quoi est basé EVEmodel ? % % - sur quoi est basé EVEmodel ?
% - Mettre la démo du calcul de la Hessienne % % - Mettre la démo du calcul de la Hessienne
% - Ornstein Uhleinbeck : qu'est ce que ça change par rapport au MB ? EVE dit optimum qui saute pas le processus qui saute % % - Ornstein Uhleinbeck : qu'est ce que ça change par rapport au MB ? EVE dit optimum qui saute pas le processus qui saute
% Modélise deux niches différentes. % % Modélise deux niches différentes.
% Effet sur la moyenne masi ok , et sur la variance $K_\alpha$, ok pour satterthwaite masi prendre $\alpha$ en compte aussi % % Effet sur la moyenne masi ok , et sur la variance $K_\alpha$, ok pour satterthwaite masi prendre $\alpha$ en compte aussi
% Modifie la structure de variance et ajoute un paramètre $\alpha$, $K(\alpha)$, un saut sur l'optima. % % Modifie la structure de variance et ajoute un paramètre $\alpha$, $K(\alpha)$, un saut sur l'optima.
% - données de comptage transformées donc ok de modéliser par MB % % - données de comptage transformées donc ok de modéliser par MB
% En écologie ne travaille pas sur autant de traits, spécificité de la RNA-seq % % En écologie ne travaille pas sur autant de traits, spécificité de la RNA-seq
% des milliers de données. % % des milliers de données.
% LIMMA pour le cas non phylogénétique. % % LIMMA pour le cas non phylogénétique.
% Pour le cas phylogénétique \texttt{phylolimma}. % % Pour le cas phylogénétique \texttt{phylolimma}.
% Méthodes d'amélioration essayer de faire quelque chose qui prennent en compte % % Méthodes d'amélioration essayer de faire quelque chose qui prennent en compte
% plusieurs gènes à la fois % % plusieurs gènes à la fois
% - Est ce q'on pourrait faire une méthode comme LIMMA et faire Satterthwaite ? % % - Est ce q'on pourrait faire une méthode comme LIMMA et faire Satterthwaite ?
% - c'est bizarre d'utiliser des mesures % % - c'est bizarre d'utiliser des mesures
% Questions Mélina : % % Questions Mélina :
% - Qu’est qu’une ANOVA phylogénétique ? En quoi différent l’ ANOVA classique et l’ ANOVA phylogénétique ? % % - Qu’est qu’une ANOVA phylogénétique ? En quoi différent l’ ANOVA classique et l’ ANOVA phylogénétique ?
% - Comment modéliser l’évolution d’un trait continu sur un arbre (choix du processus dans l’ANOVA phylogénétique : savoir qu’il existe différentes manières de faire, soit on prend un brownien, soit on prend un OU … ) % % - Comment modéliser l’évolution d’un trait continu sur un arbre (choix du processus dans l’ANOVA phylogénétique : savoir qu’il existe différentes manières de faire, soit on prend un brownien, soit on prend un OU … )
% - Comment prendre en compte les erreurs de mesures dans l’anova phylogénétique ? (Car ici, dans le cadre de l’expression des gènes chez plusieurs espèces, on mesure plusieurs individus par espèce, on a donc une variabilité intra-espèce et une variabilité inter-espèces… il faut donc prendre en compte cela dans le modèle, et c’est d’ailleurs ce que fait EVE) % % - Comment prendre en compte les erreurs de mesures dans l’anova phylogénétique ? (Car ici, dans le cadre de l’expression des gènes chez plusieurs espèces, on mesure plusieurs individus par espèce, on a donc une variabilité intra-espèce et une variabilité inter-espèces… il faut donc prendre en compte cela dans le modèle, et c’est d’ailleurs ce que fait EVE)
% - Quel test effectuer pour tester si on a une différence d’expression significative entre différent groupes d’espèces ? (LRT ou test basé sur la stat de Fisher). % % - Quel test effectuer pour tester si on a une différence d’expression significative entre différent groupes d’espèces ? (LRT ou test basé sur la stat de Fisher).
% - Qu’est ce qu’un modèle mixte ? Comment estimer les paramètres dans un modèle mixte ? Quels tests stats ? Quel est le lien entre une anova phylo et un modèle mixte ? % % - Qu’est ce qu’un modèle mixte ? Comment estimer les paramètres dans un modèle mixte ? Quels tests stats ? Quel est le lien entre une anova phylo et un modèle mixte ?
% - Pourquoi faire du REML au du ML classique ? Dans quel context? % % - Pourquoi faire du REML au du ML classique ? Dans quel context?
% - Pour l'analyse de données réelles, vous avez également été confrontés à un problème de tests multiples : puisque vous faites un test par gènes, et que vous avez des milliers de gènes, alors vous devez "corriger les p-values" pour extraire votre sous liste de "gènes différentiellement exprimés" (deux approches classiques : Bonferroni / BH ) % % - Pour l'analyse de données réelles, vous avez également été confrontés à un problème de tests multiples : puisque vous faites un test par gènes, et que vous avez des milliers de gènes, alors vous devez "corriger les p-values" pour extraire votre sous liste de "gènes différentiellement exprimés" (deux approches classiques : Bonferroni / BH )
% Voici la reformulation de votre texte en utilisant l'environnement "itemize" pour qu'il soit copiable : % % Voici la reformulation de votre texte en utilisant l'environnement "itemize" pour qu'il soit copiable :
\begin{itemize} % \begin{itemize}
\item Comment obtenir la stat de test pour ANOVA phylo (Cholesky) % \item Comment obtenir la stat de test pour ANOVA phylo (Cholesky)
\item En quoi c'est un modèle mixte pour Satterthwaite ? % \item En quoi c'est un modèle mixte pour Satterthwaite ?
\item Calcul de la Hessienne optim vs formule analytique, mettre formule analytique % \item Calcul de la Hessienne optim vs formule analytique, mettre formule analytique
\item Le LRT un modèle emboîté blabla ? % \item Le LRT un modèle emboîté blabla ?
\item Sur quoi est basé EVEmodel ? % \item Sur quoi est basé EVEmodel ?
\item Mettre la démo du calcul de la Hessienne % \item Mettre la démo du calcul de la Hessienne
\item Ornstein Uhleinbeck : qu'est-ce que ça change par rapport au MB ? EVE dit optimum qui saute pas le processus qui saute Modélise deux niches différentes. Effet sur la moyenne mais ok, et sur la variance $K_\alpha$, ok pour Satterthwaite mais prendre $\alpha$ en compte aussi Modifie la structure de variance et ajoute un paramètre $\alpha$, $K(\alpha)$, un saut sur l'optima. % \item Ornstein Uhleinbeck : qu'est-ce que ça change par rapport au MB ? EVE dit optimum qui saute pas le processus qui saute Modélise deux niches différentes. Effet sur la moyenne mais ok, et sur la variance $K_\alpha$, ok pour Satterthwaite mais prendre $\alpha$ en compte aussi Modifie la structure de variance et ajoute un paramètre $\alpha$, $K(\alpha)$, un saut sur l'optima.
\item Données de comptage mais transformées donc ok de modéliser par MB % \item Données de comptage mais transformées donc ok de modéliser par MB
\item En écologie, ne travaille pas sur autant de traits, spécificité de la RNA-seq des milliers de données. % \item En écologie, ne travaille pas sur autant de traits, spécificité de la RNA-seq des milliers de données.
\item LIMMA pour le cas non phylogénétique. Pour le cas phylogénétique \texttt{phylolimma}. % \item LIMMA pour le cas non phylogénétique. Pour le cas phylogénétique \texttt{phylolimma}.
\item Méthodes d'amélioration essayer de faire quelque chose qui prennent en compte plusieurs gènes à la fois % \item Méthodes d'amélioration essayer de faire quelque chose qui prennent en compte plusieurs gènes à la fois
\begin{itemize} % \begin{itemize}
\item Est-ce qu'on pourrait faire une méthode comme LIMMA et faire Satterthwaite ? % \item Est-ce qu'on pourrait faire une méthode comme LIMMA et faire Satterthwaite ?
\item C'est bizarre d'utiliser des mesures % \item C'est bizarre d'utiliser des mesures
\end{itemize} % \end{itemize}
\item Questions Mélina : % \item Questions Mélina :
\begin{itemize} % \begin{itemize}
\item Qu’est-ce qu’une ANOVA phylogénétique ? En quoi diffère l’ANOVA classique et l’ANOVA phylogénétique ? % \item Qu’est-ce qu’une ANOVA phylogénétique ? En quoi diffère l’ANOVA classique et l’ANOVA phylogénétique ?
\item Comment modéliser l’évolution d’un trait continu sur un arbre (choix du processus dans l’ANOVA phylogénétique : savoir qu’il existe différentes manières de faire, soit on prend un brownien, soit on prend un OU … ) % \item Comment modéliser l’évolution d’un trait continu sur un arbre (choix du processus dans l’ANOVA phylogénétique : savoir qu’il existe différentes manières de faire, soit on prend un brownien, soit on prend un OU … )
\item Comment prendre en compte les erreurs de mesures dans l’ANOVA phylogénétique ? (Car ici, dans le cadre de l’expression des gènes chez plusieurs espèces, on mesure plusieurs individus par espèce, on a donc une variabilité intra-espèce et une variabilité inter-espèces… il faut donc prendre en compte cela dans le modèle, et c’est d’ailleurs ce que fait EVE) % \item Comment prendre en compte les erreurs de mesures dans l’ANOVA phylogénétique ? (Car ici, dans le cadre de l’expression des gènes chez plusieurs espèces, on mesure plusieurs individus par espèce, on a donc une variabilité intra-espèce et une variabilité inter-espèces… il faut donc prendre en compte cela dans le modèle, et c’est d’ailleurs ce que fait EVE)
\item Quel test effectuer pour tester si on a une différence d’expression significative entre différents groupes d’espèces ? (LRT ou test basé sur la stat de Fisher). % \item Quel test effectuer pour tester si on a une différence d’expression significative entre différents groupes d’espèces ? (LRT ou test basé sur la stat de Fisher).
\item Qu’est-ce qu’un modèle mixte ? Comment estimer les paramètres dans un modèle mixte ? Quels tests stats ? Quel est le lien entre une ANOVA phylo et un modèle mixte ? % \item Qu’est-ce qu’un modèle mixte ? Comment estimer les paramètres dans un modèle mixte ? Quels tests stats ? Quel est le lien entre une ANOVA phylo et un modèle mixte ?
\item Pourquoi faire du REML au du ML classique ? Dans quel contexte? % \item Pourquoi faire du REML au du ML classique ? Dans quel contexte?
\item Pour l'analyse de données réelles, vous avez également été confrontés à un problème de tests multiples : puisque vous faites un test par gènes, et que vous avez des milliers de gènes, alors vous devez "corriger les p-values" pour extraire votre sous-liste de "gènes différentiellement exprimés" (deux approches classiques : Bonferroni / BH ) % \item Pour l'analyse de données réelles, vous avez également été confrontés à un problème de tests multiples : puisque vous faites un test par gènes, et que vous avez des milliers de gènes, alors vous devez "corriger les p-values" pour extraire votre sous-liste de "gènes différentiellement exprimés" (deux approches classiques : Bonferroni / BH )
\end{itemize} % \end{itemize}
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