polarolouis/anova-phylogenetique-projet-msv
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Diagramme de Venn

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R/realTreeMethod.R
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@ -82,8 +82,35 @@ pvalue_vec_satterthwaite.REML <- setNames(pvalue_vec_satterthwaite.REML, rowname
pvalue_vec_satterthwaite_adj.REML <- p.adjust(pvalue_vec_satterthwaite.REML, method = "BH")
# TODO Histogramme des pvalues
## Préparation du dataframe
pvalues_dataframe <- data.frame(
gene = rep(rownames(data.trans), 8),
pvalue = c(pvalue_vec_vanilla, pvalue_vec_vanilla_adj,
pvalue_vec_satterthwaite, pvalue_vec_satterthwaite_adj,
pvalue_vec_lrt, pvalue_vec_lrt_adj, pvalue_vec_satterthwaite.REML,
pvalue_vec_satterthwaite_adj.REML),
test_method = rep(c("Vanilla", "VanillaAdj", "Satterthwaite",
"SatterthwaiteAdj", "LRT", "LRTAdj", "SatterthwaiteREML",
"SatterthwaiteAdjREML"), each = nrow(data.trans))
)
pvalues_dataframe$test_method <- as.factor(pvalues_dataframe$test_method)
pvalues_dataframe <- pvalues_dataframe %>% mutate(selected = ifelse(pvalue < 0.05, 1, 0))
pvalues_dataframe_wide <- pvalues_dataframe %>%
pivot_wider(id_cols = gene,
names_from = test_method,
values_from = selected) %>%
data.frame()
## Graphiques
ggplot(pvalues_dataframe) +
aes(x = genes, y = pvalues, fill = test_method) +
geom_bar(stat = "identity", position = "dodge") +
facet_wrap(~test_method)
# TODO utiliser UpSetR pour diagramme de Venn
require(UpSetR)
upset(pvalues_dataframe_wide)
# TODO comparer avec le package evemodel, twothetatest
# Comparer avec OU lrt
@ -91,21 +118,14 @@ pvalue_vec_satterthwaite_adj.REML <- p.adjust(pvalue_vec_satterthwaite.REML, met
remotes::install_gitlab("sandve-lab/evemodel")
# computing pvalues vec for all genes
pvalue_vec_vanilla <- sapply(seq(1,nrow(data.trans)), function(row_id) {
trait <- data.trans[row_id,]
fit_phylo <- phylolm(trait ~ design_data$condition, phy = cdata@tree,
measurement_error = TRUE, model = "OUfixedRoot")
compute_vanilla_pvalue(fit_phylo)
})
# TODO Utiliser les infos de la ligne 83 du Rmd
# TODO Afficher avec UpSetR les genes differentiellement exprimées et
# TODO Afficher avec UpSetR les genes differentiellement exprimées et
# voir les diagrammes de Venn
# Appliquer notre méthode autant de fois que de gène et corriger les pvalues
# Appliquer notre méthode autant de fois que de gène et corriger les pvalues
# obtenues par la correction pour obtenir
# Vérifier que la F stat = T stat ^ 2