diff --git a/rapport.Rnw b/rapport.Rnw index 8677a32..0e0d27f 100644 --- a/rapport.Rnw +++ b/rapport.Rnw @@ -44,9 +44,9 @@ % Titre du document -\title{Rapport de Projet : ANOVA Phylogénétique} +\title{Rapport de Projet : ANOVA Phylogénétique \newline Co-encadré par Mélina Gallopin et Paul Bastide} \author{Alizée Geffroy \and Louis Lacoste} -\date{\today} +\date{20 mars 2024} \newtheorem*{approximation}{Approximation} @@ -256,7 +256,6 @@ On peut voir un exemple utilisé dans les slides de cours \cite{bastideContinuou \begin{center} \includegraphics[width=0.7\textwidth]{matrix_K.png} \end{center} -TODO: image arbre qui correspond ou note <<'plot-MB', warnings = FALSE, message = FALSE, fig.cap = "Exemple d'un arbre phylogénétique dont le trait est généré selon un Mouvement Brownien", out.width = "75%", fig.height = 3.5, fig.align = "center", fig.pos = "H">>= source(here("simulations","mouvement_brownien.R")) set.seed(12) @@ -498,8 +497,39 @@ Il est à noter que cette méthode est plus coûteuse car il est nécessaire d'a \label{sec:conclusion} % Analyse critique des résultats, limites, perspectives. - -\subsection*{Ouvertures} +Le travail portait sur l'élaboration de nouvelles méthodes statistiques +spécifiquement conçues pour traiter les données phylogénétiques. Nous +avons accompli cela en adaptant des approches classiques déjà existantes +à ce contexte particulier. Pour y parvenir, nous avons approfondi notre +compréhension de ces diverses méthodes en consultant la littérature spécialisée +et en échangeant de manière intensive avec Paul Bastide et Mélina Gallopin. +\newline +Ce projet nous a offert l'opportunité de renforcer nos connaissances théoriques +en explorant diverses méthodes, tout en approfondissant notre compréhension de +leurs relations et de la manière de formaliser un modèle. +Nous avons également effectué des calculs et programmé en R, utilisant à la fois +des packages existants et en développant nos propres fonctionnalités. De plus, +nous avons analysé et interprété une variété de graphiques pour comparer les +différentes méthodes. +Ce travail s'est déroulé en binôme, permettant ainsi d'exploiter les compétences +individuelles de chaque membre pour atteindre nos objectifs de manière +collaborative. +\newline +Nos recherches ont abouti à des conclusions intéressantes concernant les +méthodes d'ANOVA phylogénétique. +Nous avons observé que l'ANOVA phylogénétique surpasse l'ANOVA classique en +termes de contrôle de l'erreur de type 1. +En revanche, l'utilisation isolée de la méthode de Satterthwaite présente des +limitations, ce qui souligne l'importance d'intégrer REML dans nos analyses +pour obtenir des résultats plus fiables. +\newline +Au cours de notre projet, plusieurs obstacles ont été identifiés. Tout d'abord, +nous avons rencontré des difficultés avec la convergence de l'algorithme +d'optimisation lors du calcul approximatif de la Hessienne dans l'approche de +Satterthwaite. Comprendre le contexte biologique s'est avéré être un élément +crucial pour le développement de méthodes statistiques appropriées. En outre, +l'importance d'écrire un code propre, clair et réutilisable a été mise en +évidence pour assurer l'efficacité et la durabilité de nos travaux. De nombreux points restent à explorer, nous en proposons quelques-uns ci-dessous.\newline @@ -532,7 +562,6 @@ bon modèle. \printbibliography \nocite{*} -% TODO Ici éventuellement une partie annexe discussion de l'impact des tailles d'abres \appendix \section{Application aux données réelles} diff --git a/rapport.pdf b/rapport.pdf index 8ab7965..f614eac 100644 Binary files a/rapport.pdf and b/rapport.pdf differ