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08a9de982a
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@ -10,10 +10,11 @@ date: 2025 05 09
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- Clustering : Relancer simulations de clustering avec $M = 30$ où $M_i = 10, \forall i$. En attente retour MIGALE
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Relancer simus clustering avec VEM steps = 10 000 et plus nombreux init pour spectral. Ajouter simu clustering métriques nb sous-collections obtenues.
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Vérifier les résultats obtenus si ARI = 0. Et augmenter la taille $M = 30$ avec $M_1 = M_2 = M_3 = 10$. -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques
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Vérifier les résultats obtenus si ARI = 0. Et augmenter la taille $M = 30$ avec $M_1 = M_2 = M_3 = 10$. ~~-> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques.~~
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Le bug venait probablement d'une inadéquation entre la version de *future* et *future.callr*, les résultats temporaires sont encourageant.
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- Inférence : Relancer simus d'inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j'ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2.
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En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques
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En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -> Visiblement il y a d'autres problèmes que juste le plan de parallélisation.
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### Applications
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@ -23,12 +24,13 @@ Car densités déséquilibrées.
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:::{#ref-kmeans-vae}
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- Faire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l'espace latent
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J'ai commencé à regarder un peu
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### Présentations LSD, JdS et ML@Aussois
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- PRÉSENTATION JDS (LSD), durée introuvable, adapter en anglais les slides et voir avec PB et SD.
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- ~~PRÉSENTATION JDS (LSD), durée introuvable, adapter en anglais les slides~~ et voir avec PB et SD.
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- Quel plan ?
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- Quels résultats ? Baldock, Traveset ... (sub-Doré)
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@ -45,6 +47,7 @@ Car densités déséquilibrées.
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## A discuter
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- Voir pour TT période du 11 au 14 août
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- Voir pour date CSI car congés avec parents prévu du 29/08 au 12/09.
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## A faire
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@ -52,7 +55,7 @@ Car densités déséquilibrées.
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### Inférence
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- Papier pour comprendre données
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- Faust et al. lu
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- ~~Faust et al.~~
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- Abdill et al.
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- Bashan et al.
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151
suivi/2025-20/2025-20.qmd
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151
suivi/2025-20/2025-20.qmd
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@ -0,0 +1,151 @@
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title: "Bilan semaine 20 2025 : 12 mai - 16 mai"
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categories: [colBiSBM, inférence]
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## TOP PRIORITÉ
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- Débugguer les simulations :
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- Clustering : Relancer simulations de clustering avec $M = 30$ où $M_i = 10, \forall i$. En attente retour MIGALE
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Relancer simus clustering avec VEM steps = 10 000 et plus nombreux init pour spectral. Ajouter simu clustering métriques nb sous-collections obtenues.
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Vérifier les résultats obtenus si ARI = 0. Et augmenter la taille $M = 30$ avec $M_1 = M_2 = M_3 = 10$. ~~-> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques.~~
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Le bug venait probablement d'une inadéquation entre la version de *future* et *future.callr*, les résultats temporaires sont encourageants.
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| epsilon|model |ARI |nb_collections |
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|-------:|:-----|:---------------|:---------------|
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| 0.1|iid |0.41 $\pm$ 0.12 |2.8 $\pm$ 0.44 |
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| 0.1|pi |0.03 $\pm$ 0.03 |1.8 $\pm$ 0.42 |
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| 0.1|pirho |0.04 $\pm$ 0.02 |3.3 $\pm$ 0.54 |
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| 0.1|rho |0.09 $\pm$ 0.04 |3.5 $\pm$ 0.58 |
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| 0.2|iid |0.91 $\pm$ 0.06 |2.8 $\pm$ 0.13 |
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| 0.2|pi |0.59 $\pm$ 0.12 |3 $\pm$ 0.55 |
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| 0.2|pirho |0.57 $\pm$ 0.14 |4.5 $\pm$ 0.67 |
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| 0.2|rho |0.55 $\pm$ 0.23 |2.8 $\pm$ 0.8 |
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| 0.3|iid |1 |3 |
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| 0.3|pi |0.97 $\pm$ 0.01 |3.57 $\pm$ 0.2 |
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| 0.3|pirho |0.94 $\pm$ 0.03 |4 $\pm$ 0.32 |
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| 0.3|rho |0.89 $\pm$ 0.09 |3 $\pm$ 0.32 |
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| 0.4|iid |1 |3 |
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| 0.4|pi |1 |3 |
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| 0.4|pirho |0.86 $\pm$ 0.11 |3.33 $\pm$ 0.41 |
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| 0.4|rho |0.99 $\pm$ 0.01 |3.29 $\pm$ 0.29 |
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- Inférence : Relancer simus d'inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j'ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2.
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En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -> Visiblement il y a d'autres problèmes que juste le plan de parallélisation.
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### Applications
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- Kmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et *clusteriser*.
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Car densités déséquilibrées.
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:::{#ref-kmeans-vae}
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- Faire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l'espace latent
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J'ai commencé à regarder un peu
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### Présentations LSD, JdS et ML@Aussois
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- ~~PRÉSENTATION JDS (LSD), durée introuvable, adapter en anglais les slides~~ et voir avec PB et SD.
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- Quel plan ?
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- Quels résultats ? Baldock, Traveset ... (sub-Doré)
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### Inférence et microbes
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- Lire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)
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- Se renseigner techniques d'inférence de réseaux :
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- covariance (base corrélation et seuil)
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- GraphicalLASSO
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- Co-occurence
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- Lire article multi-niveaux Saint-Clair
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## A discuter
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- Voir pour TT période du 11 au 14 août
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- Voir pour date CSI car congés avec parents prévu du 29/08 au 12/09.
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## A faire
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### Inférence
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- Papier pour comprendre données
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- ~~Faust et al.~~
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- Abdill et al.
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- Bashan et al.
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- pbs : variance, bcp de zero, covariables, offset et taxonomie (Reseaux arretes differents niveaux : Genre, OTU ...)
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> Combine networks at different taxonomic levels
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- Inférence + GREMLINS
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### Rédaction article
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- Relire intro St Clair
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- S'inspirer structure pour mon intro
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- Trouver biblio intro
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- Rédiger l'intro
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- Dire résultats nettement meilleurs et variabilités inférieures.
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## J'ai fait
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## A continuer
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### Applications
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- Idée Sophie: Regarder clustering de données plantes-pollinisateur selon gradient d'urbanisation
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> Sophie a fait une appli qui marche bien et va dans le sens de l'analyse faite
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(à savoir pas d'effet du gradien d'urbanisation). À continuer pour l'intégrer dans l'article !
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### Axe inférence
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- Lire biblio fournie Julie, Inférence de réseaux : co-occurence
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> J'ai lu Faust et al.
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> Je lis Abdill et al.
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## Repoussés ou abandonnés
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:::{.callout-note collapse="true"}
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## Déplier pour voir
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- Résultats simus NA **Erreur pour certaines conditions** : Pour NA robustness générer `nb_rep` collections de taille $M=2$ et prélever
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$\epsilon_{max}n_r n_c$ liens à retirer puis pour les $\epsilon < \epsilon_{max}$ prélever dans la liste des indices afin d'avoir des perturbations emboitées.
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Il faut que j'ajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code).
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Implémenté les missing steps.
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> Je n'arrive pas à comprendre les erreurs qui arrivent
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- Lire Biological Networks - François Képès
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- Regarder les applications pour les collections de réseaux recommender system *Pas pertinents et trop gros*
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:::{#lst-reco-systems lst-cap="Recommender systems data"}
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Par exemple :
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- [Liste de recommendation data](https://cseweb.ucsd.edu/~jmcauley/datasets.html)
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### Papier plus multi-applications
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- Données d'Elisa herbivore ?
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- Données urbanisations ?
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### Autour de l'article et du package
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- Créer des vignettes illustrant par exemple des cas de simulations. **Possible de mettre l'exemple d'application de Sophie sur les réseaux avec gradient d'urbanisation**.
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### Simulations article
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- Comparer sur clustering unipartite avec versions symétriser des par blocs des matrices d'adjacences.
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- Corriger structure de simus :
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- Pour noisy $\alpha$ :
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- Logit pour envoyer la gaussienne vers (0,1)
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- Beta contrainte dans (0,1)
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- Pour noisy links : Générer `nb_clustering` collections de taille M puis prélever $\epsilon_{max}n_r n_c$ liens à inverser puis pour les $\epsilon < \epsilon_{max}$ prélever dans la liste des indices afin d'avoir des perturbations emboitées.
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