polarolouis/these-recap-hebdo
1
0
Fork 0
Code Issues Pull requests Projects Releases Packages Wiki Activity Actions

Deploy site [CI SKIP]

Browse source
This commit is contained in:
Woodpecker CI 2025-07-08 09:05:12 +00:00
parent 05165e22eb
commit 14efc0c365
3 changed files with 22 additions and 17 deletions
Show stats Download patch file Download diff file Expand all files Collapse all files

28
index.html
View file

@ -263,7 +263,7 @@ Agenda
<h2 class="anchored" data-anchor-id="journaux">Journaux</h2>
<div id="listing-journal-these" class="quarto-listing quarto-listing-container-default">
<div class="list quarto-listing-default">
<div class="quarto-post image-right" data-index="0" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1751846400000" data-listing-file-modified-sort="1751964956247" data-listing-date-modified-sort="1751964956000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="505">
<div class="quarto-post image-right" data-index="0" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1751846400000" data-listing-file-modified-sort="1751965489688" data-listing-date-modified-sort="1751965489000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="530">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-28/2025-28.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -298,7 +298,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="1" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1751241600000" data-listing-file-modified-sort="1751964956247" data-listing-date-modified-sort="1751964956000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="519">
<div class="quarto-post image-right" data-index="1" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1751241600000" data-listing-file-modified-sort="1751965489688" data-listing-date-modified-sort="1751965489000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="519">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-27/2025-27.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -333,7 +333,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="2" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1750377600000" data-listing-file-modified-sort="1751964956246" data-listing-date-modified-sort="1751964956000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="691">
<div class="quarto-post image-right" data-index="2" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1750377600000" data-listing-file-modified-sort="1751965489687" data-listing-date-modified-sort="1751965489000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="691">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-25/2025-25.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -368,7 +368,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="3" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1749772800000" data-listing-file-modified-sort="1751964956246" data-listing-date-modified-sort="1751964956000" data-listing-reading-time-sort="6" data-listing-word-count-sort="1009">
<div class="quarto-post image-right" data-index="3" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1749772800000" data-listing-file-modified-sort="1751965489686" data-listing-date-modified-sort="1751965489000" data-listing-reading-time-sort="6" data-listing-word-count-sort="1009">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-24/2025-24.html" class="no-external">
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-24/figs/ari-clustering-desc&asc9.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
@ -402,7 +402,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="4" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1748390400000" data-listing-file-modified-sort="1751964956245" data-listing-date-modified-sort="1751964956000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="785">
<div class="quarto-post image-right" data-index="4" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1748390400000" data-listing-file-modified-sort="1751965489686" data-listing-date-modified-sort="1751965489000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="785">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-22/2025-22.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -437,7 +437,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="5" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1747958400000" data-listing-file-modified-sort="1751964956245" data-listing-date-modified-sort="1751964956000" data-listing-reading-time-sort="5" data-listing-word-count-sort="919">
<div class="quarto-post image-right" data-index="5" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1747958400000" data-listing-file-modified-sort="1751965489686" data-listing-date-modified-sort="1751965489000" data-listing-reading-time-sort="5" data-listing-word-count-sort="919">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-21/2025-21.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -471,7 +471,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="6" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1747353600000" data-listing-file-modified-sort="1751964956245" data-listing-date-modified-sort="1751964956000" data-listing-reading-time-sort="6" data-listing-word-count-sort="1030">
<div class="quarto-post image-right" data-index="6" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1747353600000" data-listing-file-modified-sort="1751965489686" data-listing-date-modified-sort="1751965489000" data-listing-reading-time-sort="6" data-listing-word-count-sort="1030">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-20/2025-20.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -505,7 +505,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="7" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZQ==" data-listing-date-sort="1746748800000" data-listing-file-modified-sort="1751964956245" data-listing-date-modified-sort="1751964956000" data-listing-reading-time-sort="5" data-listing-word-count-sort="814">
<div class="quarto-post image-right" data-index="7" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZQ==" data-listing-date-sort="1746748800000" data-listing-file-modified-sort="1751965489686" data-listing-date-modified-sort="1751965489000" data-listing-reading-time-sort="5" data-listing-word-count-sort="814">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-19/2025-19.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -537,7 +537,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="8" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZQ==" data-listing-date-sort="1746144000000" data-listing-file-modified-sort="1751964956244" data-listing-date-modified-sort="1751964956000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="521">
<div class="quarto-post image-right" data-index="8" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZQ==" data-listing-date-sort="1746144000000" data-listing-file-modified-sort="1751965489684" data-listing-date-modified-sort="1751965489000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="521">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-18/2025-18.html" class="no-external">
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-18/figs/density-subdore.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
@ -569,7 +569,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="9" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1745539200000" data-listing-file-modified-sort="1751964956235" data-listing-date-modified-sort="1751964956000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="714">
<div class="quarto-post image-right" data-index="9" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1745539200000" data-listing-file-modified-sort="1751965489673" data-listing-date-modified-sort="1751965489000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="714">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-17/2025-17.html" class="no-external">
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-17/figs/density-subdore.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
@ -599,7 +599,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="10" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1744934400000" data-listing-file-modified-sort="1751964956234" data-listing-date-modified-sort="1751964956000" data-listing-reading-time-sort="2" data-listing-word-count-sort="352">
<div class="quarto-post image-right" data-index="10" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1744934400000" data-listing-file-modified-sort="1751965489671" data-listing-date-modified-sort="1751965489000" data-listing-reading-time-sort="2" data-listing-word-count-sort="352">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-16/2025-16.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -629,7 +629,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="11" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1743724800000" data-listing-file-modified-sort="1751964956232" data-listing-date-modified-sort="1751964956000" data-listing-reading-time-sort="2" data-listing-word-count-sort="353">
<div class="quarto-post image-right" data-index="11" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1743724800000" data-listing-file-modified-sort="1751965489669" data-listing-date-modified-sort="1751965489000" data-listing-reading-time-sort="2" data-listing-word-count-sort="353">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-15/2025-15.html" class="no-external">
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-15/figs/alluvial-clusterings.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
@ -659,7 +659,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="12" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1743120000000" data-listing-file-modified-sort="1751964956232" data-listing-date-modified-sort="1751964956000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="413">
<div class="quarto-post image-right" data-index="12" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1743120000000" data-listing-file-modified-sort="1751965489669" data-listing-date-modified-sort="1751965489000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="413">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-14/2025-14.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -689,7 +689,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="13" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1742169600000" data-listing-file-modified-sort="1751964956226" data-listing-date-modified-sort="1751964956000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="426">
<div class="quarto-post image-right" data-index="13" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1742169600000" data-listing-file-modified-sort="1751965489661" data-listing-date-modified-sort="1751965489000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="426">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-13/2025-13.html" class="no-external">
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-13/figs/baldock_meso_iid.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>

4
search.json
View file

@ -116,14 +116,14 @@
"href": "suivi/2025-28/2025-28.html",
"title": "Bilan semaine 28 2025 : 07 juillet - 11 juillet",
"section": "",
"text": "Pour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\n❓Je n’arrive plus à reproduire le bug pour l’inférence…\nS’assurer que ça marche et relancer\n\nCreuser et explorer avec easy16s !\n⌛ Calcul du score F1Revérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant\nAjouter au tableau comparatif sep BiSBM\nRegarder les codes Mangal database pour \\delta\nVoir \\delta mais additif\nAttente retour Pierre pour faire d’autres clustering\nImplémenter Anti Scalaire\nRegarder la liste des cours du MathSV et de l’Université Paris-Saclay.\nDé-bugger les simulations :\n\n⌛ Inférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -&gt; Visiblement il y a d’autres problèmes que juste le plan de parallélisation.\n\n⌛Bon le bug ne se reproduit plus… les jobs sont juste trop longs (&gt; 120h) j’ai relancé, il ne reste que 43/972 conditions.\n\n\n⌛ Plutôt regarder pour introduire un modèle \\delta-colBiSBM. Kmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\nRegarder Largest gap sur réseaux Doré\nEssayer clustering sur supinfo\nHomogénéiser notations dans les supplementaries\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\nTabNet pratiquer les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}\n\n\n\nPlus sur le temps long, à regarder\n\nGT causalité\nDaria Bystrova lire présentation Bystrova (s. d.) (Meek rules, V-structure)"
"text": "Pour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\n❓Je n’arrive plus à reproduire le bug pour l’inférence…\nS’assurer que ça marche et relancer\n\nCreuser et explorer avec easy16s !\n⌛ Calcul du score F1Revérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant\nAjouter au tableau comparatif sep BiSBM\nRegarder les codes Mangal database pour \\delta\nVoir \\delta mais additif\nAttente retour Pierre pour faire d’autres clustering\nImplémenter Anti Scalaire\nRegarder la liste des cours du MathSV et de l’Université Paris-Saclay.\nDé-bugger les simulations :\n\n⌛ Inférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -&gt; Visiblement il y a d’autres problèmes que juste le plan de parallélisation.\n\n⌛Bon le bug ne se reproduit plus… les jobs sont juste trop longs (&gt; 120h) j’ai relancé, il ne reste que 43/972 conditions.\n\n\n⌛ Plutôt regarder pour introduire un modèle \\delta-colBiSBM.\n\nAjouter le produit par \\delta là où nécessaire\nAjouter les modèles \\delta, \\delta\\pi, \\dots et les blocs conditionnels\nAjouter les tests unitaires adéquats et les vérifier\n\nRegarder Largest gap sur réseaux Doré\nEssayer clustering sur supinfo\nHomogénéiser notations dans les supplementaries\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\nTabNet pratiquer les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}\n\n\n\nPlus sur le temps long, à regarder\n\nGT causalité\nDaria Bystrova lire présentation Bystrova (s. d.) (Meek rules, V-structure)"
},
{
"objectID": "suivi/2025-28/2025-28.html#todo-list",
"href": "suivi/2025-28/2025-28.html#todo-list",
"title": "Bilan semaine 28 2025 : 07 juillet - 11 juillet",
"section": "",
"text": "Pour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\n❓Je n’arrive plus à reproduire le bug pour l’inférence…\nS’assurer que ça marche et relancer\n\nCreuser et explorer avec easy16s !\n⌛ Calcul du score F1Revérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant\nAjouter au tableau comparatif sep BiSBM\nRegarder les codes Mangal database pour \\delta\nVoir \\delta mais additif\nAttente retour Pierre pour faire d’autres clustering\nImplémenter Anti Scalaire\nRegarder la liste des cours du MathSV et de l’Université Paris-Saclay.\nDé-bugger les simulations :\n\n⌛ Inférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -&gt; Visiblement il y a d’autres problèmes que juste le plan de parallélisation.\n\n⌛Bon le bug ne se reproduit plus… les jobs sont juste trop longs (&gt; 120h) j’ai relancé, il ne reste que 43/972 conditions.\n\n\n⌛ Plutôt regarder pour introduire un modèle \\delta-colBiSBM. Kmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\nRegarder Largest gap sur réseaux Doré\nEssayer clustering sur supinfo\nHomogénéiser notations dans les supplementaries\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\nTabNet pratiquer les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}\n\n\n\nPlus sur le temps long, à regarder\n\nGT causalité\nDaria Bystrova lire présentation Bystrova (s. d.) (Meek rules, V-structure)"
"text": "Pour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\n❓Je n’arrive plus à reproduire le bug pour l’inférence…\nS’assurer que ça marche et relancer\n\nCreuser et explorer avec easy16s !\n⌛ Calcul du score F1Revérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant\nAjouter au tableau comparatif sep BiSBM\nRegarder les codes Mangal database pour \\delta\nVoir \\delta mais additif\nAttente retour Pierre pour faire d’autres clustering\nImplémenter Anti Scalaire\nRegarder la liste des cours du MathSV et de l’Université Paris-Saclay.\nDé-bugger les simulations :\n\n⌛ Inférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -&gt; Visiblement il y a d’autres problèmes que juste le plan de parallélisation.\n\n⌛Bon le bug ne se reproduit plus… les jobs sont juste trop longs (&gt; 120h) j’ai relancé, il ne reste que 43/972 conditions.\n\n\n⌛ Plutôt regarder pour introduire un modèle \\delta-colBiSBM.\n\nAjouter le produit par \\delta là où nécessaire\nAjouter les modèles \\delta, \\delta\\pi, \\dots et les blocs conditionnels\nAjouter les tests unitaires adéquats et les vérifier\n\nRegarder Largest gap sur réseaux Doré\nEssayer clustering sur supinfo\nHomogénéiser notations dans les supplementaries\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\nTabNet pratiquer les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}\n\n\n\nPlus sur le temps long, à regarder\n\nGT causalité\nDaria Bystrova lire présentation Bystrova (s. d.) (Meek rules, V-structure)"
},
{
"objectID": "suivi/2025-28/2025-28.html#biblio-à-faire",

7
suivi/2025-28/2025-28.html
View file

@ -278,7 +278,12 @@ window.Quarto = {
<li>⌛Bon le bug ne se reproduit plus… les jobs sont juste trop longs (&gt; 120h) j’ai relancé, il ne reste que 43/972 conditions.</li>
</ul></li>
</ul></li>
<li><p>⌛ <strong>Plutôt regarder pour introduire un modèle <span class="math inline">\delta</span>-colBiSBM</strong>. Kmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et <em>clusteriser</em>. Car densités déséquilibrées.</p></li>
<li><p>⌛ <strong>Plutôt regarder pour introduire un modèle <span class="math inline">\delta</span>-colBiSBM</strong>.</p>
<ul>
<li>Ajouter le produit par <span class="math inline">\delta</span> là où nécessaire</li>
<li>Ajouter les modèles <span class="math inline">\delta</span>, <span class="math inline">\delta\pi, \dots</span> et les blocs conditionnels</li>
<li>Ajouter les tests unitaires adéquats et les vérifier</li>
</ul></li>
<li><p>Regarder <em>Largest gap</em> sur réseaux Doré</p></li>
<li><p>Essayer <em>clustering</em> sur <code>supinfo</code></p></li>
<li><p>Homogénéiser notations dans les supplementaries</p></li>