diff --git a/index.html b/index.html index a2bc31e..8bd3f6b 100644 --- a/index.html +++ b/index.html @@ -17,32 +17,4017 @@ div.column{flex: auto; overflow-x: auto;} div.hanging-indent{margin-left: 1.5em; text-indent: -1.5em;} ul.task-list{list-style: none;} ul.task-list li input[type="checkbox"] { - width: 0.8em; - margin: 0 0.8em 0.2em -1em; /* quarto-specific, see https://github.com/quarto-dev/quarto-cli/issues/4556 */ - vertical-align: middle; +width: 0.8em; +margin: 0 0.8em 0.2em -1em; vertical-align: middle; } - - - - - - + + + + + + - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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Bilan semaine 13 2025 : 17-21 mars

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colBiSBM
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Auteur·rice
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Affiliation
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Louis Lacoste

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+ MIA Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, Université Paris-Saclay +

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Date de publication
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17 mars 2025

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Cette semaine j’ai :

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Baldock iid
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Baldock pi
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Baldock rho
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Baldock pirho
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Clear links
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Noisy links
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+Figure 1 +
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+ + + + + \ No newline at end of file diff --git a/suivi/2025-13/figs/baldock_meso_iid.png b/suivi/2025-13/figs/baldock_meso_iid.png new file mode 100644 index 0000000..7fd0f44 Binary files /dev/null and b/suivi/2025-13/figs/baldock_meso_iid.png differ diff --git a/suivi/2025-13/figs/baldock_meso_pi.png b/suivi/2025-13/figs/baldock_meso_pi.png new file mode 100644 index 0000000..aab0223 Binary files /dev/null and b/suivi/2025-13/figs/baldock_meso_pi.png differ diff --git a/suivi/2025-13/figs/baldock_meso_pirho.png b/suivi/2025-13/figs/baldock_meso_pirho.png new file mode 100644 index 0000000..6863e53 Binary files /dev/null and b/suivi/2025-13/figs/baldock_meso_pirho.png differ diff --git a/suivi/2025-13/figs/baldock_meso_rho.png b/suivi/2025-13/figs/baldock_meso_rho.png new file mode 100644 index 0000000..3bfe3e5 Binary files /dev/null and b/suivi/2025-13/figs/baldock_meso_rho.png differ diff --git a/suivi/2025-13/figs/clear_links.png b/suivi/2025-13/figs/clear_links.png new file mode 100644 index 0000000..3bc4f52 Binary files /dev/null and b/suivi/2025-13/figs/clear_links.png differ diff --git a/suivi/2025-13/figs/noisy_alpha.png b/suivi/2025-13/figs/noisy_alpha.png new file mode 100644 index 0000000..73141fe Binary files /dev/null and b/suivi/2025-13/figs/noisy_alpha.png differ diff --git a/suivi/2025-13/figs/noisy_links.png b/suivi/2025-13/figs/noisy_links.png new file mode 100644 index 0000000..4c4867e Binary files /dev/null and b/suivi/2025-13/figs/noisy_links.png differ diff --git a/suivi/2025-14/2025-14.html b/suivi/2025-14/2025-14.html new file mode 100644 index 0000000..c8fcf33 --- /dev/null +++ b/suivi/2025-14/2025-14.html @@ -0,0 +1,4409 @@ + + + + + + + + + + +Bilan semaine 14 2025 : 24-28 mars – Suivi de la thèse + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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Bilan semaine 14 2025 : 24-28 mars

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colBiSBM
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Auteur·rice
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Affiliation
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Louis Lacoste

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+ MIA Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, Université Paris-Saclay +

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Date de publication
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28 mars 2025

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A faire

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    +
  • Relire intro St Clair

  • +
  • S’inspirer structure pour mon intro

  • +
  • Trouver biblio intro

  • +
  • Rédiger l’intro

  • +
  • Agrandir la collection d’application, pas seulement Baldock mais aussi Trojelsgaard par ex

  • +
  • Lire les papiers de Baldock Traveset Souza Cordeniz Trojelsgaard et Gibson

  • +
  • Présenter le réseau Afrique du Sud dès l’intro des réseaux anglais de Baldock

  • +
  • Corriger structure de simus :

    +
      +
    • Pour noisy \alpha : +
        +
      • Logit pour envoyer la gaussienne vers (0,1)
      • +
      • Beta contrainte dans (0,1)
      • +
    • +
    • Pour noisy links : Générer nb_clustering collections de taille M puis prélever \epsilon_{max}n_r n_c liens à inverser puis pour les \epsilon < \epsilon_{max} prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées.
    • +
  • +
  • Rédiger et modifier les cadres de simulations dans le papier pour qu’ils soient raccord avec les données obtenues.

  • +
  • Lancer clustering iid ascendant sur données sub-Doré.

  • +
  • Vérifier si les Baldock anglais ont des espèces en communs “Do they involve common species?”.

  • +
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+

J’ai fait

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    +
  • Corriger structure de simus : +
      +
    • Pour NA robustness
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  • +
  • Définir dans la section 3 :
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Remark that for iid-colBiSBM, \pi_q, \rho_r > 0, and thus the blocks exist and are represented in all networks. For the other models, some blocks may not exist in some networks and this is why \pi_q^m, \rho_r^m \geq 0. Using S^{(1)} and S^{(2)} we can define the restricted parameters for each network and we denote them as \widetilde{\bm{\pi}}^m, \widetilde{\bm{\rho}}^m and \widetilde{\bm{\alpha}}^m. The restrictions thus indicate the blocks that are represented in the network m.

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+
    +
  • Écrire la partie preuve pour identif \pi-colBiSBM et \rho-colBiSBM. Identif : \pi et \rho en attente retours Pierre et Sophie

  • +
  • Saint-Clair va passer colSBM sous GrossSBM

  • +
  • Agrandir la collection d’application, pas seulement Baldock mais aussi Trojelsgaard par ex : Collection agrandie avec Baldock Traveset Souza Cordeniz Trojelsgaard et Gibson, en attente MIGALE. Clustering instable

  • +
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A continuer

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    +
  • Résultats simus NA Erreur pour certaines conditions : Pour NA robustness générer nb_rep collections de taille M=2 et prélever \epsilon_{max}n_r n_c liens à retirer puis pour les \epsilon < \epsilon_{max} prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées. Il faut que j’ajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code). Implémenté les missing steps en attente des résultats MIGALE.

  • +
  • Pour sub doré en attente MIGALE augmenter le nbre de répèt de la procédure.

  • +
+ + +
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+ + + + + \ No newline at end of file diff --git a/suivi/2025-15/2025-15.html b/suivi/2025-15/2025-15.html new file mode 100644 index 0000000..58c7125 --- /dev/null +++ b/suivi/2025-15/2025-15.html @@ -0,0 +1,4406 @@ + + + + + + + + + + +Bilan semaine 15 2025 : 31 mars-4 avril – Suivi de la thèse + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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Bilan semaine 15 2025 : 31 mars-4 avril

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colBiSBM
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Auteur·rice
+
Affiliation
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+

Louis Lacoste

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+

+ MIA Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, Université Paris-Saclay +

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Date de publication
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4 avril 2025

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A faire

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    +
  • Relire intro St Clair

  • +
  • S’inspirer structure pour mon intro

  • +
  • Trouver biblio intro

  • +
  • Rédiger l’intro

  • +
  • Lire les papiers de Baldock Traveset Souza Cordeniz Trojelsgaard et Gibson

  • +
  • Corriger structure de simus :

    +
      +
    • Pour noisy \alpha : +
        +
      • Logit pour envoyer la gaussienne vers (0,1)
      • +
      • Beta contrainte dans (0,1)
      • +
    • +
    • Pour noisy links : Générer nb_clustering collections de taille M puis prélever \epsilon_{max}n_r n_c liens à inverser puis pour les \epsilon < \epsilon_{max} prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées.
    • +
  • +
  • Extraire les nombres de liens communs et déplacer le tableau en annexes en faisant juste un paragraphe dans le corps de texte.

  • +
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Pour VENDREDI

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    +
  • Rédiger et modifier les cadres de simulations dans le papier pour qu’ils soient raccord avec les données obtenues.

  • +
  • Étoffer la partie simulations studies en mettant plusieurs points pour présenter les simus et les résultats succintement.

  • +
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je pense qu’il faudrait étoffer en mettrant plusieurs points répartis en paragraphe. genre vérif selection de modèle verif clustering réseau, verif transfer leraning et de dire les résultats en qq mots

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    +
  • Idée Sophie: Regarder clustering de données plantes-pollinisateur selon gradient d’urbanisation
  • +
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J’ai fait

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    +
  • Clustering sub-doré pas de stabilité à la répétition malheureusement

  • +
  • Vérifier si les Baldock anglais ont des espèces en communs “Do they involve common species?”. Oui environ 70/250 soit plus de 20%.

  • +
  • Présenter le réseau Afrique du Sud dès l’intro des réseaux anglais de Baldock

  • +
+
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+

A continuer

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    +
  • Résultats simus NA Erreur pour certaines conditions : Pour NA robustness générer nb_rep collections de taille M=2 et prélever \epsilon_{max}n_r n_c liens à retirer puis pour les \epsilon < \epsilon_{max} prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées. Il faut que j’ajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code). Implémenté les missing steps en attente des résultats MIGALE.

  • +
  • J’ai lancé le clustering iid ascendant sur données sub-Doré. en attente des résultats MIGALE

  • +
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+ + + + + \ No newline at end of file diff --git a/suivi/2025-15/figs/alluvial-clusterings.png b/suivi/2025-15/figs/alluvial-clusterings.png new file mode 100644 index 0000000..6d0f085 Binary files /dev/null and b/suivi/2025-15/figs/alluvial-clusterings.png differ diff --git a/suivi/2025-16/2025-16.html b/suivi/2025-16/2025-16.html new file mode 100644 index 0000000..da5f4bd --- /dev/null +++ b/suivi/2025-16/2025-16.html @@ -0,0 +1,4404 @@ + + + + + + + + + + +Bilan semaine 16 2025 – Suivi de la thèse + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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Bilan semaine 16 2025

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colBiSBM
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Auteur·rice
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Affiliation
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Louis Lacoste

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+ MIA Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, Université Paris-Saclay +

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Date de publication
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18 avril 2025

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A faire

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  • Relire intro St Clair

  • +
  • S’inspirer structure pour mon intro

  • +
  • Trouver biblio intro

  • +
  • Rédiger l’intro

  • +
  • Lire les papiers de Baldock Traveset Souza Cordeniz Trojelsgaard et Gibson

  • +
  • Corriger structure de simus :

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      +
    • Pour noisy \alpha : +
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      • Logit pour envoyer la gaussienne vers (0,1)
      • +
      • Beta contrainte dans (0,1)
      • +
    • +
    • Pour noisy links : Générer nb_clustering collections de taille M puis prélever \epsilon_{max}n_r n_c liens à inverser puis pour les \epsilon < \epsilon_{max} prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées.
    • +
  • +
  • Idée Sophie: Regarder clustering de données plantes-pollinisateur selon gradient d’urbanisation

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  • Idée Pierre : Regarder la contribution au BICL de la collection des réseaux et comparer au sep BICL pour essayer de repérer les outliers.

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J’ai fait

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  • J’ai lancé le clustering iid ascendant sur données sub-Doré. Résultats stables mais 27 collections formées donc pas de mise en commun des structures…

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  • Rédiger et modifier les cadres de simulations dans le papier pour qu’ils soient raccord avec les données obtenues.

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  • Étoffer la partie simulations studies en mettant plusieurs points pour présenter les simus et les résultats succintement.

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je pense qu’il faudrait étoffer en mettrant plusieurs points répartis en paragraphe. genre vérif selection de modèle verif clustering réseau, verif transfer leraning et de dire les résultats en qq mots

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  • Comment faire pour l’inscription JdS (paiement, coldem …) : voir avec Christelle
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  • CSI : St Clair, Sonia ou Elisa et Pierre Gérard
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A continuer

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  • Résultats simus NA Erreur pour certaines conditions : Pour NA robustness générer nb_rep collections de taille M=2 et prélever \epsilon_{max}n_r n_c liens à retirer puis pour les \epsilon < \epsilon_{max} prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées. Il faut que j’ajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code). Implémenté les missing steps en attente des résultats MIGALE.

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  • Lire Biological Networks - François Képès

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  • J’ai esquissé des bouts d’intro

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+ + + + + \ No newline at end of file diff --git a/suivi/2025-17/2025-17.html b/suivi/2025-17/2025-17.html index 69a2e6d..b6ba8eb 100644 --- a/suivi/2025-17/2025-17.html +++ b/suivi/2025-17/2025-17.html @@ -6,7 +6,7 @@ - + Bilan semaine 17 2025 : 24 avril - 25 avril – Suivi de la thèse - - - - - - + + + + + + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - - - +