Deploy site [CI SKIP]
This commit is contained in:
Woodpecker CI
parent
ff54224343
commit
34e0f75ae2
15 changed files with 32 additions and 32 deletions
30
index.html
30
index.html
|
|
@ -225,14 +225,14 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Date de publication</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Date de publication</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date-modified">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date-modified">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -257,7 +257,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
|
|
||||||
<div class="quarto-listing quarto-listing-container-default" id="listing-listing">
|
<div class="quarto-listing quarto-listing-container-default" id="listing-listing">
|
||||||
<div class="list quarto-listing-default">
|
<div class="list quarto-listing-default">
|
||||||
<div class="quarto-post image-right" data-index="0" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1751241600000" data-listing-file-modified-sort="1751470086209" data-listing-date-modified-sort="1751470086000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="514">
|
<div class="quarto-post image-right" data-index="0" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1751241600000" data-listing-file-modified-sort="1751887762499" data-listing-date-modified-sort="1751887762000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="519">
|
||||||
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-27/2025-27.html" class="no-external">
|
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-27/2025-27.html" class="no-external">
|
||||||
|
|
||||||
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
||||||
|
|
@ -292,7 +292,7 @@ Louis Lacoste
|
||||||
</a>
|
</a>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
<div class="quarto-post image-right" data-index="1" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1750377600000" data-listing-file-modified-sort="1751470086208" data-listing-date-modified-sort="1751470086000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="691">
|
<div class="quarto-post image-right" data-index="1" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1750377600000" data-listing-file-modified-sort="1751887762499" data-listing-date-modified-sort="1751887762000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="691">
|
||||||
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-25/2025-25.html" class="no-external">
|
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-25/2025-25.html" class="no-external">
|
||||||
|
|
||||||
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
||||||
|
|
@ -327,7 +327,7 @@ Louis Lacoste
|
||||||
</a>
|
</a>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
<div class="quarto-post image-right" data-index="2" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1749772800000" data-listing-file-modified-sort="1751470086136" data-listing-date-modified-sort="1751470086000" data-listing-reading-time-sort="6" data-listing-word-count-sort="1009">
|
<div class="quarto-post image-right" data-index="2" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1749772800000" data-listing-file-modified-sort="1751887762498" data-listing-date-modified-sort="1751887762000" data-listing-reading-time-sort="6" data-listing-word-count-sort="1009">
|
||||||
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-24/2025-24.html" class="no-external">
|
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-24/2025-24.html" class="no-external">
|
||||||
|
|
||||||
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-24/figs/ari-clustering-desc&asc9.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
|
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-24/figs/ari-clustering-desc&asc9.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
|
||||||
|
|
@ -361,7 +361,7 @@ Louis Lacoste
|
||||||
</a>
|
</a>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
<div class="quarto-post image-right" data-index="3" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1748390400000" data-listing-file-modified-sort="1751470086136" data-listing-date-modified-sort="1751470086000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="785">
|
<div class="quarto-post image-right" data-index="3" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1748390400000" data-listing-file-modified-sort="1751887762498" data-listing-date-modified-sort="1751887762000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="785">
|
||||||
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-22/2025-22.html" class="no-external">
|
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-22/2025-22.html" class="no-external">
|
||||||
|
|
||||||
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
||||||
|
|
@ -396,7 +396,7 @@ Louis Lacoste
|
||||||
</a>
|
</a>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
<div class="quarto-post image-right" data-index="4" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1747958400000" data-listing-file-modified-sort="1751470086136" data-listing-date-modified-sort="1751470086000" data-listing-reading-time-sort="5" data-listing-word-count-sort="919">
|
<div class="quarto-post image-right" data-index="4" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1747958400000" data-listing-file-modified-sort="1751887762498" data-listing-date-modified-sort="1751887762000" data-listing-reading-time-sort="5" data-listing-word-count-sort="919">
|
||||||
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-21/2025-21.html" class="no-external">
|
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-21/2025-21.html" class="no-external">
|
||||||
|
|
||||||
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
||||||
|
|
@ -430,7 +430,7 @@ Louis Lacoste
|
||||||
</a>
|
</a>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
<div class="quarto-post image-right" data-index="5" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1747353600000" data-listing-file-modified-sort="1751470086135" data-listing-date-modified-sort="1751470086000" data-listing-reading-time-sort="6" data-listing-word-count-sort="1030">
|
<div class="quarto-post image-right" data-index="5" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1747353600000" data-listing-file-modified-sort="1751887762498" data-listing-date-modified-sort="1751887762000" data-listing-reading-time-sort="6" data-listing-word-count-sort="1030">
|
||||||
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-20/2025-20.html" class="no-external">
|
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-20/2025-20.html" class="no-external">
|
||||||
|
|
||||||
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
||||||
|
|
@ -464,7 +464,7 @@ Louis Lacoste
|
||||||
</a>
|
</a>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
<div class="quarto-post image-right" data-index="6" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZQ==" data-listing-date-sort="1746748800000" data-listing-file-modified-sort="1751470086135" data-listing-date-modified-sort="1751470086000" data-listing-reading-time-sort="5" data-listing-word-count-sort="814">
|
<div class="quarto-post image-right" data-index="6" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZQ==" data-listing-date-sort="1746748800000" data-listing-file-modified-sort="1751887762498" data-listing-date-modified-sort="1751887762000" data-listing-reading-time-sort="5" data-listing-word-count-sort="814">
|
||||||
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-19/2025-19.html" class="no-external">
|
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-19/2025-19.html" class="no-external">
|
||||||
|
|
||||||
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
||||||
|
|
@ -496,7 +496,7 @@ Louis Lacoste
|
||||||
</a>
|
</a>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
<div class="quarto-post image-right" data-index="7" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZQ==" data-listing-date-sort="1746144000000" data-listing-file-modified-sort="1751470086134" data-listing-date-modified-sort="1751470086000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="521">
|
<div class="quarto-post image-right" data-index="7" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZQ==" data-listing-date-sort="1746144000000" data-listing-file-modified-sort="1751887762497" data-listing-date-modified-sort="1751887762000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="521">
|
||||||
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-18/2025-18.html" class="no-external">
|
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-18/2025-18.html" class="no-external">
|
||||||
|
|
||||||
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-18/figs/density-subdore.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
|
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-18/figs/density-subdore.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
|
||||||
|
|
@ -528,7 +528,7 @@ Louis Lacoste
|
||||||
</a>
|
</a>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
<div class="quarto-post image-right" data-index="8" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1745539200000" data-listing-file-modified-sort="1751470086124" data-listing-date-modified-sort="1751470086000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="714">
|
<div class="quarto-post image-right" data-index="8" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1745539200000" data-listing-file-modified-sort="1751887762488" data-listing-date-modified-sort="1751887762000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="714">
|
||||||
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-17/2025-17.html" class="no-external">
|
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-17/2025-17.html" class="no-external">
|
||||||
|
|
||||||
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-17/figs/density-subdore.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
|
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-17/figs/density-subdore.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
|
||||||
|
|
@ -558,7 +558,7 @@ Louis Lacoste
|
||||||
</a>
|
</a>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
<div class="quarto-post image-right" data-index="9" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1744934400000" data-listing-file-modified-sort="1751470086122" data-listing-date-modified-sort="1751470086000" data-listing-reading-time-sort="2" data-listing-word-count-sort="352">
|
<div class="quarto-post image-right" data-index="9" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1744934400000" data-listing-file-modified-sort="1751887762486" data-listing-date-modified-sort="1751887762000" data-listing-reading-time-sort="2" data-listing-word-count-sort="352">
|
||||||
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-16/2025-16.html" class="no-external">
|
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-16/2025-16.html" class="no-external">
|
||||||
|
|
||||||
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
||||||
|
|
@ -588,7 +588,7 @@ Louis Lacoste
|
||||||
</a>
|
</a>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
<div class="quarto-post image-right" data-index="10" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1743724800000" data-listing-file-modified-sort="1751470086120" data-listing-date-modified-sort="1751470086000" data-listing-reading-time-sort="2" data-listing-word-count-sort="353">
|
<div class="quarto-post image-right" data-index="10" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1743724800000" data-listing-file-modified-sort="1751887762485" data-listing-date-modified-sort="1751887762000" data-listing-reading-time-sort="2" data-listing-word-count-sort="353">
|
||||||
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-15/2025-15.html" class="no-external">
|
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-15/2025-15.html" class="no-external">
|
||||||
|
|
||||||
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-15/figs/alluvial-clusterings.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
|
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-15/figs/alluvial-clusterings.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
|
||||||
|
|
@ -618,7 +618,7 @@ Louis Lacoste
|
||||||
</a>
|
</a>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
<div class="quarto-post image-right" data-index="11" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1743120000000" data-listing-file-modified-sort="1751470086120" data-listing-date-modified-sort="1751470086000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="413">
|
<div class="quarto-post image-right" data-index="11" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1743120000000" data-listing-file-modified-sort="1751887762484" data-listing-date-modified-sort="1751887762000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="413">
|
||||||
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-14/2025-14.html" class="no-external">
|
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-14/2025-14.html" class="no-external">
|
||||||
|
|
||||||
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" > </div>
|
||||||
|
|
@ -648,7 +648,7 @@ Louis Lacoste
|
||||||
</a>
|
</a>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
<div class="quarto-post image-right" data-index="12" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1742169600000" data-listing-file-modified-sort="1751470086112" data-listing-date-modified-sort="1751470086000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="426">
|
<div class="quarto-post image-right" data-index="12" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1742169600000" data-listing-file-modified-sort="1751887762476" data-listing-date-modified-sort="1751887762000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="426">
|
||||||
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-13/2025-13.html" class="no-external">
|
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-13/2025-13.html" class="no-external">
|
||||||
|
|
||||||
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-13/figs/baldock_meso_iid.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
|
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-13/figs/baldock_meso_iid.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -333,14 +333,14 @@
|
||||||
"href": "suivi/2025-27/2025-27.html",
|
"href": "suivi/2025-27/2025-27.html",
|
||||||
"title": "Bilan semaine 27 2025 : 30 juin - 4 juillet",
|
"title": "Bilan semaine 27 2025 : 30 juin - 4 juillet",
|
||||||
"section": "",
|
"section": "",
|
||||||
"text": "Pour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\n❓Je n’arrive plus à reproduire le bug pour l’inférence…\nS’assurer que ça marche et relancer\n\nCreuser et explorer avec easy16s !\n✅ Ajouter le tableau de comparaison du VGAE avec colBiSBM\nRevérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant\nRegarder la liste des cours du MathSV et de l’Université Paris-Saclay.\nDé-bugger les simulations :\n\n⌛ Inférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -> Visiblement il y a d’autres problèmes que juste le plan de parallélisation.\n\n⌛Bon le bug ne se reproduit plus… les jobs sont juste trop longs (> 120h) j’ai relancé, il ne reste que 182/972 conditions.\n\n\nPlutôt regarder pour introduire un modèle \\delta-colBiSBM. Kmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\n✅ Creuser TabNet de Christophe Regouby\nTabNet pratiquer les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}\n\n\n\nPlus sur le temps long, à regarder\n\nGT causalité\nDaria Bystrova lire présentation Bystrova (s. d.) (Meek rules, V-structure)"
|
"text": "Pour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\n❓Je n’arrive plus à reproduire le bug pour l’inférence…\nS’assurer que ça marche et relancer\n\nCreuser et explorer avec easy16s !\n✅ Ajouter le tableau de comparaison du VGAE avec colBiSBM\n⌛ Calcul du score F1Revérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant\nRegarder la liste des cours du MathSV et de l’Université Paris-Saclay.\nDé-bugger les simulations :\n\n⌛ Inférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -> Visiblement il y a d’autres problèmes que juste le plan de parallélisation.\n\n⌛Bon le bug ne se reproduit plus… les jobs sont juste trop longs (> 120h) j’ai relancé, il ne reste que 182/972 conditions.\n\n\n⌛ Plutôt regarder pour introduire un modèle \\delta-colBiSBM. Kmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\n✅ Creuser TabNet de Christophe Regouby\nTabNet pratiquer les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}\n\n\n\nPlus sur le temps long, à regarder\n\nGT causalité\nDaria Bystrova lire présentation Bystrova (s. d.) (Meek rules, V-structure)"
|
||||||
},
|
},
|
||||||
{
|
{
|
||||||
"objectID": "suivi/2025-27/2025-27.html#todo-list",
|
"objectID": "suivi/2025-27/2025-27.html#todo-list",
|
||||||
"href": "suivi/2025-27/2025-27.html#todo-list",
|
"href": "suivi/2025-27/2025-27.html#todo-list",
|
||||||
"title": "Bilan semaine 27 2025 : 30 juin - 4 juillet",
|
"title": "Bilan semaine 27 2025 : 30 juin - 4 juillet",
|
||||||
"section": "",
|
"section": "",
|
||||||
"text": "Pour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\n❓Je n’arrive plus à reproduire le bug pour l’inférence…\nS’assurer que ça marche et relancer\n\nCreuser et explorer avec easy16s !\n✅ Ajouter le tableau de comparaison du VGAE avec colBiSBM\nRevérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant\nRegarder la liste des cours du MathSV et de l’Université Paris-Saclay.\nDé-bugger les simulations :\n\n⌛ Inférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -> Visiblement il y a d’autres problèmes que juste le plan de parallélisation.\n\n⌛Bon le bug ne se reproduit plus… les jobs sont juste trop longs (> 120h) j’ai relancé, il ne reste que 182/972 conditions.\n\n\nPlutôt regarder pour introduire un modèle \\delta-colBiSBM. Kmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\n✅ Creuser TabNet de Christophe Regouby\nTabNet pratiquer les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}\n\n\n\nPlus sur le temps long, à regarder\n\nGT causalité\nDaria Bystrova lire présentation Bystrova (s. d.) (Meek rules, V-structure)"
|
"text": "Pour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\n❓Je n’arrive plus à reproduire le bug pour l’inférence…\nS’assurer que ça marche et relancer\n\nCreuser et explorer avec easy16s !\n✅ Ajouter le tableau de comparaison du VGAE avec colBiSBM\n⌛ Calcul du score F1Revérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant\nRegarder la liste des cours du MathSV et de l’Université Paris-Saclay.\nDé-bugger les simulations :\n\n⌛ Inférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -> Visiblement il y a d’autres problèmes que juste le plan de parallélisation.\n\n⌛Bon le bug ne se reproduit plus… les jobs sont juste trop longs (> 120h) j’ai relancé, il ne reste que 182/972 conditions.\n\n\n⌛ Plutôt regarder pour introduire un modèle \\delta-colBiSBM. Kmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\n✅ Creuser TabNet de Christophe Regouby\nTabNet pratiquer les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}\n\n\n\nPlus sur le temps long, à regarder\n\nGT causalité\nDaria Bystrova lire présentation Bystrova (s. d.) (Meek rules, V-structure)"
|
||||||
},
|
},
|
||||||
{
|
{
|
||||||
"objectID": "suivi/2025-27/2025-27.html#lectures-en-cours",
|
"objectID": "suivi/2025-27/2025-27.html#lectures-en-cours",
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -189,7 +189,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date-modified">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date-modified">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -189,7 +189,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date-modified">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date-modified">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -189,7 +189,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date-modified">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date-modified">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -189,7 +189,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date-modified">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date-modified">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -189,7 +189,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date-modified">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date-modified">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -190,7 +190,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date-modified">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date-modified">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -190,7 +190,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date-modified">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date-modified">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -191,7 +191,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date-modified">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date-modified">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -191,7 +191,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date-modified">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date-modified">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -191,7 +191,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date-modified">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date-modified">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -211,7 +211,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date-modified">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date-modified">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -211,7 +211,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date-modified">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date-modified">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -211,7 +211,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<div>
|
<div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
|
||||||
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
<div class="quarto-title-meta-contents">
|
||||||
<p class="date-modified">2 juillet 2025</p>
|
<p class="date-modified">7 juillet 2025</p>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
</div>
|
</div>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -264,7 +264,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
</ul></li>
|
</ul></li>
|
||||||
<li><p>Creuser et explorer avec easy16s !</p></li>
|
<li><p>Creuser et explorer avec easy16s !</p></li>
|
||||||
<li><p>✅ Ajouter le tableau de comparaison du VGAE avec colBiSBM</p></li>
|
<li><p>✅ Ajouter le tableau de comparaison du VGAE avec colBiSBM</p></li>
|
||||||
<li><p>Revérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant</p></li>
|
<li><p>⌛ <strong>Calcul du score F1</strong>Revérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant</p></li>
|
||||||
<li><p>Regarder la liste des cours du MathSV et de l’Université Paris-Saclay.</p></li>
|
<li><p>Regarder la liste des cours du MathSV et de l’Université Paris-Saclay.</p></li>
|
||||||
<li><p>Dé-bugger les simulations :</p>
|
<li><p>Dé-bugger les simulations :</p>
|
||||||
<ul>
|
<ul>
|
||||||
|
|
@ -273,7 +273,7 @@ window.Quarto = {
|
||||||
<li>⌛Bon le bug ne se reproduit plus… les jobs sont juste trop longs (> 120h) j’ai relancé, il ne reste que 182/972 conditions.</li>
|
<li>⌛Bon le bug ne se reproduit plus… les jobs sont juste trop longs (> 120h) j’ai relancé, il ne reste que 182/972 conditions.</li>
|
||||||
</ul></li>
|
</ul></li>
|
||||||
</ul></li>
|
</ul></li>
|
||||||
<li><p><strong>Plutôt regarder pour introduire un modèle <span class="math inline">\delta</span>-colBiSBM</strong>. Kmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et <em>clusteriser</em>. Car densités déséquilibrées.</p></li>
|
<li><p>⌛ <strong>Plutôt regarder pour introduire un modèle <span class="math inline">\delta</span>-colBiSBM</strong>. Kmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et <em>clusteriser</em>. Car densités déséquilibrées.</p></li>
|
||||||
</ul>
|
</ul>
|
||||||
<div id="ref-kmeans-vae" class="quarto-float quarto-figure quarto-figure-center anchored">
|
<div id="ref-kmeans-vae" class="quarto-float quarto-figure quarto-figure-center anchored">
|
||||||
<figure class="quarto-float quarto-float-ref figure">
|
<figure class="quarto-float quarto-float-ref figure">
|
||||||
|
|
|
||||||
Loading…
Add table
Reference in a new issue