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"title": "Bilan semaine 24 2025 : 10 juin - 13 juin",
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"section": "",
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"text": "❗Préparer la séance intro à Git pour le 13 juin.\nPour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\nFaire le hclust avec diverses distances et voir si les coupes proposées diffèrent sensiblement\nSi plusieurs clustering possibles les tester et sélectionner le meilleur\nRé-ajuster les bonnes partitions.\n▶️ Je commence à coder ça\n\nIdée de Sophie : alterner descendant et ascendant → prometteur aussi\n\nJ’ai codé le fichier de simulations et débugguer le vecteur de clustering ▶️ à voir les performances. ➡️ la simu à 9 réseaux (bcp de variabilité a priori) est lancée attente résultats\n\nPour les deux propositions données simulées tester diverses distances.\nDé-bugger les simulations :\n\nInférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -> Visiblement il y a d’autres problèmes que juste le plan de parallélisation.\n\nVérifier si problème de version tidyverse pour vapply sur l’inférence.\nSi problème de parallélisation vient de pb de version future.callr le signaler à MIGALE.\n✅ Réparé mauvais placement des légendes, des valeurs etc. ### Applications\nKmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\nComparer les perfs du VAE sur Baldock avec colBiSBM par exemple\n\n\n\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nSe renseigner techniques d’inférence de réseaux :\n\ncovariance (base corrélation et seuil)\nGraphicalLASSO\nCo-occurence\n\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\nCreuser TabNet de Christophe Regouby et les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nDemander à JA si elle connaît des réseaux d’interactions connus par les experts (idée d’intégrer une connaissance experte et de voir les différences de structure par rapport à celle attendue)\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}"
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"text": "❗Préparer la séance intro à Git pour le 13 juin.\nPour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\nFaire le hclust avec diverses distances et voir si les coupes proposées diffèrent sensiblement\nSi plusieurs clustering possibles les tester et sélectionner le meilleur\nRé-ajuster les bonnes partitions.\n▶️ Je commence à coder ça ➡️ Je stocke la première étape de clustering pour moins galérer\n\nIdée de Sophie : alterner descendant et ascendant → prometteur aussi\n\nJ’ai codé le fichier de simulations et débugguer le vecteur de clustering ▶️ à voir les performances. ➡️ la simu à 9 réseaux (bcp de variabilité a priori) est lancée attente résultats ➡️ Je tombe sur un bug déjà rencontré dans les simus d’inférence. j’ai lancé sans parallélisation pour essayer de comprendre le bug.\n\nPour les deux propositions données simulées tester diverses distances.\nDé-bugger les simulations :\n\nInférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -> Visiblement il y a d’autres problèmes que juste le plan de parallélisation.\n\nVérifier si problème de version tidyverse pour vapply sur l’inférence.\nSi problème de parallélisation vient de pb de version future.callr le signaler à MIGALE.\n✅ Réparé mauvais placement des légendes, des valeurs etc. ### Applications\nKmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\nComparer les perfs du VAE sur Baldock avec colBiSBM par exemple\n\n\n\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nSe renseigner techniques d’inférence de réseaux :\n\ncovariance (base corrélation et seuil)\nGraphicalLASSO\nCo-occurence\n\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\nCreuser TabNet de Christophe Regouby et les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nDemander à JA si elle connaît des réseaux d’interactions connus par les experts (idée d’intégrer une connaissance experte et de voir les différences de structure par rapport à celle attendue)\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}"
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"text": "❗Préparer la séance intro à Git pour le 13 juin.\nPour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\nFaire le hclust avec diverses distances et voir si les coupes proposées diffèrent sensiblement\nSi plusieurs clustering possibles les tester et sélectionner le meilleur\nRé-ajuster les bonnes partitions.\n▶️ Je commence à coder ça\n\nIdée de Sophie : alterner descendant et ascendant → prometteur aussi\n\nJ’ai codé le fichier de simulations et débugguer le vecteur de clustering ▶️ à voir les performances. ➡️ la simu à 9 réseaux (bcp de variabilité a priori) est lancée attente résultats\n\nPour les deux propositions données simulées tester diverses distances.\nDé-bugger les simulations :\n\nInférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -> Visiblement il y a d’autres problèmes que juste le plan de parallélisation.\n\nVérifier si problème de version tidyverse pour vapply sur l’inférence.\nSi problème de parallélisation vient de pb de version future.callr le signaler à MIGALE.\n✅ Réparé mauvais placement des légendes, des valeurs etc. ### Applications\nKmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\nComparer les perfs du VAE sur Baldock avec colBiSBM par exemple\n\n\n\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nSe renseigner techniques d’inférence de réseaux :\n\ncovariance (base corrélation et seuil)\nGraphicalLASSO\nCo-occurence\n\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\nCreuser TabNet de Christophe Regouby et les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nDemander à JA si elle connaît des réseaux d’interactions connus par les experts (idée d’intégrer une connaissance experte et de voir les différences de structure par rapport à celle attendue)\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}"
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"text": "❗Préparer la séance intro à Git pour le 13 juin.\nPour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\nFaire le hclust avec diverses distances et voir si les coupes proposées diffèrent sensiblement\nSi plusieurs clustering possibles les tester et sélectionner le meilleur\nRé-ajuster les bonnes partitions.\n▶️ Je commence à coder ça ➡️ Je stocke la première étape de clustering pour moins galérer\n\nIdée de Sophie : alterner descendant et ascendant → prometteur aussi\n\nJ’ai codé le fichier de simulations et débugguer le vecteur de clustering ▶️ à voir les performances. ➡️ la simu à 9 réseaux (bcp de variabilité a priori) est lancée attente résultats ➡️ Je tombe sur un bug déjà rencontré dans les simus d’inférence. j’ai lancé sans parallélisation pour essayer de comprendre le bug.\n\nPour les deux propositions données simulées tester diverses distances.\nDé-bugger les simulations :\n\nInférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -> Visiblement il y a d’autres problèmes que juste le plan de parallélisation.\n\nVérifier si problème de version tidyverse pour vapply sur l’inférence.\nSi problème de parallélisation vient de pb de version future.callr le signaler à MIGALE.\n✅ Réparé mauvais placement des légendes, des valeurs etc. ### Applications\nKmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\nComparer les perfs du VAE sur Baldock avec colBiSBM par exemple\n\n\n\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nSe renseigner techniques d’inférence de réseaux :\n\ncovariance (base corrélation et seuil)\nGraphicalLASSO\nCo-occurence\n\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\nCreuser TabNet de Christophe Regouby et les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nDemander à JA si elle connaît des réseaux d’interactions connus par les experts (idée d’intégrer une connaissance experte et de voir les différences de structure par rapport à celle attendue)\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}"
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},
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{
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"objectID": "suivi/2025-24/2025-24.html#lecture-en-cours",
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"href": "suivi/2025-24/2025-24.html#lecture-en-cours",
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"title": "Bilan semaine 24 2025 : 10 juin - 13 juin",
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"section": "Lecture en cours",
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"text": "Lecture en cours\n\nOT\n\nMazelet, Flamary, et Thirion (s. d.) Intéressant pour le transport optimal entre graphes de tailles différentes\n\nNenna (s. d.) Pour comprendre le problème d’OT régularisé pour l’entropie."
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},
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{
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"objectID": "suivi/2025-24/2025-24.html#a-discuter",
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@ -21,7 +21,27 @@ ul.task-list li input[type="checkbox"] {
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margin: 0 0.8em 0.2em -1em; /* quarto-specific, see https://github.com/quarto-dev/quarto-cli/issues/4556 */
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vertical-align: middle;
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}
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</style>
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/* CSS for citations */
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div.csl-bib-body { }
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div.csl-entry {
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clear: both;
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margin-bottom: 0em;
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}
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.hanging-indent div.csl-entry {
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margin-left:2em;
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text-indent:-2em;
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}
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div.csl-left-margin {
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min-width:2em;
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float:left;
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}
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div.csl-right-inline {
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margin-left:2em;
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padding-left:1em;
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}
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div.csl-indent {
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margin-left: 2em;
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}</style>
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<script src="../../site_libs/quarto-nav/quarto-nav.js"></script>
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@ -196,6 +216,10 @@ window.Quarto = {
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<ul class="collapse">
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<li><a href="#inférence-et-microbes" id="toc-inférence-et-microbes" class="nav-link" data-scroll-target="#inférence-et-microbes">Inférence et microbes</a></li>
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</ul></li>
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<li><a href="#lecture-en-cours" id="toc-lecture-en-cours" class="nav-link" data-scroll-target="#lecture-en-cours">Lecture en cours</a>
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<ul class="collapse">
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<li><a href="#ot" id="toc-ot" class="nav-link" data-scroll-target="#ot">OT</a></li>
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</ul></li>
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<li><a href="#a-discuter" id="toc-a-discuter" class="nav-link" data-scroll-target="#a-discuter">A discuter</a>
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<ul class="collapse">
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<li><a href="#inférence" id="toc-inférence" class="nav-link" data-scroll-target="#inférence">Inférence</a></li>
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@ -227,11 +251,11 @@ window.Quarto = {
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<li>Faire le <code>hclust</code> avec diverses distances et voir si les coupes proposées diffèrent sensiblement</li>
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<li>Si plusieurs clustering possibles les tester et sélectionner le meilleur</li>
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<li>Ré-ajuster les bonnes partitions.</li>
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<li>▶️ Je commence à coder ça</li>
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<li>▶️ Je commence à coder ça ➡️ Je stocke la première étape de clustering pour moins galérer</li>
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</ul></li>
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<li><p>Idée de Sophie : alterner descendant et ascendant → prometteur aussi</p>
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<ul>
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<li>J’ai codé le fichier de simulations et débugguer le vecteur de clustering ▶️ à voir les performances. ➡️ la simu à 9 réseaux (bcp de variabilité a priori) est lancée attente résultats</li>
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<li>J’ai codé le fichier de simulations et débugguer le vecteur de clustering ▶️ à voir les performances. ➡️ la simu à 9 réseaux (bcp de variabilité a priori) est lancée attente résultats ➡️ Je tombe sur un bug déjà rencontré dans les simus d’inférence. j’ai lancé sans parallélisation pour essayer de comprendre le bug.</li>
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</ul></li>
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<li><p>Pour les deux propositions données simulées tester diverses distances.</p></li>
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<li><p>Dé-bugger les simulations :</p>
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@ -281,6 +305,18 @@ Z^0_i \overset{?}{=} & Z^1_i \overset{?}{=} Z^2_i \overset{?}{=} Z^3_i &
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</ul>
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</section>
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</section>
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<section id="lecture-en-cours" class="level2">
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<h2 class="anchored" data-anchor-id="lecture-en-cours">Lecture en cours</h2>
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<section id="ot" class="level3">
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<h3 class="anchored" data-anchor-id="ot">OT</h3>
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<ul>
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<li><span class="citation" data-cites="mazeletUnsupervisedLearningOptimal">Mazelet, Flamary, et Thirion (<a href="#ref-mazeletUnsupervisedLearningOptimal" role="doc-biblioref">s. d.</a>)</span> Intéressant pour le transport optimal entre graphes de tailles différentes
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<ul>
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<li><span class="citation" data-cites="nennaLecture2Entropic">Nenna (<a href="#ref-nennaLecture2Entropic" role="doc-biblioref">s. d.</a>)</span> Pour comprendre le problème d’OT régularisé pour l’entropie.</li>
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</ul></li>
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</ul>
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</section>
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</section>
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<section id="a-discuter" class="level2">
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<h2 class="anchored" data-anchor-id="a-discuter">A discuter</h2>
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<section id="inférence" class="level3">
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@ -403,9 +439,17 @@ Listing 1: Recommender systems data
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</div>
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</section>
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</main> <!-- /main -->
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<div id="quarto-appendix" class="default"><section class="quarto-appendix-contents" role="doc-bibliography" id="quarto-bibliography"><h2 class="anchored quarto-appendix-heading">Les références</h2><div id="refs" class="references csl-bib-body hanging-indent" data-entry-spacing="0" role="list">
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<div id="ref-mazeletUnsupervisedLearningOptimal" class="csl-entry" role="listitem">
|
||||
Mazelet, Sonia, Rémi Flamary, et Bertrand Thirion. s. d. <span>« Unsupervised <span>Learning</span> for <span>Optimal Transport</span> Plan Prediction Between Unbalanced Graphs »</span>.
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</div>
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<div id="ref-nennaLecture2Entropic" class="csl-entry" role="listitem">
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||||
Nenna, Luca. s. d. <span>« Lecture 2: <span>Entropic Optimal Transport</span> »</span>.
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</div>
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</div></section></div></main> <!-- /main -->
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<script id="quarto-html-after-body" type="application/javascript">
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window.document.addEventListener("DOMContentLoaded", function (event) {
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const icon = "";
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