Mise à jour lectures et discussions de la semaine.

.gitignore

@@ -311,3 +311,4 @@ TSWLatexianTemp*
 /.quarto/
 
 public/
+/.luarc.json

suivi/2025-27/2025-27.qmd

@@ -1,7 +1,8 @@
 ---
 title: "Bilan semaine 27 2025 : 30 juin - 4 juillet"
 categories: [colBiSBM, inférence, GNN]
-date: 2025 06 30
+date: 2025-06-30
+date-modified: last-modified
 bibliography: references.bib
 ---
 
@@ -34,11 +35,11 @@ J'ai commencé à regarder un peu
 
 - Lancer *colBiSBM* sur $OTU\times Sample$ → problème du chargement en mémoire des données à voir
 - Lancer *colSBM* sur $OTU\times OTU$
-- Creuser [TabNet](https://raw.githubusercontent.com/cregouby/R-toulouse-tabnet/main/Tabnet_RR2023_fr_pdf.pdf) de Christophe Regouby et les [exercices](https://github.com/cregouby/Tutoriel_torch)
+- ✅ Creuser [TabNet](https://raw.githubusercontent.com/cregouby/R-toulouse-tabnet/main/Tabnet_RR2023_fr_pdf.pdf) de Christophe Regouby
+- TabNet pratiquer les [exercices](https://github.com/cregouby/Tutoriel_torch)
 - Regarder **SPARTA** Rennes
 - Lire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)
 - Lire article multi-niveaux Saint-Clair
-- Demander à JA si elle connaît des réseaux d'interactions connus par les experts (idée d'intégrer une connaissance experte et de voir les différences de structure par rapport à celle attendue)
 - Ecrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques.
 \begin{align*}
 i \rightarrow &~N^1_i \subseteq N^2_i \subseteq N^3_i & \text{Taxonomie}\\
@@ -54,11 +55,32 @@ Z^0_i \overset{?}{=} & Z^1_i \overset{?}{=}  Z^2_i \overset{?}{=} Z^3_i & \text{
 
 ### Inférence de graphes
 
-- ✅ @Morton2021.11.09.467939 VAE with Multinomial Logistic Normal distribution using Isometric Log Ratio tranform
+- ✅ @Morton2021.11.09.467939 VAE with Multinomial Logistic Normal distribution using Isometric Log Ratio tranform.
 Plus rapide que les autres méthodes et performances équivalentes
 
+- ⌛ @aitchisonStatisticalAnalysisCompositional1982a
+
 ## A discuter
 
+### Congés P&S
+
+Quand est-ce qu'on ne se voit pas ?
+Et donc quand est-ce qu'on se voit après ?
+
+### Thèse
+
+- Que prévoir pour le CSI ?
+    - Un petit rapport ?
+    - Une présentation
+
+- Comment valider les enseignements comme formations Adum ?
+
+- Des recommandations de formations ?
+
+### Interprétation écologiques résultats de Baldock
+
+- ❓ Point avec Elisa ?
+
 ### Inférence
 
 - pbs : variance, bcp de zero, covariables, offset et taxonomie (Reseaux arretes differents niveaux : Genre, OTU ...)

suivi/2025-27/references.bib

@@ -45,3 +45,23 @@
   annotation   = {Read\_Status: New\\
                   Read\_Status\_Date: 2025-06-30T14:17:29.518Z}
 }
+@article{aitchisonStatisticalAnalysisCompositional1982a,
+  title        = {The {{Statistical Analysis}} of {{Compositional Data}}},
+  author       = {Aitchison, J.},
+  date         = {1982},
+  journaltitle = {Journal of the Royal Statistical Society. Series B (Methodological)},
+  volume       = {44},
+  number       = {2},
+  eprint       = {2345821},
+  eprinttype   = {jstor},
+  pages        = {139--177},
+  publisher    = {[Royal Statistical Society, Oxford University Press]},
+  issn         = {0035-9246},
+  url          = {https://www.jstor.org/stable/2345821},
+  urldate      = {2025-05-07},
+  abstract     = {The simplex plays an important role as sample space in many practical situations where compositional data, in the form of proportions of some whole, require interpretation. It is argued that the statistical analysis of such data has proved difficult because of a lack both of concepts of independence and of rich enough parametric classes of distributions in the simplex. A variety of independence hypotheses are introduced and interrelated, and new classes of transformed-normal distributions in the simplex are provided as models within which the independence hypotheses can be tested through standard theory of parametric hypothesis testing. The new concepts and statistical methodology are illustrated by a number of applications.},
+  keywords     = {/unread},
+  annotation   = {Read\_Status: New\\
+                  Read\_Status\_Date: 2025-05-07T07:43:38.485Z},
+  file         = {/home/louis/snap/zotero-snap/common/Zotero/storage/S97URH4Y/Aitchison - 1982 - The Statistical Analysis of Compositional Data.pdf}
+}