ajout tâches après discussion JA PB SD

suivi/2025-20/2025-20.qmd

@@ -5,13 +5,21 @@ categories: [colBiSBM, inférence]
 
 ## TOP PRIORITÉ
 
-- Débugguer les simulations :
+- Pour clustering de collections sur données réelles :
+    - Relâcher la pénalité pour les coupes pour proposer modèles.
+    - Calculer le BIC-L avec bonne pénalité pour détecter partitions prometteuses.
+    - Ré-ajuster les bonnes partitions.
+
+- Dé-bugger pourquoi `BipartiteInnerProductDecoder.forward() -> NaN`
+
+- Dé-bugger les simulations :
 
     - Clustering : Relancer simulations de clustering avec $M = 30$ où $M_i = 10, \forall i$. En attente retour MIGALE
     Relancer simus clustering avec VEM steps = 10 000 et plus nombreux init pour spectral. Ajouter simu clustering métriques nb sous-collections obtenues. 
     Vérifier les résultats obtenus si ARI = 0. Et augmenter la taille $M = 30$ avec $M_1 = M_2 = M_3 = 10$. ~~-> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques.~~
     Le bug venait probablement d'une inadéquation entre la version de *future* et *future.callr*, les résultats temporaires sont encourageants.
 
+:::{.callout-note collapse="true"}
 | epsilon|model |ARI             |nb_collections  |
 |-------:|:-----|:---------------|:---------------|
 |     0.1|iid   |0.41 $\pm$ 0.12 |2.8 $\pm$ 0.44  |
@@ -30,10 +38,31 @@ categories: [colBiSBM, inférence]
 |     0.4|pi    |1               |3               |
 |     0.4|pirho |0.86 $\pm$ 0.11 |3.33 $\pm$ 0.41 |
 |     0.4|rho   |0.99 $\pm$ 0.01 |3.29 $\pm$ 0.29 |
+:::
 
 - Inférence : Relancer simus d'inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j'ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2.
     En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -> Visiblement il y a d'autres problèmes que juste le plan de parallélisation.
 
+- Vérifier si problème de version tidyverse pour vapply sur l'**inférence**.
+
+- Si problème de parallélisation vient de pb de version *future.callr* le signaler à MIGALE. 
+
+### Présentations LSD, JdS et ML@Aussois
+
+- ~~PRÉSENTATION JDS (LSD), durée introuvable, adapter en anglais les slides~~ et voir avec PB et SD.
+- Quel plan ?
+- Quels résultats ? Baldock, Traveset ... (sub-Doré)
+
+- Mettre le détails des formules et des algos pour VE et sélection de modèle en 
+annexe.
+- Préciser simplement que l'on utilise un algo VE et un critère type BIC.
+- Pas la peine de préciser l'algo de clustering
+- Indiquer sur une slide le problème de support pour $\pi\rho$ à faire s'il y a 
+le temps.
+- Résultats sur les réseaux Baldock, regarder le positionnement par bloc des 
+espèces communes, regarder les probas d'appartenance aux blocs par espèces 
+communes et par réseau.
+
 ### Applications
 
 - Kmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et *clusteriser*.
@@ -46,28 +75,22 @@ J'ai commencé à regarder un peu
 
 :::
 
-### Présentations LSD, JdS et ML@Aussois
-
-- ~~PRÉSENTATION JDS (LSD), durée introuvable, adapter en anglais les slides~~ et voir avec PB et SD.
-- Quel plan ?
-- Quels résultats ? Baldock, Traveset ... (sub-Doré)
-
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 ### Inférence et microbes
 
-- Lire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)
+- Human Gut Compendium télécharger et analyser les données.
+- Lancer *colBiSBM* sur $OTU\times Sample$
 - Se renseigner techniques d'inférence de réseaux : 
     - covariance (base corrélation et seuil)
     - GraphicalLASSO
     - Co-occurence
+- Lancer *colSBM* sur $OTU\times OTU$
+- Creuser [TabNet](https://raw.githubusercontent.com/cregouby/R-toulouse-tabnet/main/Tabnet_RR2023_fr_pdf.pdf) de Christophe Regouby et les [exercices](https://github.com/cregouby/Tutoriel_torch)
+- Regarder **SPARTA** Rennes
+- Lire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)
 - Lire article multi-niveaux Saint-Clair
 
 ## A discuter
 
-- Voir pour TT période du 11 au 14 août
-- Voir pour date CSI car congés avec parents prévu du 29/08 au 12/09.
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 ## A faire
 
 ### Inférence