Emptying pages branch

.gitignore

@@ -1,313 +0,0 @@
-# ---> TeX
-## Core latex/pdflatex auxiliary files:
-*.aux
-*.lof
-*.log
-*.lot
-*.fls
-*.out
-*.toc
-*.fmt
-*.fot
-*.cb
-*.cb2
-.*.lb
-
-## Intermediate documents:
-*.dvi
-*.xdv
-*-converted-to.*
-# these rules might exclude image files for figures etc.
-# *.ps
-# *.eps
-# *.pdf
-
-## Generated if empty string is given at "Please type another file name for output:"
-.pdf
-
-## Bibliography auxiliary files (bibtex/biblatex/biber):
-*.bbl
-*.bcf
-*.blg
-*-blx.aux
-*-blx.bib
-*.run.xml
-
-## Build tool auxiliary files:
-*.fdb_latexmk
-*.synctex
-*.synctex(busy)
-*.synctex.gz
-*.synctex.gz(busy)
-*.pdfsync
-*.rubbercache
-rubber.cache
-
-## Build tool directories for auxiliary files
-# latexrun
-latex.out/
-
-## Auxiliary and intermediate files from other packages:
-# algorithms
-*.alg
-*.loa
-
-# achemso
-acs-*.bib
-
-# amsthm
-*.thm
-
-# beamer
-*.nav
-*.pre
-*.snm
-*.vrb
-
-# changes
-*.soc
-
-# comment
-*.cut
-
-# cprotect
-*.cpt
-
-# elsarticle (documentclass of Elsevier journals)
-*.spl
-
-# endnotes
-*.ent
-
-# fixme
-*.lox
-
-# feynmf/feynmp
-*.mf
-*.mp
-*.t[1-9]
-*.t[1-9][0-9]
-*.tfm
-
-#(r)(e)ledmac/(r)(e)ledpar
-*.end
-*.?end
-*.[1-9]
-*.[1-9][0-9]
-*.[1-9][0-9][0-9]
-*.[1-9]R
-*.[1-9][0-9]R
-*.[1-9][0-9][0-9]R
-*.eledsec[1-9]
-*.eledsec[1-9]R
-*.eledsec[1-9][0-9]
-*.eledsec[1-9][0-9]R
-*.eledsec[1-9][0-9][0-9]
-*.eledsec[1-9][0-9][0-9]R
-
-# glossaries
-*.acn
-*.acr
-*.glg
-*.glo
-*.gls
-*.glsdefs
-*.lzo
-*.lzs
-*.slg
-*.slo
-*.sls
-
-# uncomment this for glossaries-extra (will ignore makeindex's style files!)
-# *.ist
-
-# gnuplot
-*.gnuplot
-*.table
-
-# gnuplottex
-*-gnuplottex-*
-
-# gregoriotex
-*.gaux
-*.glog
-*.gtex
-
-# htlatex
-*.4ct
-*.4tc
-*.idv
-*.lg
-*.trc
-*.xref
-
-# hypdoc
-*.hd
-
-# hyperref
-*.brf
-
-# knitr
-*-concordance.tex
-# TODO Uncomment the next line if you use knitr and want to ignore its generated tikz files
-# *.tikz
-*-tikzDictionary
-
-# listings
-*.lol
-
-# luatexja-ruby
-*.ltjruby
-
-# makeidx
-*.idx
-*.ilg
-*.ind
-
-# minitoc
-*.maf
-*.mlf
-*.mlt
-*.mtc[0-9]*
-*.slf[0-9]*
-*.slt[0-9]*
-*.stc[0-9]*
-
-# minted
-_minted*
-*.pyg
-
-# morewrites
-*.mw
-
-# newpax
-*.newpax
-
-# nomencl
-*.nlg
-*.nlo
-*.nls
-
-# pax
-*.pax
-
-# pdfpcnotes
-*.pdfpc
-
-# sagetex
-*.sagetex.sage
-*.sagetex.py
-*.sagetex.scmd
-
-# scrwfile
-*.wrt
-
-# svg
-svg-inkscape/
-
-# sympy
-*.sout
-*.sympy
-sympy-plots-for-*.tex/
-
-# pdfcomment
-*.upa
-*.upb
-
-# pythontex
-*.pytxcode
-pythontex-files-*/
-
-# tcolorbox
-*.listing
-
-# thmtools
-*.loe
-
-# TikZ & PGF
-*.dpth
-*.md5
-*.auxlock
-
-# titletoc
-*.ptc
-
-# todonotes
-*.tdo
-
-# vhistory
-*.hst
-*.ver
-
-# easy-todo
-*.lod
-
-# xcolor
-*.xcp
-
-# xmpincl
-*.xmpi
-
-# xindy
-*.xdy
-
-# xypic precompiled matrices and outlines
-*.xyc
-*.xyd
-
-# endfloat
-*.ttt
-*.fff
-
-# Latexian
-TSWLatexianTemp*
-
-## Editors:
-# WinEdt
-*.bak
-*.sav
-
-# Texpad
-.texpadtmp
-
-# LyX
-*.lyx~
-
-# Kile
-*.backup
-
-# gummi
-.*.swp
-
-# KBibTeX
-*~[0-9]*
-
-# TeXnicCenter
-*.tps
-
-# auto folder when using emacs and auctex
-./auto/*
-*.el
-
-# expex forward references with \gathertags
-*-tags.tex
-
-# standalone packages
-*.sta
-
-# Makeindex log files
-*.lpz
-
-# xwatermark package
-*.xwm
-
-# REVTeX puts footnotes in the bibliography by default, unless the nofootinbib
-# option is specified. Footnotes are the stored in a file with suffix Notes.bib.
-# Uncomment the next line to have this generated file ignored.
-#*Notes.bib
-
-
-*.html
-/.quarto/
-
-public/

.woodpecker.yml

@@ -1,38 +0,0 @@
-steps:
-  render-site:
-    image: ghcr.io/quarto-dev/quarto:1.7.22
-    commands:
-      - cd $CI_WORKSPACE
-      - quarto render
-    when:
-      event: [push, pull_request, cron, manual]
-      branch:
-        - main
-  # Push le contenu du dossier public sur le dépôt `pages` de git.polarolouis.fr
-  # On utilise l'image alpine/git pour avoir git et ssh
-
-  deploy-site:
-    image: alpine/git
-    commands:
-      - git config --global user.name "Woodpecker CI"
-      - git config --global user.email "git@polarolouis.fr"
-      - git clone -b pages "https://$${ACCESS_TOKEN}@git.polarolouis.fr/polarolouis/these-recap-hebdo.git" $DESTINATION
-      - rm -rf $DESTINATION/* && echo "Cleaned $DESTINATION" || echo "Failed to clean $DESTINATION"
-      - cp -ar $CI_WORKSPACE/public/* $DESTINATION/
-      - cd $DESTINATION
-      - ls -la
-      - git add --all
-      - git commit -m "Deploy site ${CI_BUILD_CREATED} [CI SKIP]" || echo "Nothing to commit"
-      - git push && echo "Pushed to $DESTINATION" || echo "Failed to push to $DESTINATION"
-    environment:
-      ACCESS_TOKEN:
-        from_secret: access_token
-      DESTINATION: pages
-    when:
-      event:
-        - push
-        - pull_request
-      branch:
-        - main
-    depends_on:
-      - render-site

README.md

@@ -1,2 +0,0 @@
-# these-recap-hebdo
-

_quarto.yml

@@ -1,25 +0,0 @@
-project: 
-  type: website
-  output-dir: public
-
-website:
-  title: "Suivi de la thèse"
-  navbar:
-    left:
-      - href: index.qmd
-        text: "Liste des semaines"
-  
-lang: fr
-
-date: last-modified
-
-author: 
-  name: "Louis LACOSTE"
-  email: "louis.lacoste@agroparistech.fr"
-
-format: 
-    html:
-      theme: yeti
-      toc: true
-      html-math-method: katex
-      embed-resources: true

index.qmd

@@ -1,8 +0,0 @@
----
-title: "Journal suivi de la thèse"
-listing:
-    contents: suivi
-    type: default
-    sort: "date desc"
-    categories: true
----

suivi/2025-13/2025-13.qmd

@@ -1,80 +0,0 @@
----
-title: "Bilan semaine 13 2025 : 17-21 mars"
-date: 17 03 2025
-categories: 
-  - colBiSBM
----
-
-Cette semaine j'ai :
-
-- Fini d'intégrer à colSBM tous les changements (clustering dérecursifier pour 
-uni et bipartites& cli ...) et contacter Saint-Clair pour passer colSBM sous GrossSBM.
-- Relancer et obtenus les résultats pour le clustering sur les réseaux Baldock
-
-![Baldock iid](figs/baldock_meso_iid.png)
-
-![Baldock pi](figs/baldock_meso_pi.png)
-
-![Baldock rho](figs/baldock_meso_rho.png)
-
-![Baldock pirho](figs/baldock_meso_pirho.png)
-
-- Relancer et obtenus les résultats pour les simus ajoutant du bruits sur les structures et liens
-    - Pour *noisy $\alpha$*:
-
-    Plan de simulation 2 collections ($d\in (1,2)$) avec $M = 30$ soit 15 réseaux par type. $n_r = n_c = 120$ et
-    $$\pi_1 = \begin{pmatrix} 0.5, 0.3, 0.2\end{pmatrix},~
-    \rho_1 = \begin{pmatrix}0.4, 0.3, 0.2, 0.1\end{pmatrix},~
-    \alpha_1 = \begin{pmatrix}
-        0.85& 0.4& 0.2& 0.15\\
-    0.6& 0.2& 0.15& 0.15\\
-    0.2& 0.15& 0.15& 0.7
-    \end{pmatrix}$$
-
-    $$ \pi_2 = (0.5, 0.3, 0.2),~
-    \rho_2 = (0.45, 0.3, 0.25),~
-    \alpha_2 = \begin{pmatrix}
-    0.65& 0.15& 0.15\\
-    0.15& 0.8& 0.15\\
-    0.15& 0.15& 0.4
-    \end{pmatrix}$$
-    
-    $\epsilon \in (0, 0.01, \dots 0.05)$ qui est l'écart-type d'une $\mathcal{N}_{Q_1^d \times Q_2^d}(0,\epsilon^2) = vec(N^m), \forall m \in (1,\dots, M)$.
-    Et $\forall m, X^m \sim LBM_{n_r,n_c}(Q_1^d, Q_2^d, \alpha_d + N^m, \pi_d, \rho_d)$
-
-    Résultats :
-    ![alt](figs/noisy_alpha.png)
-    
-    - Pour *noisy links*:
-    
-    Plan de simu $M = 30$, $n_r = n_c = 120$.
-    $$\pi_1 = \begin{pmatrix} 0.5, 0.3, 0.2\end{pmatrix},~
-    \rho_1 = \begin{pmatrix}0.4, 0.3, 0.2, 0.1\end{pmatrix},~
-    \alpha_1 = \begin{pmatrix}
-    0.85& 0.4& 0.2& 0.05\\
-    0.6& 0.2& 0.05& 0.05\\
-    0.2& 0.05& 0.05& 0.7
-    \end{pmatrix}$$
-
-    $$ \pi_2 = (0.5, 0.3, 0.2),~
-    \rho_2 = (0.45, 0.3, 0.25),~
-    \alpha_2 = \begin{pmatrix}
-    0.65& 0.05& 0.05\\
-    0.05& 0.8& 0.05\\
-    0.05& 0.05& 0.4
-    \end{pmatrix}$$
-
-    $\epsilon \in (0, 0.05, \dots 0.5)$, indices de la matrice = sample.int($n_r \times n_c$, size = $n_r \times n_c \times \epsilon$). Les indices tirés inverse la valeur du lien (1 -> 0, 0 -> 1)
-    
-
-::: {#fig-results-linsk layout-ncol=2}
-
-![Clear links](figs/clear_links.png)
-
-![Noisy links](figs/noisy_links.png)
-
-:::
-
-- Relancer simulations robustesse aux NAs
-
-- Changer les plots résultats NAs pour faire sous-plots comparant sep vs model.

suivi/2025-14/2025-14.qmd

@@ -1,67 +0,0 @@
----
-title: "Bilan semaine 14 2025 : 24-28 mars"
-categories: 
-  - colBiSBM
-date: 28 03 2025
----
-
-## A faire
-
-- Relire intro St Clair
-- S'inspirer structure pour mon intro
-- Trouver biblio intro
-- Rédiger l'intro
-
-- Agrandir la collection d'application, pas seulement Baldock mais aussi Trojelsgaard par ex
-
-- Lire les papiers de Baldock Traveset Souza Cordeniz Trojelsgaard et Gibson
-
-- Présenter le réseau Afrique du Sud dès l'intro des réseaux anglais de Baldock
-
-- Corriger structure de simus :
-    - Pour noisy $\alpha$ : 
-        - Logit pour envoyer la gaussienne vers (0,1)
-        - Beta contrainte dans (0,1)
-    - Pour noisy links : Générer `nb_clustering` collections de taille M puis prélever $\epsilon_{max}n_r n_c$ liens à inverser puis pour les $\epsilon < \epsilon_{max}$ prélever dans la liste des indices afin d'avoir des perturbations emboitées. 
-
-
-- Rédiger et modifier les cadres de simulations dans le papier pour qu'ils soient
-raccord avec les données obtenues.
-
-- Lancer clustering iid ascendant sur données sub-Doré.
-
-- Vérifier si les Baldock anglais ont des espèces en communs "Do they involve common species?".
-
-
-## J'ai fait
-
-- Corriger structure de simus :
-    - Pour NA robustness
-
-- Définir dans la section 3 :
-
-> Remark that for iid-colBiSBM, $\pi_q, \rho_r > 0$, and thus the blocks exist
-and are represented in all networks. For the other models, some blocks may not
-exist in some networks and this is why $\pi_q^m, \rho_r^m \geq 0$. Using
-$S^{(1)}$ and $S^{(2)}$ we can define the restricted parameters for each
-network and we denote them as $\widetilde{\bm{\pi}}^m$,
-$\widetilde{\bm{\rho}}^m$ and $\widetilde{\bm{\alpha}}^m$. The restrictions
-thus indicate the blocks that are represented in the network $m$.
-
-- Écrire la partie preuve pour identif $\pi$-colBiSBM et $\rho$-colBiSBM.
-Identif : $\pi$ et $\rho$ en attente retours Pierre et Sophie
-
-- Saint-Clair va passer colSBM sous GrossSBM
-
-- Agrandir la collection d'application, pas seulement Baldock mais aussi Trojelsgaard par ex : *Collection agrandie avec Baldock Traveset Souza Cordeniz Trojelsgaard et Gibson, en attente MIGALE*. Clustering instable
-
-
-## A continuer
-
- - Résultats simus NA **Erreur pour certaines conditions** : Pour NA robustness générer `nb_rep` collections de taille $M=2$ et prélever 
-$\epsilon_{max}n_r n_c$ liens à retirer puis pour les $\epsilon < \epsilon_{max}$ prélever dans la liste des indices afin d'avoir des perturbations emboitées.
-Il faut que j'ajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code). 
-Implémenté les missing steps *en attente des résultats MIGALE*. 
-
-- Pour sub doré *en attente MIGALE* augmenter le nbre de répèt de la procédure.
-

suivi/2025-15/2025-15.qmd

@@ -1,55 +0,0 @@
----
-title: "Bilan semaine 15 2025 : 31 mars-4 avril"
-categories: 
-  - colBiSBM
-date: 04 04 2025
----
-
-## A faire
-
-- Relire intro St Clair
-- S'inspirer structure pour mon intro
-- Trouver biblio intro
-- Rédiger l'intro
-
-- Lire les papiers de Baldock Traveset Souza Cordeniz Trojelsgaard et Gibson
-
-- Corriger structure de simus :
-    - Pour noisy $\alpha$ : 
-        - Logit pour envoyer la gaussienne vers (0,1)
-        - Beta contrainte dans (0,1)
-    - Pour noisy links : Générer `nb_clustering` collections de taille M puis prélever $\epsilon_{max}n_r n_c$ liens à inverser puis pour les $\epsilon < \epsilon_{max}$ prélever dans la liste des indices afin d'avoir des perturbations emboitées. 
-
-- Extraire les nombres de liens communs et déplacer le tableau en annexes en faisant juste un paragraphe dans le corps de texte.
-
-**Pour VENDREDI**
-
-- Rédiger et modifier les cadres de simulations dans le papier pour qu'ils soient
-raccord avec les données obtenues.
-
-- Étoffer la partie simulations studies en mettant plusieurs points pour présenter les simus et les résultats succintement.
-
-> je pense qu'il faudrait étoffer en mettrant plusieurs points répartis en paragraphe. genre vérif selection de modèle verif clustering réseau, verif transfer leraning et de dire les résultats  en qq mots
-
-
-- Idée Sophie: Regarder clustering de données plantes-pollinisateur selon gradient d'urbanisation
-
-## J'ai fait
-
-- Clustering sub-doré pas de stabilité à la répétition malheureusement
-![](figs/alluvial-clusterings.png)
-
-
-- Vérifier si les Baldock anglais ont des espèces en communs "Do they involve common species?". Oui environ 70/250 soit plus de 20%.
-
-- Présenter le réseau Afrique du Sud dès l'intro des réseaux anglais de Baldock
-
-
-## A continuer
-
- - Résultats simus NA **Erreur pour certaines conditions** : Pour NA robustness générer `nb_rep` collections de taille $M=2$ et prélever 
-$\epsilon_{max}n_r n_c$ liens à retirer puis pour les $\epsilon < \epsilon_{max}$ prélever dans la liste des indices afin d'avoir des perturbations emboitées.
-Il faut que j'ajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code). 
-Implémenté les missing steps *en attente des résultats MIGALE*. 
-
-- J'ai lancé le clustering iid ascendant sur données sub-Doré. *en attente des résultats MIGALE*

suivi/2025-16/2025-16.qmd

@@ -1,54 +0,0 @@
----
-title: "Bilan semaine 16 2025"
-categories: 
-  - colBiSBM
-date: 18 04 2025
----
-
-## A faire
-
-- Relire intro St Clair
-- S'inspirer structure pour mon intro
-- Trouver biblio intro
-- Rédiger l'intro
-
-- Lire les papiers de Baldock Traveset Souza Cordeniz Trojelsgaard et Gibson
-
-- Corriger structure de simus :
-    - Pour noisy $\alpha$ : 
-        - Logit pour envoyer la gaussienne vers (0,1)
-        - Beta contrainte dans (0,1)
-    - Pour noisy links : Générer `nb_clustering` collections de taille M puis prélever $\epsilon_{max}n_r n_c$ liens à inverser puis pour les $\epsilon < \epsilon_{max}$ prélever dans la liste des indices afin d'avoir des perturbations emboitées. 
-
-- Idée Sophie: Regarder clustering de données plantes-pollinisateur selon gradient d'urbanisation
-
-- Idée Pierre : Regarder la contribution au BICL de la collection des réseaux 
-et comparer au sep BICL pour essayer de repérer les outliers.
-
-## J'ai fait
-
-- J'ai lancé le clustering iid ascendant sur données sub-Doré.
-Résultats stables mais 27 collections formées donc pas de mise en commun des structures...
-
-
-- Rédiger et modifier les cadres de simulations dans le papier pour qu'ils soient
-raccord avec les données obtenues.
-
-- Étoffer la partie simulations studies en mettant plusieurs points pour présenter les simus et les résultats succintement.
-
-> je pense qu'il faudrait étoffer en mettrant plusieurs points répartis en paragraphe. genre vérif selection de modèle verif clustering réseau, verif transfer leraning et de dire les résultats  en qq mots
-
-- Comment faire pour l'inscription JdS (paiement, coldem ...) : voir avec Christelle
-- CSI : St Clair, Sonia ou Elisa et Pierre Gérard
-
-## A continuer
-
- - Résultats simus NA **Erreur pour certaines conditions** : Pour NA robustness générer `nb_rep` collections de taille $M=2$ et prélever 
-$\epsilon_{max}n_r n_c$ liens à retirer puis pour les $\epsilon < \epsilon_{max}$ prélever dans la liste des indices afin d'avoir des perturbations emboitées.
-Il faut que j'ajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code). 
-Implémenté les missing steps *en attente des résultats MIGALE*. 
-
-- Lire Biological Networks -  François Képès
-
-- J'ai esquissé des bouts d'intro
-

suivi/2025-17/2025-17.qmd

@@ -1,126 +0,0 @@
----
-title: "Bilan semaine 17 2025 : 24 avril - 25 avril"
-categories: 
-  - colBiSBM
-format: 
-    html:
-        embed-resources: true
----
-
-## A faire
-
-### Rédaction article
-
-- Relire intro St Clair
-- S'inspirer structure pour mon intro
-- Trouver biblio intro
-- Rédiger l'intro
-- Regarder les applications pour les collections de réseaux recommender system
-- Lire les papiers de Baldock Traveset Souza Cordeniz Trojelsgaard et Gibson
-
-- Dire résultats nettement meilleurs et variabilités inférieures.
-
-### Simulations article
-
-
-- Relancer simus clustering avec VEM steps = 10 000 et plus nombreux init pour spectral
-
-- Ajouter simu clustering métriques nb sous-collections obtenues. 
-Vérifier les résultats obtenus si ARI = 0. Et augmenter la taille $M = 30$ avec $M_1 = M_2 = M_3 = 10$.
-
-- Comparer sur clustering unipartite avec versions symétriser des par blocs des matrices d'adjacences.
-
-- Corriger structure de simus :
-    - Pour noisy $\alpha$ : 
-        - Logit pour envoyer la gaussienne vers (0,1)
-        - Beta contrainte dans (0,1)
-    - Pour noisy links : Générer `nb_clustering` collections de taille M puis prélever $\epsilon_{max}n_r n_c$ liens à inverser puis pour les $\epsilon < \epsilon_{max}$ prélever dans la liste des indices afin d'avoir des perturbations emboitées. 
-
-### Applications
-
-- Kmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et *clusteriser*.
-
-### Autour de l'article et du package
-
-- Créer des vignettes illustrant par exemple des cas de simulations. **Possible de mettre l'exemple d'application de Sophie sur les réseaux avec gradient d'urbanisation**.
-
-## J'ai fait
-
-- Créer un README descriptif du dépôt des codes pour l'article.
-
-- Remonter figure sélection de modèle dans le corps de l'article
-- Enrichir légende de la figure 7 et 8
-- Supprimer p_NA des autres cadrans des proportions de NA
-
-- Basculer le code du clustering pour utiliser hclust et mis l'argument method de hclust avec single par défaut
-
-- Ajouter pipeline qui knit README.Rmd à chaque merge dans main colSBM 
-
-## A continuer
-
- - Résultats simus NA **Erreur pour certaines conditions** : Pour NA robustness générer `nb_rep` collections de taille $M=2$ et prélever 
-$\epsilon_{max}n_r n_c$ liens à retirer puis pour les $\epsilon < \epsilon_{max}$ prélever dans la liste des indices afin d'avoir des perturbations emboitées.
-Il faut que j'ajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code). 
-Implémenté les missing steps *en attente des résultats MIGALE*. 
-
-- Lire Biological Networks -  François Képès
-
-- J'ai esquissé des bouts d'intro
-
-- Relancer simus d'inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j'ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2.
-En attente résultats MIGALE
-
-
-### Correction méthodo
-- Idée Pierre : Regarder la contribution au BICL de la collection des réseaux 
-et comparer au sep BICL pour essayer de repérer les outliers. En regardant la vbound (pas la pénalité) de chaque réseau dans le joint vs sa vbound dans le sep
--> Résultats : pas de différences majeures entre les réseaux avec le rapport vbound_joint/vbound_sep, les outliers ne sont pas marqués. 
-
-- Regarder si plutôt que k médioid possible meilleurs résultats avec d'autres distances hclust avec min, max etc...
--> L'algo PAM donne des clusters équilibrés sans séparer les outliers
-Je regarde avec plutôt des hclust avec métrique single pour séparer les outliers.
-
-- Voir si in fine possible de repérer des outliers à partir de ces nouvelles métriques
-
-- Regarder la répartition de densité dans les réseaux sub-doré -> déséquilibrée
-
-![](figs/density-subdore.png)
-
-
-    En faisant des clusterings par densité on constate qu'avec un modèle iid pour des réseaux dont la densité est entre :
-    - 0 et 0.05 : Baldock et Souza tout le monde se retrouvait ensemble avec *Partitioning around medoids*
-
-### Applications
-
-- Idée Sophie: Regarder clustering de données plantes-pollinisateur selon gradient d'urbanisation
-
-> Sophie a fait une appli qui marche bien et va dans le sens de l'analyse faite
-(à savoir pas d'effet du gradien d'urbanisation). À continuer pour l'intégrer dans l'article !
-
-
-### Lancer clustering auteur par auteur du sub-Doré : 5 collections différentes dans l'idée.
-
-Une fois fait, Sophie ne trouve pas que ce soit le plus pertinent pour illustrer le clustering.
-Plus intéressant de garder le clustering de données simulées ($M = 30$) et se 
-servir des exemples dessous et des parcours exhaustif des possibilités de partitionnement comme comparatif. 
-
-#### Baldock
-
-![Alluvial Baldock](figs/subdore-per-author/subdore_baldock_alluvial_clusterings.png)
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-#### Gibson
-![Alluvial Gibson](figs/subdore-per-author/subdore_gibson_alluvial_clusterings.png)
-
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-#### Souza
-
-![Alluvial Souza](figs/subdore-per-author/subdore_souza_alluvial_clusterings.png)
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-#### Traveset
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-![Alluvial Traveset](figs/subdore-per-author/subdore_traveset_alluvial_clusterings.png)
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-#### Trojelsgaard
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-![Alluvial Trojelgaard](figs/subdore-per-author/subdore_trojelsgaard_alluvial_clusterings.png)
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-  name: Louis Lacoste
-  email: louis.lacoste@agroparistech.fr
-  affiliation: MIA Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, Université Paris-Saclay
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-title: "Bilan semaine MM YYYY : dd-dd mois"
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-## A faire
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-## J'ai fait
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-## A continuer
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