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     <div class="quarto-title-meta-heading">Date de publication</div>
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-      <p class="date">6 mai 2025</p>
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-Combine networks at different taxonomic levels
+Débugguer les simulations :
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-6 mai 2025
+7 mai 2025
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 Louis Lacoste
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     "href": "suivi/2025-19/2025-19.html",
     "title": "Bilan semaine 19 2025 : 5 mai - 9 mai",
     "section": "",
-    "text": "Est-ce à moi de contacter Saint-Clair et Sonia/Elisa ? Pierre et Sophie gèrent\nPierre Gérard a dit oui, il attend les détails\nQuand : fin juin début juillet\nListe potentielle :\n\n(Saint-Clair)\nMahendra\nElisa/Sonia\nPierre Gérard\n\n\n\n\n\n\nDétails d’inscriptions"
+    "text": "Débugguer les simulations :\n\nClustering : Relancer simulations de clustering avec M = 30 où M_i = 10, \\forall i. En attente retour MIGALE Relancer simus clustering avec VEM steps = 10 000 et plus nombreux init pour spectral. Ajouter simu clustering métriques nb sous-collections obtenues. Vérifier les résultats obtenus si ARI = 0. Et augmenter la taille M = 30 avec M_1 = M_2 = M_3 = 10. -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques\nInférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques\n\n\n\n\n\nKmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\n\nPRÉSENTATION JDS (LSD), durée introuvable, adapter en anglais les slides et voir avec PB et SD.\nQuel plan ?\nQuels résultats ? Baldock, Traveset … (sub-Doré)\n\n\n\n\n\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nSe renseigner techniques d’inférence de réseaux : covariance (base corrélation et seuil)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair"
+  },
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+    "section": "",
+    "text": "Débugguer les simulations :\n\nClustering : Relancer simulations de clustering avec M = 30 où M_i = 10, \\forall i. En attente retour MIGALE Relancer simus clustering avec VEM steps = 10 000 et plus nombreux init pour spectral. Ajouter simu clustering métriques nb sous-collections obtenues. Vérifier les résultats obtenus si ARI = 0. Et augmenter la taille M = 30 avec M_1 = M_2 = M_3 = 10. -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques\nInférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques\n\n\n\n\n\nKmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\n\nPRÉSENTATION JDS (LSD), durée introuvable, adapter en anglais les slides et voir avec PB et SD.\nQuel plan ?\nQuels résultats ? Baldock, Traveset … (sub-Doré)\n\n\n\n\n\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nSe renseigner techniques d’inférence de réseaux : covariance (base corrélation et seuil)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair"
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   {
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     "title": "Bilan semaine 19 2025 : 5 mai - 9 mai",
-    "section": "",
+    "section": "A discuter",
-    "text": "Est-ce à moi de contacter Saint-Clair et Sonia/Elisa ? Pierre et Sophie gèrent\nPierre Gérard a dit oui, il attend les détails\nQuand : fin juin début juillet\nListe potentielle :\n\n(Saint-Clair)\nMahendra\nElisa/Sonia\nPierre Gérard\n\n\n\n\n\n\nDétails d’inscriptions"
+    "text": "A discuter\n\nVoir pour TT période du 11 au 14 août"
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   {
     "objectID": "suivi/2025-19/2025-19.html#a-faire",
     "href": "suivi/2025-19/2025-19.html#a-faire",
     "title": "Bilan semaine 19 2025 : 5 mai - 9 mai",
     "section": "A faire",
-    "text": "A faire\n\nFinist’R\n\nS’inscrire\n\n\n\nPrésentations LSD et JdS\n\nMettre mes présentations en anglais\nQuel plan ?\nQuels résultats ?\n\nBaldock, Traveset,\nRecommender systems Listing 1\nDonnées d’Elisa herbivore ?\nDonnées urbanisations ?\n\n\n\n\nInférence\n\nPapier pour comprendre données\n\nFaust et al. lu\nAbdill et al.\nBashan et al.\n\npbs : variance, bcp de zero, covariables, offset et taxonomie (Reseaux arretes differents niveaux : Genre, OTU …)\n\n\nCombine networks at different taxonomic levels\n\n\nInférence + GREMLINS\n\n\n\nRédaction article\n\nRelire intro St Clair\nS’inspirer structure pour mon intro\nTrouver biblio intro\nRédiger l’intro\nRegarder les applications pour les collections de réseaux recommender system\n\n\n\n\nListing 1: Recommender systems data\n\n\nPar exemple :\n\nListe de recommendation data\n\n\n\n\n\nDire résultats nettement meilleurs et variabilités inférieures.\n\n\n\nSimulations article\n\nComparer sur clustering unipartite avec versions symétriser des par blocs des matrices d’adjacences.\nCorriger structure de simus :\n\nPour noisy \\alpha :\n\nLogit pour envoyer la gaussienne vers (0,1)\nBeta contrainte dans (0,1)\n\nPour noisy links : Générer nb_clustering collections de taille M puis prélever \\epsilon_{max}n_r n_c liens à inverser puis pour les \\epsilon < \\epsilon_{max} prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées.\n\n\n\n\nApplications\n\nKmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\nAutour de l’article et du package\n\nCréer des vignettes illustrant par exemple des cas de simulations. Possible de mettre l’exemple d’application de Sophie sur les réseaux avec gradient d’urbanisation."
+    "text": "A faire\n\nFinist’R\n\nS’inscrire\n\n\n\nML at Aussois\n\nAdapter l’abstract en ajoutant les résultats Reference 1\n\n\n\nInférence\n\nPapier pour comprendre données\n\nFaust et al. lu\nAbdill et al.\nBashan et al.\n\npbs : variance, bcp de zero, covariables, offset et taxonomie (Reseaux arretes differents niveaux : Genre, OTU …)\n\n\nCombine networks at different taxonomic levels\n\n\nInférence + GREMLINS\n\n\n\nRédaction article\n\nRelire intro St Clair\nS’inspirer structure pour mon intro\nTrouver biblio intro\nRédiger l’intro\nDire résultats nettement meilleurs et variabilités inférieures."
   },
   {
     "objectID": "suivi/2025-19/2025-19.html#jai-fait",
     "href": "suivi/2025-19/2025-19.html#jai-fait",
     "title": "Bilan semaine 19 2025 : 5 mai - 9 mai",
     "section": "J’ai fait",
-    "text": "J’ai fait"
+    "text": "J’ai fait\n\nCSI (en attente contacts PB et SD)\n\nEst-ce à moi de contacter Saint-Clair et Sonia/Elisa ? Pierre et Sophie gèrent\nPierre Gérard a dit oui, il attend les détails\nQuand : fin juin début juillet\nListe potentielle :\n\n(Saint-Clair)\nMahendra\nElisa/Sonia\nPierre Gérard\n\n\n\n\nML at Aussois\n\nDétails d’inscriptions : Je demande une bourse et je m’inscris avec la demande de bourse, Pierre et Sophie font la lettre de recommendation"
   },
   {
     "objectID": "suivi/2025-19/2025-19.html#a-continuer",
     "href": "suivi/2025-19/2025-19.html#a-continuer",
     "title": "Bilan semaine 19 2025 : 5 mai - 9 mai",
     "section": "A continuer",
-    "text": "A continuer\n\nRésultats simus NA Erreur pour certaines conditions : Pour NA robustness générer nb_rep collections de taille M=2 et prélever \\epsilon_{max}n_r n_c liens à retirer puis pour les \\epsilon < \\epsilon_{max} prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées. Il faut que j’ajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code). Implémenté les missing steps.\n\n\nJe n’arrive pas à comprendre les erreurs qui arrivent\n\n\nLire Biological Networks - François Képès\nRelancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques\n\n\nApplications\n\nIdée Sophie: Regarder clustering de données plantes-pollinisateur selon gradient d’urbanisation\n\n\nSophie a fait une appli qui marche bien et va dans le sens de l’analyse faite (à savoir pas d’effet du gradien d’urbanisation). À continuer pour l’intégrer dans l’article !\n\n\n\nSimulations article\n\nRelancer simulations de clustering avec M = 30 où M_i = 10, \\forall i. En attente retour MIGALE Relancer simus clustering avec VEM steps = 10 000 et plus nombreux init pour spectral. Ajouter simu clustering métriques nb sous-collections obtenues. Vérifier les résultats obtenus si ARI = 0. Et augmenter la taille M = 30 avec M_1 = M_2 = M_3 = 10. -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques\n\n\n\nAxe inférence\n\nLire biblio fournie Julie, Inférence de réseaux : co-occurence\n\n\nJ’ai lu Faust et al.  Je lis Abdill et al."
+    "text": "A continuer\n\nApplications\n\nIdée Sophie: Regarder clustering de données plantes-pollinisateur selon gradient d’urbanisation\n\n\nSophie a fait une appli qui marche bien et va dans le sens de l’analyse faite (à savoir pas d’effet du gradien d’urbanisation). À continuer pour l’intégrer dans l’article !\n\n\n\nAxe inférence\n\nLire biblio fournie Julie, Inférence de réseaux : co-occurence\n\n\nJ’ai lu Faust et al.  Je lis Abdill et al."
+  },
+  {
+    "objectID": "suivi/2025-19/2025-19.html#repoussés-ou-abandonnés",
+    "href": "suivi/2025-19/2025-19.html#repoussés-ou-abandonnés",
+    "title": "Bilan semaine 19 2025 : 5 mai - 9 mai",
+    "section": "Repoussés ou abandonnés",
+    "text": "Repoussés ou abandonnés\n\nRésultats simus NA Erreur pour certaines conditions : Pour NA robustness générer nb_rep collections de taille M=2 et prélever \\epsilon_{max}n_r n_c liens à retirer puis pour les \\epsilon < \\epsilon_{max} prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées. Il faut que j’ajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code). Implémenté les missing steps.\n\n\nJe n’arrive pas à comprendre les erreurs qui arrivent\n\n\nLire Biological Networks - François Képès\nRegarder les applications pour les collections de réseaux recommender system Pas pertinents et trop gros\n\n\n\n\nListing 1: Recommender systems data\n\n\nPar exemple :\n\nListe de recommendation data\n\n\n\n\n\nPapier plus multi-applications\n\nDonnées d’Elisa herbivore ?\nDonnées urbanisations ?\n\n\n\nAutour de l’article et du package\n\nCréer des vignettes illustrant par exemple des cas de simulations. Possible de mettre l’exemple d’application de Sophie sur les réseaux avec gradient d’urbanisation.\n\n\n\nSimulations article\n\nComparer sur clustering unipartite avec versions symétriser des par blocs des matrices d’adjacences.\nCorriger structure de simus :\n\nPour noisy \\alpha :\n\nLogit pour envoyer la gaussienne vers (0,1)\nBeta contrainte dans (0,1)\n\nPour noisy links : Générer nb_clustering collections de taille M puis prélever \\epsilon_{max}n_r n_c liens à inverser puis pour les \\epsilon < \\epsilon_{max} prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées."
   },
   {
     "objectID": "index.html",
     "href": "index.html",
     "title": "Journal suivi de la thèse",
     "section": "",
-    "text": "Bilan semaine 19 2025 : 5 mai - 9 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n6 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 18 2025 : 28 avril - 2 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n2 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 17 2025 : 24 avril - 25 avril\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n25 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 16 2025\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n18 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 15 2025 : 31 mars-4 avril\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n4 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 14 2025 : 24-28 mars\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n28 mars 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 13 2025 : 17-21 mars\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n17 mars 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\nAucun article correspondant"
+    "text": "Bilan semaine 19 2025 : 5 mai - 9 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n7 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 18 2025 : 28 avril - 2 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n2 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 17 2025 : 24 avril - 25 avril\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n25 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 16 2025\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n18 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 15 2025 : 31 mars-4 avril\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n4 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 14 2025 : 24-28 mars\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n28 mars 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 13 2025 : 17-21 mars\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n17 mars 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\nAucun article correspondant"
   },
   {
     "objectID": "suivi/2025-13/2025-13.html",

suivi/2025-19/2025-19.html

@@ -175,7 +175,7 @@ window.Quarto = {
       <div>
       <div class="quarto-title-meta-heading">Date de publication</div>
       <div class="quarto-title-meta-contents">
-        <p class="date">6 mai 2025</p>
+        <p class="date">7 mai 2025</p>
       </div>
     </div>
     
@@ -191,28 +191,36 @@ window.Quarto = {
     <h2 id="toc-title">Sur cette page</h2>
    
   <ul>
-  <li><a href="#a-discuter" id="toc-a-discuter" class="nav-link active" data-scroll-target="#a-discuter">A discuter</a>
+  <li><a href="#top-priorité" id="toc-top-priorité" class="nav-link active" data-scroll-target="#top-priorité">TOP PRIORITÉ</a>
   <ul class="collapse">
-  <li><a href="#csi" id="toc-csi" class="nav-link" data-scroll-target="#csi">CSI</a></li>
+  <li><a href="#applications" id="toc-applications" class="nav-link" data-scroll-target="#applications">Applications</a></li>
-  <li><a href="#ml-at-aussois" id="toc-ml-at-aussois" class="nav-link" data-scroll-target="#ml-at-aussois">ML at Aussois</a></li>
+  <li><a href="#présentations-lsd-jds-et-mlaussois" id="toc-présentations-lsd-jds-et-mlaussois" class="nav-link" data-scroll-target="#présentations-lsd-jds-et-mlaussois">Présentations LSD, JdS et ML@Aussois</a></li>
+  <li><a href="#inférence-et-microbes" id="toc-inférence-et-microbes" class="nav-link" data-scroll-target="#inférence-et-microbes">Inférence et microbes</a></li>
   </ul></li>
+  <li><a href="#a-discuter" id="toc-a-discuter" class="nav-link" data-scroll-target="#a-discuter">A discuter</a></li>
   <li><a href="#a-faire" id="toc-a-faire" class="nav-link" data-scroll-target="#a-faire">A faire</a>
   <ul class="collapse">
   <li><a href="#finistr" id="toc-finistr" class="nav-link" data-scroll-target="#finistr">Finist’R</a></li>
-  <li><a href="#présentations-lsd-et-jds" id="toc-présentations-lsd-et-jds" class="nav-link" data-scroll-target="#présentations-lsd-et-jds">Présentations LSD et JdS</a></li>
+  <li><a href="#ml-at-aussois" id="toc-ml-at-aussois" class="nav-link" data-scroll-target="#ml-at-aussois">ML at Aussois</a></li>
   <li><a href="#inférence" id="toc-inférence" class="nav-link" data-scroll-target="#inférence">Inférence</a></li>
   <li><a href="#rédaction-article" id="toc-rédaction-article" class="nav-link" data-scroll-target="#rédaction-article">Rédaction article</a></li>
-  <li><a href="#simulations-article" id="toc-simulations-article" class="nav-link" data-scroll-target="#simulations-article">Simulations article</a></li>
-  <li><a href="#applications" id="toc-applications" class="nav-link" data-scroll-target="#applications">Applications</a></li>
-  <li><a href="#autour-de-larticle-et-du-package" id="toc-autour-de-larticle-et-du-package" class="nav-link" data-scroll-target="#autour-de-larticle-et-du-package">Autour de l’article et du package</a></li>
   </ul></li>
-  <li><a href="#jai-fait" id="toc-jai-fait" class="nav-link" data-scroll-target="#jai-fait">J’ai fait</a></li>
+  <li><a href="#jai-fait" id="toc-jai-fait" class="nav-link" data-scroll-target="#jai-fait">J’ai fait</a>
+  <ul class="collapse">
+  <li><a href="#csi-en-attente-contacts-pb-et-sd" id="toc-csi-en-attente-contacts-pb-et-sd" class="nav-link" data-scroll-target="#csi-en-attente-contacts-pb-et-sd">CSI (en attente contacts PB et SD)</a></li>
+  <li><a href="#ml-at-aussois-1" id="toc-ml-at-aussois-1" class="nav-link" data-scroll-target="#ml-at-aussois-1">ML at Aussois</a></li>
+  </ul></li>
   <li><a href="#a-continuer" id="toc-a-continuer" class="nav-link" data-scroll-target="#a-continuer">A continuer</a>
   <ul class="collapse">
   <li><a href="#applications-1" id="toc-applications-1" class="nav-link" data-scroll-target="#applications-1">Applications</a></li>
-  <li><a href="#simulations-article-1" id="toc-simulations-article-1" class="nav-link" data-scroll-target="#simulations-article-1">Simulations article</a></li>
   <li><a href="#axe-inférence" id="toc-axe-inférence" class="nav-link" data-scroll-target="#axe-inférence">Axe inférence</a></li>
   </ul></li>
+  <li><a href="#repoussés-ou-abandonnés" id="toc-repoussés-ou-abandonnés" class="nav-link" data-scroll-target="#repoussés-ou-abandonnés">Repoussés ou abandonnés</a>
+  <ul class="collapse">
+  <li><a href="#papier-plus-multi-applications" id="toc-papier-plus-multi-applications" class="nav-link" data-scroll-target="#papier-plus-multi-applications">Papier plus multi-applications</a></li>
+  <li><a href="#autour-de-larticle-et-du-package" id="toc-autour-de-larticle-et-du-package" class="nav-link" data-scroll-target="#autour-de-larticle-et-du-package">Autour de l’article et du package</a></li>
+  <li><a href="#simulations-article" id="toc-simulations-article" class="nav-link" data-scroll-target="#simulations-article">Simulations article</a></li>
+  </ul></li>
   </ul>
 </nav>
     </div>
@@ -223,29 +231,55 @@ window.Quarto = {
 
 
 
-<section id="a-discuter" class="level2">
+<section id="top-priorité" class="level2">
-<h2 class="anchored" data-anchor-id="a-discuter">A discuter</h2>
+<h2 class="anchored" data-anchor-id="top-priorité">TOP PRIORITÉ</h2>
-<section id="csi" class="level3">
-<h3 class="anchored" data-anchor-id="csi">CSI</h3>
 <ul>
-<li>Est-ce à moi de contacter Saint-Clair et Sonia/Elisa ? <em>Pierre et Sophie gèrent</em></li>
+<li><p>Débugguer les simulations :</p>
-<li>Pierre Gérard a dit oui, il attend les détails</li>
-<li>Quand : <em>fin juin début juillet</em></li>
-<li>Liste potentielle :
 <ul>
-<li>(Saint-Clair)</li>
+<li><p>Clustering : Relancer simulations de clustering avec <span class="math inline">M = 30</span> où <span class="math inline">M_i = 10, \forall i</span>. En attente retour MIGALE Relancer simus clustering avec VEM steps = 10 000 et plus nombreux init pour spectral. Ajouter simu clustering métriques nb sous-collections obtenues. Vérifier les résultats obtenus si ARI = 0. Et augmenter la taille <span class="math inline">M = 30</span> avec <span class="math inline">M_1 = M_2 = M_3 = 10</span>. -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques</p></li>
-<li>Mahendra</li>
+<li><p>Inférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques</p></li>
-<li>Elisa/Sonia</li>
-<li>Pierre Gérard</li>
 </ul></li>
 </ul>
-</section>
+<section id="applications" class="level3">
-<section id="ml-at-aussois" class="level3">
+<h3 class="anchored" data-anchor-id="applications">Applications</h3>
-<h3 class="anchored" data-anchor-id="ml-at-aussois">ML at Aussois</h3>
 <ul>
-<li>Détails d’inscriptions</li>
+<li>Kmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et <em>clusteriser</em>. Car densités déséquilibrées.</li>
+</ul>
+<div id="ref-kmeans-vae" class="quarto-float quarto-figure quarto-figure-center anchored">
+<figure class="quarto-float quarto-float-ref figure">
+<div aria-describedby="ref-kmeans-vae-caption-0ceaefa1-69ba-4598-a22c-09a6ac19f8ca">
+<ul>
+<li>Faire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent</li>
+</ul>
+</div>
+<figcaption class="quarto-float-caption-bottom quarto-float-caption quarto-float-ref quarto-uncaptioned" id="ref-kmeans-vae-caption-0ceaefa1-69ba-4598-a22c-09a6ac19f8ca">
+Reference&nbsp;1
+</figcaption>
+</figure>
+</div>
+</section>
+<section id="présentations-lsd-jds-et-mlaussois" class="level3">
+<h3 class="anchored" data-anchor-id="présentations-lsd-jds-et-mlaussois">Présentations LSD, JdS et ML@Aussois</h3>
+<ul>
+<li>PRÉSENTATION JDS (LSD), durée introuvable, adapter en anglais les slides et voir avec PB et SD.</li>
+<li>Quel plan ?</li>
+<li>Quels résultats ? Baldock, Traveset … (sub-Doré)</li>
 </ul>
 </section>
+<section id="inférence-et-microbes" class="level3">
+<h3 class="anchored" data-anchor-id="inférence-et-microbes">Inférence et microbes</h3>
+<ul>
+<li>Lire Papiers compositional data (Aitchison et al.&nbsp;intro)</li>
+<li>Se renseigner techniques d’inférence de réseaux : covariance (base corrélation et seuil)</li>
+<li>Lire article multi-niveaux Saint-Clair</li>
+</ul>
+</section>
+</section>
+<section id="a-discuter" class="level2">
+<h2 class="anchored" data-anchor-id="a-discuter">A discuter</h2>
+<ul>
+<li>Voir pour TT période du 11 au 14 août</li>
+</ul>
 </section>
 <section id="a-faire" class="level2">
 <h2 class="anchored" data-anchor-id="a-faire">A faire</h2>
@@ -255,18 +289,10 @@ window.Quarto = {
 <li>S’inscrire</li>
 </ul>
 </section>
-<section id="présentations-lsd-et-jds" class="level3">
+<section id="ml-at-aussois" class="level3">
-<h3 class="anchored" data-anchor-id="présentations-lsd-et-jds">Présentations LSD et JdS</h3>
+<h3 class="anchored" data-anchor-id="ml-at-aussois">ML at Aussois</h3>
 <ul>
-<li>Mettre mes présentations en anglais</li>
+<li>Adapter l’abstract en ajoutant les résultats <a href="#ref-kmeans-vae" class="quarto-xref">Reference&nbsp;1</a></li>
-<li>Quel plan ?</li>
-<li>Quels résultats ?
-<ul>
-<li>Baldock, Traveset,</li>
-<li>Recommender systems <a href="#lst-reco-systems" class="quarto-xref">Listing&nbsp;1</a></li>
-<li>Données d’Elisa herbivore ?</li>
-<li>Données urbanisations ?</li>
-</ul></li>
 </ul>
 </section>
 <section id="inférence" class="level3">
@@ -294,7 +320,66 @@ window.Quarto = {
 <li>S’inspirer structure pour mon intro</li>
 <li>Trouver biblio intro</li>
 <li>Rédiger l’intro</li>
-<li>Regarder les applications pour les collections de réseaux recommender system</li>
+<li>Dire résultats nettement meilleurs et variabilités inférieures.</li>
+</ul>
+</section>
+</section>
+<section id="jai-fait" class="level2">
+<h2 class="anchored" data-anchor-id="jai-fait">J’ai fait</h2>
+<section id="csi-en-attente-contacts-pb-et-sd" class="level3">
+<h3 class="anchored" data-anchor-id="csi-en-attente-contacts-pb-et-sd">CSI (en attente contacts PB et SD)</h3>
+<ul>
+<li>Est-ce à moi de contacter Saint-Clair et Sonia/Elisa ? <em>Pierre et Sophie gèrent</em></li>
+<li>Pierre Gérard a dit oui, il attend les détails</li>
+<li>Quand : <em>fin juin début juillet</em></li>
+<li>Liste potentielle :
+<ul>
+<li>(Saint-Clair)</li>
+<li>Mahendra</li>
+<li>Elisa/Sonia</li>
+<li>Pierre Gérard</li>
+</ul></li>
+</ul>
+</section>
+<section id="ml-at-aussois-1" class="level3">
+<h3 class="anchored" data-anchor-id="ml-at-aussois-1">ML at Aussois</h3>
+<ul>
+<li>Détails d’inscriptions : <em>Je demande une bourse et je m’inscris avec la demande de bourse, Pierre et Sophie font la lettre de recommendation</em></li>
+</ul>
+</section>
+</section>
+<section id="a-continuer" class="level2">
+<h2 class="anchored" data-anchor-id="a-continuer">A continuer</h2>
+<section id="applications-1" class="level3">
+<h3 class="anchored" data-anchor-id="applications-1">Applications</h3>
+<ul>
+<li>Idée Sophie: Regarder clustering de données plantes-pollinisateur selon gradient d’urbanisation</li>
+</ul>
+<blockquote class="blockquote">
+<p>Sophie a fait une appli qui marche bien et va dans le sens de l’analyse faite (à savoir pas d’effet du gradien d’urbanisation). À continuer pour l’intégrer dans l’article !</p>
+</blockquote>
+</section>
+<section id="axe-inférence" class="level3">
+<h3 class="anchored" data-anchor-id="axe-inférence">Axe inférence</h3>
+<ul>
+<li>Lire biblio fournie Julie, Inférence de réseaux : co-occurence</li>
+</ul>
+<blockquote class="blockquote">
+<p>J’ai lu Faust et al.&nbsp; Je lis Abdill et al.</p>
+</blockquote>
+</section>
+</section>
+<section id="repoussés-ou-abandonnés" class="level2">
+<h2 class="anchored" data-anchor-id="repoussés-ou-abandonnés">Repoussés ou abandonnés</h2>
+<ul>
+<li>Résultats simus NA <strong>Erreur pour certaines conditions</strong> : Pour NA robustness générer <code>nb_rep</code> collections de taille <span class="math inline">M=2</span> et prélever <span class="math inline">\epsilon_{max}n_r n_c</span> liens à retirer puis pour les <span class="math inline">\epsilon &lt; \epsilon_{max}</span> prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées. Il faut que j’ajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code). Implémenté les missing steps.</li>
+</ul>
+<blockquote class="blockquote">
+<p>Je n’arrive pas à comprendre les erreurs qui arrivent</p>
+</blockquote>
+<ul>
+<li><p>Lire Biological Networks - François Képès</p></li>
+<li><p>Regarder les applications pour les collections de réseaux recommender system <em>Pas pertinents et trop gros</em></p></li>
 </ul>
 <div id="lst-reco-systems" class="listing quarto-float quarto-figure quarto-figure-left anchored">
 <figure class="quarto-float quarto-float-lst figure">
@@ -309,8 +394,17 @@ Listing&nbsp;1: Recommender systems data
 </div>
 </figure>
 </div>
+<section id="papier-plus-multi-applications" class="level3">
+<h3 class="anchored" data-anchor-id="papier-plus-multi-applications">Papier plus multi-applications</h3>
 <ul>
-<li>Dire résultats nettement meilleurs et variabilités inférieures.</li>
+<li>Données d’Elisa herbivore ?</li>
+<li>Données urbanisations ?</li>
+</ul>
+</section>
+<section id="autour-de-larticle-et-du-package" class="level3">
+<h3 class="anchored" data-anchor-id="autour-de-larticle-et-du-package">Autour de l’article et du package</h3>
+<ul>
+<li>Créer des vignettes illustrant par exemple des cas de simulations. <strong>Possible de mettre l’exemple d’application de Sophie sur les réseaux avec gradient d’urbanisation</strong>.</li>
 </ul>
 </section>
 <section id="simulations-article" class="level3">
@@ -327,58 +421,6 @@ Listing&nbsp;1: Recommender systems data
 <li>Pour noisy links : Générer <code>nb_clustering</code> collections de taille M puis prélever <span class="math inline">\epsilon_{max}n_r n_c</span> liens à inverser puis pour les <span class="math inline">\epsilon &lt; \epsilon_{max}</span> prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées.</li>
 </ul></li>
 </ul>
-</section>
-<section id="applications" class="level3">
-<h3 class="anchored" data-anchor-id="applications">Applications</h3>
-<ul>
-<li>Kmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et <em>clusteriser</em>. Car densités déséquilibrées.</li>
-</ul>
-</section>
-<section id="autour-de-larticle-et-du-package" class="level3">
-<h3 class="anchored" data-anchor-id="autour-de-larticle-et-du-package">Autour de l’article et du package</h3>
-<ul>
-<li>Créer des vignettes illustrant par exemple des cas de simulations. <strong>Possible de mettre l’exemple d’application de Sophie sur les réseaux avec gradient d’urbanisation</strong>.</li>
-</ul>
-</section>
-</section>
-<section id="jai-fait" class="level2">
-<h2 class="anchored" data-anchor-id="jai-fait">J’ai fait</h2>
-</section>
-<section id="a-continuer" class="level2">
-<h2 class="anchored" data-anchor-id="a-continuer">A continuer</h2>
-<ul>
-<li>Résultats simus NA <strong>Erreur pour certaines conditions</strong> : Pour NA robustness générer <code>nb_rep</code> collections de taille <span class="math inline">M=2</span> et prélever <span class="math inline">\epsilon_{max}n_r n_c</span> liens à retirer puis pour les <span class="math inline">\epsilon &lt; \epsilon_{max}</span> prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées. Il faut que j’ajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code). Implémenté les missing steps.</li>
-</ul>
-<blockquote class="blockquote">
-<p>Je n’arrive pas à comprendre les erreurs qui arrivent</p>
-</blockquote>
-<ul>
-<li><p>Lire Biological Networks - François Képès</p></li>
-<li><p>Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques</p></li>
-</ul>
-<section id="applications-1" class="level3">
-<h3 class="anchored" data-anchor-id="applications-1">Applications</h3>
-<ul>
-<li>Idée Sophie: Regarder clustering de données plantes-pollinisateur selon gradient d’urbanisation</li>
-</ul>
-<blockquote class="blockquote">
-<p>Sophie a fait une appli qui marche bien et va dans le sens de l’analyse faite (à savoir pas d’effet du gradien d’urbanisation). À continuer pour l’intégrer dans l’article !</p>
-</blockquote>
-</section>
-<section id="simulations-article-1" class="level3">
-<h3 class="anchored" data-anchor-id="simulations-article-1">Simulations article</h3>
-<ul>
-<li>Relancer simulations de clustering avec <span class="math inline">M = 30</span> où <span class="math inline">M_i = 10, \forall i</span>. En attente retour MIGALE Relancer simus clustering avec VEM steps = 10 000 et plus nombreux init pour spectral. Ajouter simu clustering métriques nb sous-collections obtenues. Vérifier les résultats obtenus si ARI = 0. Et augmenter la taille <span class="math inline">M = 30</span> avec <span class="math inline">M_1 = M_2 = M_3 = 10</span>. -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques</li>
-</ul>
-</section>
-<section id="axe-inférence" class="level3">
-<h3 class="anchored" data-anchor-id="axe-inférence">Axe inférence</h3>
-<ul>
-<li>Lire biblio fournie Julie, Inférence de réseaux : co-occurence</li>
-</ul>
-<blockquote class="blockquote">
-<p>J’ai lu Faust et al.&nbsp; Je lis Abdill et al.</p>
-</blockquote>
 
 
 </section>