From f12588f4d249c4928c058ad6b72c78384ee699cc Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Woodpecker CI Date: Mon, 11 May 2026 11:47:05 +0000 Subject: [PATCH] Deploy site [CI SKIP] --- index.html | 72 +++++++++---------- .../colsbm_application_reseaux_et_agri.html | 4 +- knowledge_base/projets-phylo.html | 4 +- knowledge_base/vae_wasserstein_gromov.html | 12 +++- search.json | 4 +- suivi/2025-13/2025-13.html | 2 +- suivi/2025-14/2025-14.html | 2 +- suivi/2025-15/2025-15.html | 2 +- suivi/2025-16/2025-16.html | 2 +- suivi/2025-17/2025-17.html | 2 +- suivi/2025-18/2025-18.html | 2 +- suivi/2025-19/2025-19.html | 2 +- suivi/2025-20/2025-20.html | 2 +- suivi/2025-21/2025-21.html | 2 +- suivi/2025-22/2025-22.html | 2 +- suivi/2025-24/2025-24.html | 2 +- suivi/2025-25/2025-25.html | 2 +- suivi/2025-27/2025-27.html | 2 +- suivi/2025-29/2025-29.html | 2 +- suivi/2025-33/2025-33.html | 2 +- suivi/2025-35/2025-35.html | 2 +- suivi/2025-38/2025-38.html | 2 +- suivi/2025-43/2025-43.html | 2 +- suivi/2025-44/2025-44.html | 2 +- suivi/2025-45/2025-45.html | 2 +- suivi/2025-50/2025-50.html | 2 +- suivi/2025-51/2025-51.html | 2 +- suivi/2026-12/2026-12.html | 2 +- suivi/2026-6/2026-6.html | 2 +- suivi/2026-7/2026-7.html | 2 +- suivi/2026-8/2026-8.html | 2 +- suivi/2026-9/2026-9.html | 2 +- 32 files changed, 79 insertions(+), 71 deletions(-) diff --git a/index.html b/index.html index eacd551..9899cce 100644 --- a/index.html +++ b/index.html @@ -254,14 +254,14 @@ window.Quarto = {
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@@ -293,7 +293,7 @@ Agenda

1 Base de connaissances et trucs en vrac

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@@ -325,7 +325,7 @@ En discutant avec Alizée et grâce aux ressources de la section “Liens” don
-7 mai 2026 +11 mai 2026
Louis Lacoste @@ -333,7 +333,7 @@ Louis Lacoste
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@@ -361,7 +361,7 @@ Suite à la discussion avec Julian j’inscris ce que l’on s’est dit.
-7 mai 2026 +11 mai 2026
Louis Lacoste @@ -369,7 +369,7 @@ Louis Lacoste
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@@ -397,7 +397,7 @@ Dans le 3e axe de ma thèse nous souhaitons inclure de l’information phylogén
-7 mai 2026 +11 mai 2026
Louis Lacoste @@ -413,7 +413,7 @@ Louis Lacoste

2 Journaux

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Le plot des groupes trouvés par le multipartite (2 pour tous les OTUs et 4 pour les échantillons.)

@@ -447,7 +447,7 @@ Louis Lacoste
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Le plot des groupes trouvés par le multipartite (2 pour tous les OTUs et 4 pour les échantillons.)

@@ -481,7 +481,7 @@ Louis Lacoste
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@@ -723,7 +723,7 @@ Louis Lacoste
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@@ -860,7 +860,7 @@ Louis Lacoste
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@@ -930,7 +930,7 @@ Louis Lacoste
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@@ -1000,7 +1000,7 @@ Louis Lacoste
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9 réseaux - ARI pour le clustering avec modèles iid, procédure descendante et descendante&ascendante

@@ -1034,7 +1034,7 @@ Louis Lacoste
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Baldock iid

diff --git a/knowledge_base/colsbm_application_reseaux_et_agri.html b/knowledge_base/colsbm_application_reseaux_et_agri.html index 56b1d25..f8bc508 100644 --- a/knowledge_base/colsbm_application_reseaux_et_agri.html +++ b/knowledge_base/colsbm_application_reseaux_et_agri.html @@ -160,14 +160,14 @@ ul.task-list li input[type="checkbox"] {
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7 mai 2026

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diff --git a/knowledge_base/projets-phylo.html b/knowledge_base/projets-phylo.html index f64b031..c79d98b 100644 --- a/knowledge_base/projets-phylo.html +++ b/knowledge_base/projets-phylo.html @@ -221,14 +221,14 @@ window.Quarto = {
Date de publication
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diff --git a/knowledge_base/vae_wasserstein_gromov.html b/knowledge_base/vae_wasserstein_gromov.html index 2282caf..d45e70d 100644 --- a/knowledge_base/vae_wasserstein_gromov.html +++ b/knowledge_base/vae_wasserstein_gromov.html @@ -200,14 +200,14 @@ window.Quarto = {
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11 mai 2026

@@ -227,9 +227,17 @@ window.Quarto = {

Soit Y une matrice d’adjacence (ou de bi-adjacence pour les graphes bipartites), X une matrice de covariables.

Soit D_1 la matrice des degrés en ligne, D_2 la matrice des degrés en colonne.

\widetilde{Y} = D_1^{-1/2} Y D_2^{-1/2}

+

à compléter

2 Hypersphère méga cool

+

Il faut creuser les contraintes des embeddings à vivre sur la surface d’une hypersphère car, d’après Julian et la littérature, par rapport à un espace euclidien cela permet d’avoir :

+
    +
  • position latente bornée : stabilisation de l’apprentissage et évite l’explosion dans une ou plusieurs directions.
    • +
  • couverture “uniforme” de la sphère : tendance à faciliter l’apprentissage contrastif, avec l’idée de bien séparer les graphes aux structures différentes.
    • +
+

Première source

+

Le softmax est remplacée par la loi de von Mises-Fisher. D’après Wikipédia équivalent de la loi normale multivariée à covariance isotrope restreinte à l’hypersphère unité.

diff --git a/search.json b/search.json index 64fa26c..4a3f8bc 100644 --- a/search.json +++ b/search.json @@ -1033,7 +1033,7 @@ "href": "index.html#base-de-connaissances-et-trucs-en-vrac", "title": "Journal suivi de la thèse", "section": "1 Base de connaissances et trucs en vrac", - "text": "1 Base de connaissances et trucs en vrac\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nPour application du modèle colBiSBM sur données interaction PP et pratiques agricoles\n\n\n\napplication\n\nagricole\n\ngraphe\n\ncollection\n\nlbm\n\nsbm\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n7 mai 2026\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nVariational Graph AutoEncoder with Wasserstein\n\n\n\nconvolution\n\nmachine learning\n\nvae\n\ngraphes\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n7 mai 2026\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nIdées autour de l’inclusion de la phylogénie\n\n\n\nphylogénie\n\ngraphes\n\nlbm\n\nsbm\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n7 mai 2026\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\nAucun article correspondant" + "text": "1 Base de connaissances et trucs en vrac\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nPour application du modèle colBiSBM sur données interaction PP et pratiques agricoles\n\n\n\napplication\n\nagricole\n\ngraphe\n\ncollection\n\nlbm\n\nsbm\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n11 mai 2026\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nVariational Graph AutoEncoder with Wasserstein\n\n\n\nconvolution\n\nmachine learning\n\nvae\n\ngraphes\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n11 mai 2026\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nIdées autour de l’inclusion de la phylogénie\n\n\n\nphylogénie\n\ngraphes\n\nlbm\n\nsbm\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n11 mai 2026\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\nAucun article correspondant" }, { "objectID": "index.html#journaux", @@ -1047,6 +1047,6 @@ "href": "knowledge_base/vae_wasserstein_gromov.html", "title": "Variational Graph AutoEncoder with Wasserstein", "section": "", - "text": "Suite à la discussion avec Julian j’inscris ce que l’on s’est dit.\n\n1 Idée principale\nLes VAE avec convolution de graphes (GCN) permettent d’apprendre une représentation latente des noeuds d’un graphe basée sur les interactions entre noeuds.\nObjectif : apprendre un même encodeur et donc un espace latent structuré pour clusteriser une collection de réseaux sur la base de la structure. Sous-objectif : pouvoir prendre en compte des covariables (Fused Wasserstein ?).\nPrincipe du VAE:\nSoit Y une matrice d’adjacence (ou de bi-adjacence pour les graphes bipartites), X une matrice de covariables.\nSoit D_1 la matrice des degrés en ligne, D_2 la matrice des degrés en colonne.\n\\widetilde{Y} = D_1^{-1/2} Y D_2^{-1/2}\n\n\n2 Hypersphère méga cool" + "text": "Suite à la discussion avec Julian j’inscris ce que l’on s’est dit.\n\n1 Idée principale\nLes VAE avec convolution de graphes (GCN) permettent d’apprendre une représentation latente des noeuds d’un graphe basée sur les interactions entre noeuds.\nObjectif : apprendre un même encodeur et donc un espace latent structuré pour clusteriser une collection de réseaux sur la base de la structure. Sous-objectif : pouvoir prendre en compte des covariables (Fused Wasserstein ?).\nPrincipe du VAE:\nSoit Y une matrice d’adjacence (ou de bi-adjacence pour les graphes bipartites), X une matrice de covariables.\nSoit D_1 la matrice des degrés en ligne, D_2 la matrice des degrés en colonne.\n\\widetilde{Y} = D_1^{-1/2} Y D_2^{-1/2}\nà compléter\n\n\n2 Hypersphère méga cool\nIl faut creuser les contraintes des embeddings à vivre sur la surface d’une hypersphère car, d’après Julian et la littérature, par rapport à un espace euclidien cela permet d’avoir :\n\nposition latente bornée : stabilisation de l’apprentissage et évite l’explosion dans une ou plusieurs directions.\ncouverture “uniforme” de la sphère : tendance à faciliter l’apprentissage contrastif, avec l’idée de bien séparer les graphes aux structures différentes.\n\nPremière source\nLe softmax est remplacée par la loi de von Mises-Fisher. D’après Wikipédia équivalent de la loi normale multivariée à covariance isotrope restreinte à l’hypersphère unité." } ] \ No newline at end of file diff --git a/suivi/2025-13/2025-13.html b/suivi/2025-13/2025-13.html index 41737d3..a00fd12 100644 --- a/suivi/2025-13/2025-13.html +++ b/suivi/2025-13/2025-13.html @@ -192,7 +192,7 @@ window.Quarto = {
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7 mai 2026

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11 mai 2026

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diff --git a/suivi/2025-24/2025-24.html b/suivi/2025-24/2025-24.html index 4a4ad83..639b94e 100644 --- a/suivi/2025-24/2025-24.html +++ b/suivi/2025-24/2025-24.html @@ -214,7 +214,7 @@ window.Quarto = {
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diff --git a/suivi/2025-51/2025-51.html b/suivi/2025-51/2025-51.html index 91e966b..cc1e4d9 100644 --- a/suivi/2025-51/2025-51.html +++ b/suivi/2025-51/2025-51.html @@ -211,7 +211,7 @@ window.Quarto = {
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11 mai 2026

diff --git a/suivi/2026-12/2026-12.html b/suivi/2026-12/2026-12.html index 9fa01b3..d62e012 100644 --- a/suivi/2026-12/2026-12.html +++ b/suivi/2026-12/2026-12.html @@ -211,7 +211,7 @@ window.Quarto = {
Modifié
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7 mai 2026

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11 mai 2026

diff --git a/suivi/2026-6/2026-6.html b/suivi/2026-6/2026-6.html index 4e017ef..26be198 100644 --- a/suivi/2026-6/2026-6.html +++ b/suivi/2026-6/2026-6.html @@ -211,7 +211,7 @@ window.Quarto = {
Modifié
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7 mai 2026

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11 mai 2026

diff --git a/suivi/2026-7/2026-7.html b/suivi/2026-7/2026-7.html index b4fe4c0..b346f1a 100644 --- a/suivi/2026-7/2026-7.html +++ b/suivi/2026-7/2026-7.html @@ -213,7 +213,7 @@ window.Quarto = {
Modifié
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7 mai 2026

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11 mai 2026

diff --git a/suivi/2026-8/2026-8.html b/suivi/2026-8/2026-8.html index cc68450..035fc39 100644 --- a/suivi/2026-8/2026-8.html +++ b/suivi/2026-8/2026-8.html @@ -211,7 +211,7 @@ window.Quarto = {
Modifié
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7 mai 2026

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11 mai 2026

diff --git a/suivi/2026-9/2026-9.html b/suivi/2026-9/2026-9.html index 0e7009b..ab514d0 100644 --- a/suivi/2026-9/2026-9.html +++ b/suivi/2026-9/2026-9.html @@ -211,7 +211,7 @@ window.Quarto = {
Modifié
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7 mai 2026

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11 mai 2026