diff --git a/index.html b/index.html index af66f96..f7ac73f 100644 --- a/index.html +++ b/index.html @@ -228,7 +228,7 @@ window.Quarto = {
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-Bilan semaine 21 2025 : 19 mai - 23 mai +Bilan semaine 22 2025 : 26 mai - 30 mai

@@ -255,7 +255,7 @@ Pour clustering de collections sur données réelles :
-23 mai 2025 +28 mai 2025
Louis Lacoste @@ -263,7 +263,7 @@ Louis Lacoste
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diff --git a/search.json b/search.json index d2e6b6f..12d6dbe 100644 --- a/search.json +++ b/search.json @@ -151,7 +151,7 @@ "href": "index.html", "title": "Journal suivi de la thèse", "section": "", - "text": "Bilan semaine 21 2025 : 19 mai - 23 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n23 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 21 2025 : 26 mai - 30 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n23 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 20 2025 : 12 mai - 16 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n16 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 19 2025 : 5 mai - 9 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n9 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 18 2025 : 28 avril - 2 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n2 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 17 2025 : 24 avril - 25 avril\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n25 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 16 2025\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n18 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 15 2025 : 31 mars-4 avril\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n4 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 14 2025 : 24-28 mars\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n28 mars 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 13 2025 : 17-21 mars\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n17 mars 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\nAucun article correspondant" + "text": "Bilan semaine 22 2025 : 26 mai - 30 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n28 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 21 2025 : 26 mai - 30 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n23 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 20 2025 : 12 mai - 16 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n16 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 19 2025 : 5 mai - 9 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n9 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 18 2025 : 28 avril - 2 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n2 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 17 2025 : 24 avril - 25 avril\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n25 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 16 2025\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n18 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 15 2025 : 31 mars-4 avril\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n4 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 14 2025 : 24-28 mars\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n28 mars 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 13 2025 : 17-21 mars\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n17 mars 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\nAucun article correspondant" }, { "objectID": "suivi/2025-19/2025-19.html", @@ -289,42 +289,42 @@ { "objectID": "suivi/2025-22/2025-22.html", "href": "suivi/2025-22/2025-22.html", - "title": "Bilan semaine 21 2025 : 19 mai - 23 mai", + "title": "Bilan semaine 22 2025 : 26 mai - 30 mai", "section": "", "text": "Pour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\nFaire le hclust avec diverses distances et voir si les coupes proposées diffèrent sensiblement\nSi plusieurs clustering possibles les tester et sélectionner le meilleur\nRé-ajuster les bonnes partitions.\n\nIdée de Sophie : alterner descendant et ascendant → prometteur aussi\nPour les deux propositions données simulées tester diverses distances.\nDé-bugger les simulations :\n\nInférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, j’ai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -> BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -> Visiblement il y a d’autres problèmes que juste le plan de parallélisation.\n\nVérifier si problème de version tidyverse pour vapply sur l’inférence.\nSi problème de parallélisation vient de pb de version future.callr le signaler à MIGALE.\n\n\n\n\nAttente retours Pierre\n\n\n\n\n\nKmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\nComparer les perfs du VAE sur Baldock avec colBiSBM par exemple\n\n\n\n\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nSe renseigner techniques d’inférence de réseaux :\n\ncovariance (base corrélation et seuil)\nGraphicalLASSO\nCo-occurence\n\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\nCreuser TabNet de Christophe Regouby et les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nDemander à JA si elle connaît des réseaux d’interactions connus par les experts (idée d’intégrer une connaissance experte et de voir les différences de structure par rapport à celle attendue)\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}" }, { "objectID": "suivi/2025-22/2025-22.html#top-priorité", "href": "suivi/2025-22/2025-22.html#top-priorité", - "title": "Bilan semaine 21 2025 : 19 mai - 23 mai", + "title": "Bilan semaine 22 2025 : 26 mai - 30 mai", "section": "", "text": "Pour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\nFaire le hclust avec diverses distances et voir si les coupes proposées diffèrent sensiblement\nSi plusieurs clustering possibles les tester et sélectionner le meilleur\nRé-ajuster les bonnes partitions.\n\nIdée de Sophie : alterner descendant et ascendant → prometteur aussi\nPour les deux propositions données simulées tester diverses distances.\nDé-bugger les simulations :\n\nInférence : Relancer simus d’inférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). 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À continuer pour l’intégrer dans l’article !\n\n\n\nAxe inférence\n\nLire biblio fournie Julie, Inférence de réseaux : co-occurence\n\n\nJ’ai lu Faust et al.  Je lis Abdill et al." }, { "objectID": "suivi/2025-22/2025-22.html#repoussés-ou-abandonnés", "href": "suivi/2025-22/2025-22.html#repoussés-ou-abandonnés", - "title": "Bilan semaine 21 2025 : 19 mai - 23 mai", + "title": "Bilan semaine 22 2025 : 26 mai - 30 mai", "section": "Repoussés ou abandonnés", "text": "Repoussés ou abandonnés\n\n\n\n\n\n\nDéplier pour voir\n\n\n\n\n\n\nRésultats simus NA Erreur pour certaines conditions : Pour NA robustness générer nb_rep collections de taille M=2 et prélever \\epsilon_{max}n_r n_c liens à retirer puis pour les \\epsilon < \\epsilon_{max} prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées. Il faut que j’ajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code). Implémenté les missing steps.\n\n\nJe n’arrive pas à comprendre les erreurs qui arrivent\n\n\nLire Biological Networks - François Képès\nRegarder les applications pour les collections de réseaux recommender system Pas pertinents et trop gros\n\n\n\n\nListing 1: Recommender systems data\n\n\nPar exemple :\n\nListe de recommendation data\n\n\n\n\n\nPapier plus multi-applications\n\nDonnées d’Elisa herbivore ?\nDonnées urbanisations ?\n\n\n\nAutour de l’article et du package\n\nCréer des vignettes illustrant par exemple des cas de simulations. Possible de mettre l’exemple d’application de Sophie sur les réseaux avec gradient d’urbanisation.\n\n\n\nSimulations article\n\nComparer sur clustering unipartite avec versions symétriser des par blocs des matrices d’adjacences.\nCorriger structure de simus :\n\nPour noisy \\alpha :\n\nLogit pour envoyer la gaussienne vers (0,1)\nBeta contrainte dans (0,1)\n\nPour noisy links : Générer nb_clustering collections de taille M puis prélever \\epsilon_{max}n_r n_c liens à inverser puis pour les \\epsilon < \\epsilon_{max} prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées." } diff --git a/suivi/2025-22/2025-22.html b/suivi/2025-22/2025-22.html index 7f3f824..952a1ba 100644 --- a/suivi/2025-22/2025-22.html +++ b/suivi/2025-22/2025-22.html @@ -8,7 +8,7 @@ -Bilan semaine 21 2025 : 19 mai - 23 mai – Suivi de la thèse +Bilan semaine 22 2025 : 26 mai - 30 mai – Suivi de la thèse