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"title": "Bilan semaine 20 2025 : 12 mai - 16 mai",
"section": "",
"text": "Débugguer les simulations :\n\nClustering : Relancer simulations de clustering avec M = 30 où M_i = 10, \\forall i. En attente retour MIGALE Relancer simus clustering avec VEM steps = 10 000 et plus nombreux init pour spectral. Ajouter simu clustering métriques nb sous-collections obtenues. Vérifier les résultats obtenus si ARI = 0. Et augmenter la taille M = 30 avec M_1 = M_2 = M_3 = 10. -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques. Le bug venait probablement dune inadéquation entre la version de future et future.callr, les résultats temporaires sont encourageants.\n\n\n\n\n\nepsilon\nmodel\nARI\nnb_collections\n\n\n\n\n0.1\niid\n0.41 \\pm 0.12\n2.8 \\pm 0.44\n\n\n0.1\npi\n0.03 \\pm 0.03\n1.8 \\pm 0.42\n\n\n0.1\npirho\n0.04 \\pm 0.02\n3.3 \\pm 0.54\n\n\n0.1\nrho\n0.09 \\pm 0.04\n3.5 \\pm 0.58\n\n\n0.2\niid\n0.91 \\pm 0.06\n2.8 \\pm 0.13\n\n\n0.2\npi\n0.59 \\pm 0.12\n3 \\pm 0.55\n\n\n0.2\npirho\n0.57 \\pm 0.14\n4.5 \\pm 0.67\n\n\n0.2\nrho\n0.55 \\pm 0.23\n2.8 \\pm 0.8\n\n\n0.3\niid\n1\n3\n\n\n0.3\npi\n0.97 \\pm 0.01\n3.57 \\pm 0.2\n\n\n0.3\npirho\n0.94 \\pm 0.03\n4 \\pm 0.32\n\n\n0.3\nrho\n0.89 \\pm 0.09\n3 \\pm 0.32\n\n\n0.4\niid\n1\n3\n\n\n0.4\npi\n1\n3\n\n\n0.4\npirho\n0.86 \\pm 0.11\n3.33 \\pm 0.41\n\n\n0.4\nrho\n0.99 \\pm 0.01\n3.29 \\pm 0.29\n\n\n\n\nInférence : Relancer simus dinférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, jai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -&gt; Visiblement il y a dautres problèmes que juste le plan de parallélisation.\n\n\n\n\nKmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur lespace latent Jai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\n\nPRÉSENTATION JDS (LSD), durée introuvable, adapter en anglais les slides et voir avec PB et SD.\nQuel plan ?\nQuels résultats ? Baldock, Traveset … (sub-Doré)\n\n\n\n\n\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nSe renseigner techniques dinférence de réseaux :\n\ncovariance (base corrélation et seuil)\nGraphicalLASSO\nCo-occurence\n\nLire article multi-niveaux Saint-Clair"
"text": "Pour clustering de collections sur données réelles :\n\nRelâcher la pénalité pour les coupes pour proposer modèles.\nCalculer le BIC-L avec bonne pénalité pour détecter partitions prometteuses.\nRé-ajuster les bonnes partitions.\n\nDé-bugger pourquoi BipartiteInnerProductDecoder.forward() -&gt; NaN\nDé-bugger les simulations :\n\nClustering : Relancer simulations de clustering avec M = 30 où M_i = 10, \\forall i. En attente retour MIGALE Relancer simus clustering avec VEM steps = 10 000 et plus nombreux init pour spectral. Ajouter simu clustering métriques nb sous-collections obtenues. Vérifier les résultats obtenus si ARI = 0. Et augmenter la taille M = 30 avec M_1 = M_2 = M_3 = 10. -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques. Le bug venait probablement dune inadéquation entre la version de future et future.callr, les résultats temporaires sont encourageants.\n\n\n\n\n\n\n\n\nNote\n\n\n\n\n\n\n\n\nepsilon\nmodel\nARI\nnb_collections\n\n\n\n\n0.1\niid\n0.41 \\pm 0.12\n2.8 \\pm 0.44\n\n\n0.1\npi\n0.03 \\pm 0.03\n1.8 \\pm 0.42\n\n\n0.1\npirho\n0.04 \\pm 0.02\n3.3 \\pm 0.54\n\n\n0.1\nrho\n0.09 \\pm 0.04\n3.5 \\pm 0.58\n\n\n0.2\niid\n0.91 \\pm 0.06\n2.8 \\pm 0.13\n\n\n0.2\npi\n0.59 \\pm 0.12\n3 \\pm 0.55\n\n\n0.2\npirho\n0.57 \\pm 0.14\n4.5 \\pm 0.67\n\n\n0.2\nrho\n0.55 \\pm 0.23\n2.8 \\pm 0.8\n\n\n0.3\niid\n1\n3\n\n\n0.3\npi\n0.97 \\pm 0.01\n3.57 \\pm 0.2\n\n\n0.3\npirho\n0.94 \\pm 0.03\n4 \\pm 0.32\n\n\n0.3\nrho\n0.89 \\pm 0.09\n3 \\pm 0.32\n\n\n0.4\niid\n1\n3\n\n\n0.4\npi\n1\n3\n\n\n0.4\npirho\n0.86 \\pm 0.11\n3.33 \\pm 0.41\n\n\n0.4\nrho\n0.99 \\pm 0.01\n3.29 \\pm 0.29\n\n\n\n\n\n\n\nInférence : Relancer simus dinférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, jai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -&gt; Visiblement il y a dautres problèmes que juste le plan de parallélisation.\nVérifier si problème de version tidyverse pour vapply sur linférence.\nSi problème de parallélisation vient de pb de version future.callr le signaler à MIGALE.\n\n\n\n\nPRÉSENTATION JDS (LSD), durée introuvable, adapter en anglais les slides et voir avec PB et SD.\nQuel plan ?\nQuels résultats ? Baldock, Traveset … (sub-Doré)\nMettre le détails des formules et des algos pour VE et sélection de modèle en annexe.\nPréciser simplement que lon utilise un algo VE et un critère type BIC.\nPas la peine de préciser lalgo de clustering\nIndiquer sur une slide le problème de support pour \\pi\\rho à faire sil y a le temps.\nRésultats sur les réseaux Baldock, regarder le positionnement par bloc des espèces communes, regarder les probas dappartenance aux blocs par espèces communes et par réseau.\n\n\n\n\n\nKmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur lespace latent Jai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\n\nHuman Gut Compendium télécharger et analyser les données.\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample\nSe renseigner techniques dinférence de réseaux :\n\ncovariance (base corrélation et seuil)\nGraphicalLASSO\nCo-occurence\n\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\nCreuser TabNet de Christophe Regouby et les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair"
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"text": "Pour clustering de collections sur données réelles :\n\nRelâcher la pénalité pour les coupes pour proposer modèles.\nCalculer le BIC-L avec bonne pénalité pour détecter partitions prometteuses.\nRé-ajuster les bonnes partitions.\n\nDé-bugger pourquoi BipartiteInnerProductDecoder.forward() -&gt; NaN\nDé-bugger les simulations :\n\nClustering : Relancer simulations de clustering avec M = 30 où M_i = 10, \\forall i. En attente retour MIGALE Relancer simus clustering avec VEM steps = 10 000 et plus nombreux init pour spectral. Ajouter simu clustering métriques nb sous-collections obtenues. Vérifier les résultats obtenus si ARI = 0. Et augmenter la taille M = 30 avec M_1 = M_2 = M_3 = 10. -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques. Le bug venait probablement dune inadéquation entre la version de future et future.callr, les résultats temporaires sont encourageants.\n\n\n\n\n\n\n\n\nNote\n\n\n\n\n\n\n\n\nepsilon\nmodel\nARI\nnb_collections\n\n\n\n\n0.1\niid\n0.41 \\pm 0.12\n2.8 \\pm 0.44\n\n\n0.1\npi\n0.03 \\pm 0.03\n1.8 \\pm 0.42\n\n\n0.1\npirho\n0.04 \\pm 0.02\n3.3 \\pm 0.54\n\n\n0.1\nrho\n0.09 \\pm 0.04\n3.5 \\pm 0.58\n\n\n0.2\niid\n0.91 \\pm 0.06\n2.8 \\pm 0.13\n\n\n0.2\npi\n0.59 \\pm 0.12\n3 \\pm 0.55\n\n\n0.2\npirho\n0.57 \\pm 0.14\n4.5 \\pm 0.67\n\n\n0.2\nrho\n0.55 \\pm 0.23\n2.8 \\pm 0.8\n\n\n0.3\niid\n1\n3\n\n\n0.3\npi\n0.97 \\pm 0.01\n3.57 \\pm 0.2\n\n\n0.3\npirho\n0.94 \\pm 0.03\n4 \\pm 0.32\n\n\n0.3\nrho\n0.89 \\pm 0.09\n3 \\pm 0.32\n\n\n0.4\niid\n1\n3\n\n\n0.4\npi\n1\n3\n\n\n0.4\npirho\n0.86 \\pm 0.11\n3.33 \\pm 0.41\n\n\n0.4\nrho\n0.99 \\pm 0.01\n3.29 \\pm 0.29\n\n\n\n\n\n\n\nInférence : Relancer simus dinférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, jai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -&gt; Visiblement il y a dautres problèmes que juste le plan de parallélisation.\nVérifier si problème de version tidyverse pour vapply sur linférence.\nSi problème de parallélisation vient de pb de version future.callr le signaler à MIGALE.\n\n\n\n\nPRÉSENTATION JDS (LSD), durée introuvable, adapter en anglais les slides et voir avec PB et SD.\nQuel plan ?\nQuels résultats ? Baldock, Traveset … (sub-Doré)\nMettre le détails des formules et des algos pour VE et sélection de modèle en annexe.\nPréciser simplement que lon utilise un algo VE et un critère type BIC.\nPas la peine de préciser lalgo de clustering\nIndiquer sur une slide le problème de support pour \\pi\\rho à faire sil y a le temps.\nRésultats sur les réseaux Baldock, regarder le positionnement par bloc des espèces communes, regarder les probas dappartenance aux blocs par espèces communes et par réseau.\n\n\n\n\n\nKmeans sur la densité des réseaux subdoré pour pré-partitionner et clusteriser. Car densités déséquilibrées.\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur lespace latent Jai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\n\nHuman Gut Compendium télécharger et analyser les données.\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample\nSe renseigner techniques dinférence de réseaux :\n\ncovariance (base corrélation et seuil)\nGraphicalLASSO\nCo-occurence\n\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\nCreuser TabNet de Christophe Regouby et les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair"
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"title": "Bilan semaine 20 2025 : 12 mai - 16 mai",
"section": "A discuter",
"text": "A discuter\n\nVoir pour TT période du 11 au 14 août\nVoir pour date CSI car congés avec parents prévu du 29/08 au 12/09."
"text": "A discuter"
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"objectID": "suivi/2025-20/2025-20.html#a-faire",

View file

@ -193,8 +193,8 @@ window.Quarto = {
<ul>
<li><a href="#top-priorité" id="toc-top-priorité" class="nav-link active" data-scroll-target="#top-priorité">TOP PRIORITÉ</a>
<ul class="collapse">
<li><a href="#applications" id="toc-applications" class="nav-link" data-scroll-target="#applications">Applications</a></li>
<li><a href="#présentations-lsd-jds-et-mlaussois" id="toc-présentations-lsd-jds-et-mlaussois" class="nav-link" data-scroll-target="#présentations-lsd-jds-et-mlaussois">Présentations LSD, JdS et ML@Aussois</a></li>
<li><a href="#applications" id="toc-applications" class="nav-link" data-scroll-target="#applications">Applications</a></li>
<li><a href="#inférence-et-microbes" id="toc-inférence-et-microbes" class="nav-link" data-scroll-target="#inférence-et-microbes">Inférence et microbes</a></li>
</ul></li>
<li><a href="#a-discuter" id="toc-a-discuter" class="nav-link" data-scroll-target="#a-discuter">A discuter</a></li>
@ -223,11 +223,30 @@ window.Quarto = {
<section id="top-priorité" class="level2">
<h2 class="anchored" data-anchor-id="top-priorité">TOP PRIORITÉ</h2>
<ul>
<li><p>Débugguer les simulations :</p>
<li><p>Pour clustering de collections sur données réelles :</p>
<ul>
<li>Relâcher la pénalité pour les coupes pour proposer modèles.</li>
<li>Calculer le BIC-L avec bonne pénalité pour détecter partitions prometteuses.</li>
<li>Ré-ajuster les bonnes partitions.</li>
</ul></li>
<li><p>Dé-bugger pourquoi <code>BipartiteInnerProductDecoder.forward() -&gt; NaN</code></p></li>
<li><p>Dé-bugger les simulations :</p>
<ul>
<li>Clustering : Relancer simulations de clustering avec <span class="math inline">M = 30</span><span class="math inline">M_i = 10, \forall i</span>. En attente retour MIGALE Relancer simus clustering avec VEM steps = 10 000 et plus nombreux init pour spectral. Ajouter simu clustering métriques nb sous-collections obtenues. Vérifier les résultats obtenus si ARI = 0. Et augmenter la taille <span class="math inline">M = 30</span> avec <span class="math inline">M_1 = M_2 = M_3 = 10</span>. <del>-&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques.</del> Le bug venait probablement dune inadéquation entre la version de <em>future</em> et <em>future.callr</em>, les résultats temporaires sont encourageants.</li>
</ul></li>
</ul>
<div class="callout callout-style-default callout-note callout-titled">
<div class="callout-header d-flex align-content-center" data-bs-toggle="collapse" data-bs-target=".callout-1-contents" aria-controls="callout-1" aria-expanded="false" aria-label="Toggle callout">
<div class="callout-icon-container">
<i class="callout-icon"></i>
</div>
<div class="callout-title-container flex-fill">
Note
</div>
<div class="callout-btn-toggle d-inline-block border-0 py-1 ps-1 pe-0 float-end"><i class="callout-toggle"></i></div>
</div>
<div id="callout-1" class="callout-1-contents callout-collapse collapse">
<div class="callout-body-container callout-body">
<table class="caption-top table">
<thead>
<tr class="header">
@ -336,9 +355,27 @@ window.Quarto = {
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
</div>
</div>
<ul>
<li>Inférence : Relancer simus dinférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, jai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -&gt; Visiblement il y a dautres problèmes que juste le plan de parallélisation.</li>
<li><p>Inférence : Relancer simus dinférence avec n = 240 pour voir si la qualité augmenter (se rassurer). En fait on est déjà à 240, jai relancé avec M = 4 au lieu de M = 2. En attente résultats MIGALE -&gt; BUG, dois creuser mais juste des problèmes techniques -&gt; Visiblement il y a dautres problèmes que juste le plan de parallélisation.</p></li>
<li><p>Vérifier si problème de version tidyverse pour vapply sur l<strong>inférence</strong>.</p></li>
<li><p>Si problème de parallélisation vient de pb de version <em>future.callr</em> le signaler à MIGALE.</p></li>
</ul>
<section id="présentations-lsd-jds-et-mlaussois" class="level3">
<h3 class="anchored" data-anchor-id="présentations-lsd-jds-et-mlaussois">Présentations LSD, JdS et ML@Aussois</h3>
<ul>
<li><p><del>PRÉSENTATION JDS (LSD), durée introuvable, adapter en anglais les slides</del> et voir avec PB et SD.</p></li>
<li><p>Quel plan ?</p></li>
<li><p>Quels résultats ? Baldock, Traveset … (sub-Doré)</p></li>
<li><p>Mettre le détails des formules et des algos pour VE et sélection de modèle en annexe.</p></li>
<li><p>Préciser simplement que lon utilise un algo VE et un critère type BIC.</p></li>
<li><p>Pas la peine de préciser lalgo de clustering</p></li>
<li><p>Indiquer sur une slide le problème de support pour <span class="math inline">\pi\rho</span> à faire sil y a le temps.</p></li>
<li><p>Résultats sur les réseaux Baldock, regarder le positionnement par bloc des espèces communes, regarder les probas dappartenance aux blocs par espèces communes et par réseau.</p></li>
</ul>
</section>
<section id="applications" class="level3">
<h3 class="anchored" data-anchor-id="applications">Applications</h3>
<ul>
@ -357,34 +394,27 @@ Reference&nbsp;1
</figure>
</div>
</section>
<section id="présentations-lsd-jds-et-mlaussois" class="level3">
<h3 class="anchored" data-anchor-id="présentations-lsd-jds-et-mlaussois">Présentations LSD, JdS et ML@Aussois</h3>
<ul>
<li><del>PRÉSENTATION JDS (LSD), durée introuvable, adapter en anglais les slides</del> et voir avec PB et SD.</li>
<li>Quel plan ?</li>
<li>Quels résultats ? Baldock, Traveset … (sub-Doré)</li>
</ul>
</section>
<section id="inférence-et-microbes" class="level3">
<h3 class="anchored" data-anchor-id="inférence-et-microbes">Inférence et microbes</h3>
<ul>
<li>Lire Papiers compositional data (Aitchison et al.&nbsp;intro)</li>
<li>Human Gut Compendium télécharger et analyser les données.</li>
<li>Lancer <em>colBiSBM</em> sur <span class="math inline">OTU\times Sample</span></li>
<li>Se renseigner techniques dinférence de réseaux :
<ul>
<li>covariance (base corrélation et seuil)</li>
<li>GraphicalLASSO</li>
<li>Co-occurence</li>
</ul></li>
<li>Lancer <em>colSBM</em> sur <span class="math inline">OTU\times OTU</span></li>
<li>Creuser <a href="https://raw.githubusercontent.com/cregouby/R-toulouse-tabnet/main/Tabnet_RR2023_fr_pdf.pdf">TabNet</a> de Christophe Regouby et les <a href="https://github.com/cregouby/Tutoriel_torch">exercices</a></li>
<li>Regarder <strong>SPARTA</strong> Rennes</li>
<li>Lire Papiers compositional data (Aitchison et al.&nbsp;intro)</li>
<li>Lire article multi-niveaux Saint-Clair</li>
</ul>
</section>
</section>
<section id="a-discuter" class="level2">
<h2 class="anchored" data-anchor-id="a-discuter">A discuter</h2>
<ul>
<li>Voir pour TT période du 11 au 14 août</li>
<li>Voir pour date CSI car congés avec parents prévu du 29/08 au 12/09.</li>
</ul>
</section>
<section id="a-faire" class="level2">
<h2 class="anchored" data-anchor-id="a-faire">A faire</h2>
@ -444,7 +474,7 @@ Reference&nbsp;1
<section id="repoussés-ou-abandonnés" class="level2">
<h2 class="anchored" data-anchor-id="repoussés-ou-abandonnés">Repoussés ou abandonnés</h2>
<div class="callout callout-style-default callout-note callout-titled">
<div class="callout-header d-flex align-content-center" data-bs-toggle="collapse" data-bs-target=".callout-1-contents" aria-controls="callout-1" aria-expanded="false" aria-label="Toggle callout">
<div class="callout-header d-flex align-content-center" data-bs-toggle="collapse" data-bs-target=".callout-2-contents" aria-controls="callout-2" aria-expanded="false" aria-label="Toggle callout">
<div class="callout-icon-container">
<i class="callout-icon"></i>
</div>
@ -453,7 +483,7 @@ Déplier pour voir
</div>
<div class="callout-btn-toggle d-inline-block border-0 py-1 ps-1 pe-0 float-end"><i class="callout-toggle"></i></div>
</div>
<div id="callout-1" class="callout-1-contents callout-collapse collapse">
<div id="callout-2" class="callout-2-contents callout-collapse collapse">
<div class="callout-body-container callout-body">
<ul>
<li>Résultats simus NA <strong>Erreur pour certaines conditions</strong> : Pour NA robustness générer <code>nb_rep</code> collections de taille <span class="math inline">M=2</span> et prélever <span class="math inline">\epsilon_{max}n_r n_c</span> liens à retirer puis pour les <span class="math inline">\epsilon &lt; \epsilon_{max}</span> prélever dans la liste des indices afin davoir des perturbations emboitées. Il faut que jajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code). Implémenté les missing steps.</li>