polarolouis/these-recap-hebdo
1
0
Fork 0
Code Issues Pull requests Projects Releases Packages Wiki Activity Actions

Deploy site [CI SKIP]

Browse source
This commit is contained in:
Woodpecker CI 2025-10-06 12:03:26 +00:00
parent bbffe1866a
commit f91f514a95
4 changed files with 985 additions and 33 deletions
Show stats Download patch file Download diff file Expand all files Collapse all files

72
index.html
View file

@ -194,7 +194,7 @@ window.Quarto = {
<li><a href="#journaux" id="toc-journaux" class="nav-link active" data-scroll-target="#journaux">Journaux</a></li>
</ul>
</nav>
<h5 class="quarto-listing-category-title">Catégories</h5><div class="quarto-listing-category category-default"><div class="category" data-category="">Tous <span class="quarto-category-count">(18)</span></div><div class="category" data-category="Y29sQmlTQk0=">colBiSBM <span class="quarto-category-count">(18)</span></div><div class="category" data-category="R05O">GNN <span class="quarto-category-count">(11)</span></div><div class="category" data-category="aW5mJUMzJUE5cmVuY2U=">inférence <span class="quarto-category-count">(13)</span></div></div></div>
<h5 class="quarto-listing-category-title">Catégories</h5><div class="quarto-listing-category category-default"><div class="category" data-category="">Tous <span class="quarto-category-count">(19)</span></div><div class="category" data-category="Y29sQmlTQk0=">colBiSBM <span class="quarto-category-count">(19)</span></div><div class="category" data-category="R05O">GNN <span class="quarto-category-count">(12)</span></div><div class="category" data-category="aW5mJUMzJUE5cmVuY2U=">inférence <span class="quarto-category-count">(14)</span></div></div></div>
<!-- main -->
<main class="content" id="quarto-document-content">
@ -263,7 +263,41 @@ Agenda
<h2 class="anchored" data-anchor-id="journaux">Journaux</h2>
<div id="listing-journal-these" class="quarto-listing quarto-listing-container-default">
<div class="list quarto-listing-default">
<div class="quarto-post image-right" data-index="0" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1758240000000" data-listing-file-modified-sort="1759742363151" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="668">
<div class="quarto-post image-right" data-index="0" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1759708800000" data-listing-file-modified-sort="1759752175730" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="781">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-41/2025-41.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
</a></div>
<div class="body">
<h3 class="no-anchor listing-title">
<a href="./suivi/2025-41/2025-41.html" class="no-external">Bilan semaine 41 2025 : 06 octobre - 10 octobre</a>
</h3>
<div class="listing-categories">
<div class="listing-category" onclick="window.quartoListingCategory('Y29sQmlTQk0='); return false;">colBiSBM</div>
<div class="listing-category" onclick="window.quartoListingCategory('aW5mJUMzJUE5cmVuY2U='); return false;">inférence</div>
<div class="listing-category" onclick="window.quartoListingCategory('R05O'); return false;">GNN</div>
</div>
<div class="delink listing-description"><a href="./suivi/2025-41/2025-41.html" class="no-external">
Finir le papier :
</a></div>
</div>
<div class="metadata">
<a href="./suivi/2025-41/2025-41.html" class="no-external">
<div class="listing-date">
6 oct. 2025
</div>
<div class="listing-author">
Louis Lacoste
</div>
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="1" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1758240000000" data-listing-file-modified-sort="1759752175730" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="668">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-38/2025-38.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -297,7 +331,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="1" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1756425600000" data-listing-file-modified-sort="1759742363151" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="699">
<div class="quarto-post image-right" data-index="2" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1756425600000" data-listing-file-modified-sort="1759752175730" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="699">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-35/2025-35.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -331,7 +365,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="2" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1755129600000" data-listing-file-modified-sort="1759742363151" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="792">
<div class="quarto-post image-right" data-index="3" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1755129600000" data-listing-file-modified-sort="1759752175728" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="792">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-33/2025-33.html" class="no-external">
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-33/figs/auc-model.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
@ -366,7 +400,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="3" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1752537600000" data-listing-file-modified-sort="1759742363151" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="14" data-listing-word-count-sort="2709">
<div class="quarto-post image-right" data-index="4" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1752537600000" data-listing-file-modified-sort="1759752175728" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="14" data-listing-word-count-sort="2709">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-29/2025-29.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -401,7 +435,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="4" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1751846400000" data-listing-file-modified-sort="1759742363150" data-listing-date-modified-sort="1752192000000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="619">
<div class="quarto-post image-right" data-index="5" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1751846400000" data-listing-file-modified-sort="1759752175728" data-listing-date-modified-sort="1752192000000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="619">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-28/2025-28.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -436,7 +470,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="5" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1751241600000" data-listing-file-modified-sort="1759742363150" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="519">
<div class="quarto-post image-right" data-index="6" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1751241600000" data-listing-file-modified-sort="1759752175728" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="519">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-27/2025-27.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -471,7 +505,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="6" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1750377600000" data-listing-file-modified-sort="1759742363150" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="691">
<div class="quarto-post image-right" data-index="7" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1750377600000" data-listing-file-modified-sort="1759752175728" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="691">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-25/2025-25.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -506,7 +540,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="7" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1749772800000" data-listing-file-modified-sort="1759742363149" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="6" data-listing-word-count-sort="1009">
<div class="quarto-post image-right" data-index="8" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1749772800000" data-listing-file-modified-sort="1759752175727" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="6" data-listing-word-count-sort="1009">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-24/2025-24.html" class="no-external">
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-24/figs/ari-clustering-desc&asc9.png" alt="9 réseaux - ARI pour le clustering avec modèles iid, procédure descendante et descendante&ascendante" class="thumbnail-image card-img"/></p>
@ -540,7 +574,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="8" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1748390400000" data-listing-file-modified-sort="1759742363149" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="785">
<div class="quarto-post image-right" data-index="9" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1748390400000" data-listing-file-modified-sort="1759752175727" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="785">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-22/2025-22.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -575,7 +609,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="9" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1747958400000" data-listing-file-modified-sort="1759742363149" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="5" data-listing-word-count-sort="919">
<div class="quarto-post image-right" data-index="10" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1747958400000" data-listing-file-modified-sort="1759752175727" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="5" data-listing-word-count-sort="919">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-21/2025-21.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -609,7 +643,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="10" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1747353600000" data-listing-file-modified-sort="1759742363149" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="6" data-listing-word-count-sort="1030">
<div class="quarto-post image-right" data-index="11" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZSUyQ0dOTg==" data-listing-date-sort="1747353600000" data-listing-file-modified-sort="1759752175727" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="6" data-listing-word-count-sort="1030">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-20/2025-20.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -643,7 +677,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="11" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZQ==" data-listing-date-sort="1746748800000" data-listing-file-modified-sort="1759742363148" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="5" data-listing-word-count-sort="814">
<div class="quarto-post image-right" data-index="12" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZQ==" data-listing-date-sort="1746748800000" data-listing-file-modified-sort="1759752175727" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="5" data-listing-word-count-sort="814">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-19/2025-19.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -675,7 +709,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="12" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZQ==" data-listing-date-sort="1746144000000" data-listing-file-modified-sort="1759742363147" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="521">
<div class="quarto-post image-right" data-index="13" data-categories="Y29sQmlTQk0lMkNpbmYlQzMlQTlyZW5jZQ==" data-listing-date-sort="1746144000000" data-listing-file-modified-sort="1759752175726" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="521">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-18/2025-18.html" class="no-external">
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-18/figs/density-subdore.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
@ -707,7 +741,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="13" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1745539200000" data-listing-file-modified-sort="1759742363135" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="714">
<div class="quarto-post image-right" data-index="14" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1745539200000" data-listing-file-modified-sort="1759752175716" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="4" data-listing-word-count-sort="714">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-17/2025-17.html" class="no-external">
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-17/figs/density-subdore.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
@ -737,7 +771,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="14" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1744934400000" data-listing-file-modified-sort="1759742363134" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="2" data-listing-word-count-sort="352">
<div class="quarto-post image-right" data-index="15" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1744934400000" data-listing-file-modified-sort="1759752175714" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="2" data-listing-word-count-sort="352">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-16/2025-16.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -767,7 +801,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="15" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1743724800000" data-listing-file-modified-sort="1759742363132" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="2" data-listing-word-count-sort="353">
<div class="quarto-post image-right" data-index="16" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1743724800000" data-listing-file-modified-sort="1759752175713" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="2" data-listing-word-count-sort="353">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-15/2025-15.html" class="no-external">
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-15/figs/alluvial-clusterings.png" class="thumbnail-image card-img"/></p>
@ -797,7 +831,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="16" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1743120000000" data-listing-file-modified-sort="1759742363132" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="413">
<div class="quarto-post image-right" data-index="17" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1743120000000" data-listing-file-modified-sort="1759752175713" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="413">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-14/2025-14.html" class="no-external">
<div class="listing-item-img-placeholder card-img-top" >&nbsp;</div>
@ -827,7 +861,7 @@ Louis Lacoste
</a>
</div>
</div>
<div class="quarto-post image-right" data-index="17" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1742169600000" data-listing-file-modified-sort="1759742363126" data-listing-date-modified-sort="1759742363000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="426">
<div class="quarto-post image-right" data-index="18" data-categories="Y29sQmlTQk0=" data-listing-date-sort="1742169600000" data-listing-file-modified-sort="1759752175706" data-listing-date-modified-sort="1759752175000" data-listing-reading-time-sort="3" data-listing-word-count-sort="426">
<div class="thumbnail"><a href="./suivi/2025-13/2025-13.html" class="no-external">
<p class="card-img-top"><img src="suivi/2025-13/figs/baldock_meso_iid.png" alt="Baldock iid" class="thumbnail-image card-img"/></p>

1
listings.json
View file

@ -2,6 +2,7 @@
{
"listing": "/index.html",
"items": [
"/suivi/2025-41/2025-41.html",
"/suivi/2025-38/2025-38.html",
"/suivi/2025-35/2025-35.html",
"/suivi/2025-33/2025-33.html",

63
search.json
View file

@ -272,20 +272,6 @@
"section": "",
"text": "Cette semaine j’ai :\n\nFini d’intégrer à colSBM tous les changements (clustering dérecursifier pour uni et bipartites& cli …) et contacter Saint-Clair pour passer colSBM sous GrossSBM.\nRelancer et obtenus les résultats pour le clustering sur les réseaux Baldock\n\n\n\n\nBaldock iid\n\n\n\n\n\nBaldock pi\n\n\n\n\n\nBaldock rho\n\n\n\n\n\nBaldock pirho\n\n\n\nRelancer et obtenus les résultats pour les simus ajoutant du bruits sur les structures et liens\n\nPour noisy \\alpha:\n\nPlan de simulation 2 collections (d\\in (1,2)) avec M = 30 soit 15 réseaux par type. n_r = n_c = 120 et \\pi_1 = \\begin{pmatrix} 0.5, 0.3, 0.2\\end{pmatrix},~\n \\rho_1 = \\begin{pmatrix}0.4, 0.3, 0.2, 0.1\\end{pmatrix},~\n \\alpha_1 = \\begin{pmatrix}\n 0.85& 0.4& 0.2& 0.15\\\\\n 0.6& 0.2& 0.15& 0.15\\\\\n 0.2& 0.15& 0.15& 0.7\n \\end{pmatrix}\n \\pi_2 = (0.5, 0.3, 0.2),~\n \\rho_2 = (0.45, 0.3, 0.25),~\n \\alpha_2 = \\begin{pmatrix}\n 0.65& 0.15& 0.15\\\\\n 0.15& 0.8& 0.15\\\\\n 0.15& 0.15& 0.4\n \\end{pmatrix}\n\\epsilon \\in (0, 0.01, \\dots 0.05) qui est l’écart-type d’une \\mathcal{N}_{Q_1^d \\times Q_2^d}(0,\\epsilon^2) = vec(N^m), \\forall m \\in (1,\\dots, M). Et \\forall m, X^m \\sim LBM_{n_r,n_c}(Q_1^d, Q_2^d, \\alpha_d + N^m, \\pi_d, \\rho_d)\nRésultats : \n\nPour noisy links:\n\nPlan de simu M = 30, n_r = n_c = 120. \\pi_1 = \\begin{pmatrix} 0.5, 0.3, 0.2\\end{pmatrix},~\n \\rho_1 = \\begin{pmatrix}0.4, 0.3, 0.2, 0.1\\end{pmatrix},~\n \\alpha_1 = \\begin{pmatrix}\n 0.85& 0.4& 0.2& 0.05\\\\\n 0.6& 0.2& 0.05& 0.05\\\\\n 0.2& 0.05& 0.05& 0.7\n \\end{pmatrix}\n \\pi_2 = (0.5, 0.3, 0.2),~\n \\rho_2 = (0.45, 0.3, 0.25),~\n \\alpha_2 = \\begin{pmatrix}\n 0.65& 0.05& 0.05\\\\\n 0.05& 0.8& 0.05\\\\\n 0.05& 0.05& 0.4\n \\end{pmatrix}\n\\epsilon \\in (0, 0.05, \\dots 0.5), indices de la matrice = sample.int(n_r \\times n_c, size = n_r \\times n_c \\times \\epsilon). Les indices tirés inverse la valeur du lien (1 -&gt; 0, 0 -&gt; 1)\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nClear links\n\n\n\n\n\n\n\nNoisy links\n\n\n\n\n\n\nFigure 1\n\n\n\n\nRelancer simulations robustesse aux NAs\nChanger les plots résultats NAs pour faire sous-plots comparant sep vs model."
},
{
"objectID": "index.html",
"href": "index.html",
"title": "Journal suivi de la thèse",
"section": "",
"text": "Agenda"
},
{
"objectID": "index.html#journaux",
"href": "index.html#journaux",
"title": "Journal suivi de la thèse",
"section": "Journaux",
"text": "Journaux\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 38 2025 : 15 septembre - 19 septembre\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n19 sept. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 35 2025 : 25 août - 29 août\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n29 août 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 33 2025 : 11 août - 15 août\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n14 août 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 29 2025 : 15 juillet - 18 juillet\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n15 juil. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 28 2025 : 07 juillet - 11 juillet\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n7 juil. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 27 2025 : 30 juin - 4 juillet\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n30 juin 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 25 2025 : 16 juin - 20 juin\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n20 juin 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 24 2025 : 10 juin - 13 juin\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n13 juin 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 22 2025 : 26 mai - 30 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n28 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 21 2025 : 26 mai - 30 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n23 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 20 2025 : 12 mai - 16 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n16 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 19 2025 : 5 mai - 9 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n9 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 18 2025 : 28 avril - 2 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n2 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 17 2025 : 24 avril - 25 avril\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n25 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 16 2025\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n18 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 15 2025 : 31 mars-4 avril\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n4 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 14 2025 : 24-28 mars\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n28 mars 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 13 2025 : 17-21 mars\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n17 mars 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\nAucun article correspondant"
},
{
"objectID": "suivi/2025-19/2025-19.html",
"href": "suivi/2025-19/2025-19.html",
@ -335,6 +321,55 @@
"section": "Repoussés ou abandonnés",
"text": "Repoussés ou abandonnés\n\nRésultats simus NA Erreur pour certaines conditions : Pour NA robustness générer nb_rep collections de taille M=2 et prélever \\epsilon_{max}n_r n_c liens à retirer puis pour les \\epsilon &lt; \\epsilon_{max} prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées. Il faut que j’ajoute un mécanisme pour reprendre des conditions qui ont plantés et que je skip dans le future_lapply les conditions déjà traitées (pour avoir la même seed quand je vais exécuter le code). Implémenté les missing steps.\n\n\nJe n’arrive pas à comprendre les erreurs qui arrivent\n\n\nLire Biological Networks - François Képès\nRegarder les applications pour les collections de réseaux recommender system Pas pertinents et trop gros\n\n\n\n\nListing 1: Recommender systems data\n\n\nPar exemple :\n\nListe de recommendation data\n\n\n\n\n\nPapier plus multi-applications\n\nDonnées d’Elisa herbivore ?\nDonnées urbanisations ?\n\n\n\nAutour de l’article et du package\n\nCréer des vignettes illustrant par exemple des cas de simulations. Possible de mettre l’exemple d’application de Sophie sur les réseaux avec gradient d’urbanisation.\n\n\n\nSimulations article\n\nComparer sur clustering unipartite avec versions symétriser des par blocs des matrices d’adjacences.\nCorriger structure de simus :\n\nPour noisy \\alpha :\n\nLogit pour envoyer la gaussienne vers (0,1)\nBeta contrainte dans (0,1)\n\nPour noisy links : Générer nb_clustering collections de taille M puis prélever \\epsilon_{max}n_r n_c liens à inverser puis pour les \\epsilon &lt; \\epsilon_{max} prélever dans la liste des indices afin d’avoir des perturbations emboitées."
},
{
"objectID": "index.html",
"href": "index.html",
"title": "Journal suivi de la thèse",
"section": "",
"text": "Agenda"
},
{
"objectID": "index.html#journaux",
"href": "index.html#journaux",
"title": "Journal suivi de la thèse",
"section": "Journaux",
"text": "Journaux\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 41 2025 : 06 octobre - 10 octobre\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n6 oct. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 38 2025 : 15 septembre - 19 septembre\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n19 sept. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 35 2025 : 25 août - 29 août\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n29 août 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 33 2025 : 11 août - 15 août\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n14 août 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 29 2025 : 15 juillet - 18 juillet\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n15 juil. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 28 2025 : 07 juillet - 11 juillet\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n7 juil. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 27 2025 : 30 juin - 4 juillet\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n30 juin 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 25 2025 : 16 juin - 20 juin\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n20 juin 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 24 2025 : 10 juin - 13 juin\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n13 juin 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 22 2025 : 26 mai - 30 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n28 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 21 2025 : 26 mai - 30 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n23 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 20 2025 : 12 mai - 16 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\nGNN\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n16 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 19 2025 : 5 mai - 9 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n9 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 18 2025 : 28 avril - 2 mai\n\n\n\ncolBiSBM\n\ninférence\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n2 mai 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 17 2025 : 24 avril - 25 avril\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n25 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 16 2025\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n18 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 15 2025 : 31 mars-4 avril\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n4 avr. 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 14 2025 : 24-28 mars\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n28 mars 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBilan semaine 13 2025 : 17-21 mars\n\n\n\ncolBiSBM\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n17 mars 2025\n\n\nLouis Lacoste\n\n\n\n\n\nAucun article correspondant"
},
{
"objectID": "suivi/2025-41/2025-41.html",
"href": "suivi/2025-41/2025-41.html",
"title": "Bilan semaine 41 2025 : 06 octobre - 10 octobre",
"section": "",
"text": "Finir le papier :\n\nÉcrire en annexe le BIC-L\nFusionner VGAE et information transfer (missing links seulement) donc refaire tourner sur même données qu’en R. A adapter pour Python et pouvoir intégrer dans la figure. (raccourcit)\nÉcrire le poster avec un titre aguicheur “Are my pollinators your pollinators: …”\n\nMaitriser graphtools de Peixoto pour essayer d’utiliser l’arbre taxonomique sur graphe de cooccurence inférer par SparCC\nMaitriser SparCC\nClustering unipartite j’ai cassé une fonction de distance à vérifier et réparer\nIdée clustering unipartite graphes des métros\n\n \n\nPour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\n❓Je n’arrive plus à reproduire le bug pour l’inférence…\n😫 bug encore. S’assurer que ça marche et relancer\n\n⌛ A Roscoff avec Julie et Pierre nous avons constaté que c’était l’extraction des dyades pour le calcul des métriques qui était incorrecte. Maintenant c’est corrigé et ça fonctionne ! En fait je donne tous les degrés donc le GNN a juste à retrouver les arêtes non vues.Revérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant Pour corriger cet effet :\n\nDonner la matrice identité comme features\nCorriger les degrés calculés.\n\n⚠️ Discuter intersection simulations\nClustering sur Doré :\n\nRegarder pour les couples date+nom les études et le nombre de réseaux analysables (Possible demander à Élisa)\n\n⌛ Chamberlain et al semble intéressant à regarder ! Voir le Rmarkdown\n\nClusteriser sur la base des noms et voir parmi les réseaux Européens (désagrégés ?)\nSi M &gt; 10, alors voir si je retrouve les mêmes résultats que dans les études.\n\nRegarder les codes Mangal database pour \\delta\nVoir \\delta mais additif\n\n\n\n\n\n\n\n\\delta additif Bernoulli\n\n\n\nEn Bernoulli pas de forme analytique non plus : Pour \\alpha_{qr}: \\sum_{m=1}^M \\sum_{i=1}^{n_1^m} \\sum_{j=1}^{n_2^m} \\tau_{iq}^{1,m}\\tau_{jr}^{2,m}(\\frac{X_{ij}^m}{\\alpha_{qr}} + \\frac{(1-X_{ij}^m)}{\\alpha_{qr} + \\delta_m -1}) = 0 \\Leftrightarrow \\sum_m \\frac{e^m_{qr}}{\\alpha_{qr}} + \\frac{1}{\\alpha_{qr}+\\delta_m-1} (n^m_{qr}-e^m_{qr}) = 0\nEt pour \\delta_m: \\sum_{i=1}^{n_1^m} \\sum_{j=1}^{n_2^m} \\sum_{q=1}^{Q_1} \\sum_{r=1}^{Q_2} \\tau_{iq}^{1,m}\\tau_{jr}^{2,m}(\\frac{X_{ij}^m}{\\delta_{m}} + \\frac{(1-X_{ij}^m)}{\\alpha_{qr} + \\delta_m -1}) = 0\n\n\n\n\n\n\n\n\n\\delta additif Poisson\n\n\n\nForme analytique mais risque de confusion ? \\widehat{\\delta_m} = \\frac{\\sum_{q,r} e^m_{qr}}{\\sum_{q,r} n^m_{qr}},~\\widehat{\\alpha_{qr}} = \\frac{\\sum_{m} e^m_{qr}}{\\sum_{m} n^m_{qr}} \n\n\n\nRegarder la liste des cours du MathSV et de l’Université Paris-Saclay.\n⌛ Plutôt regarder pour introduire un modèle \\delta-colBiSBM.\n\nAjouter le produit par \\delta là où nécessaire\nAjouter les modèles \\delta, \\delta\\pi, \\dots et les blocs conditionnels\nAjouter les tests unitaires adéquats et les vérifier\n\nRegarder Largest gap sur réseaux Doré\nEssayer clustering sur supinfo\nHomogénéiser notations dans les supplementaries\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\neasy16s : se renseigner sur\n\n\\alpha, \\beta diversité\nHeatmap\nVoir avec Mahendra à l’occasion du CSI\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\nTabNet pratiquer les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}\n\n\n\nPlus sur le temps long, à regarder\n\nGT causalité\nDaria Bystrova lire présentation Bystrova (s. d.) (Meek rules, V-structure)"
},
{
"objectID": "suivi/2025-41/2025-41.html#todo-list",
"href": "suivi/2025-41/2025-41.html#todo-list",
"title": "Bilan semaine 41 2025 : 06 octobre - 10 octobre",
"section": "",
"text": "Finir le papier :\n\nÉcrire en annexe le BIC-L\nFusionner VGAE et information transfer (missing links seulement) donc refaire tourner sur même données qu’en R. A adapter pour Python et pouvoir intégrer dans la figure. (raccourcit)\nÉcrire le poster avec un titre aguicheur “Are my pollinators your pollinators: …”\n\nMaitriser graphtools de Peixoto pour essayer d’utiliser l’arbre taxonomique sur graphe de cooccurence inférer par SparCC\nMaitriser SparCC\nClustering unipartite j’ai cassé une fonction de distance à vérifier et réparer\nIdée clustering unipartite graphes des métros\n\n \n\nPour clustering de collections sur données réelles :\n→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs (Q_1,Q_2).\n\n❓Je n’arrive plus à reproduire le bug pour l’inférence…\n😫 bug encore. S’assurer que ça marche et relancer\n\n⌛ A Roscoff avec Julie et Pierre nous avons constaté que c’était l’extraction des dyades pour le calcul des métriques qui était incorrecte. Maintenant c’est corrigé et ça fonctionne ! En fait je donne tous les degrés donc le GNN a juste à retrouver les arêtes non vues.Revérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant Pour corriger cet effet :\n\nDonner la matrice identité comme features\nCorriger les degrés calculés.\n\n⚠️ Discuter intersection simulations\nClustering sur Doré :\n\nRegarder pour les couples date+nom les études et le nombre de réseaux analysables (Possible demander à Élisa)\n\n⌛ Chamberlain et al semble intéressant à regarder ! Voir le Rmarkdown\n\nClusteriser sur la base des noms et voir parmi les réseaux Européens (désagrégés ?)\nSi M &gt; 10, alors voir si je retrouve les mêmes résultats que dans les études.\n\nRegarder les codes Mangal database pour \\delta\nVoir \\delta mais additif\n\n\n\n\n\n\n\n\\delta additif Bernoulli\n\n\n\nEn Bernoulli pas de forme analytique non plus : Pour \\alpha_{qr}: \\sum_{m=1}^M \\sum_{i=1}^{n_1^m} \\sum_{j=1}^{n_2^m} \\tau_{iq}^{1,m}\\tau_{jr}^{2,m}(\\frac{X_{ij}^m}{\\alpha_{qr}} + \\frac{(1-X_{ij}^m)}{\\alpha_{qr} + \\delta_m -1}) = 0 \\Leftrightarrow \\sum_m \\frac{e^m_{qr}}{\\alpha_{qr}} + \\frac{1}{\\alpha_{qr}+\\delta_m-1} (n^m_{qr}-e^m_{qr}) = 0\nEt pour \\delta_m: \\sum_{i=1}^{n_1^m} \\sum_{j=1}^{n_2^m} \\sum_{q=1}^{Q_1} \\sum_{r=1}^{Q_2} \\tau_{iq}^{1,m}\\tau_{jr}^{2,m}(\\frac{X_{ij}^m}{\\delta_{m}} + \\frac{(1-X_{ij}^m)}{\\alpha_{qr} + \\delta_m -1}) = 0\n\n\n\n\n\n\n\n\n\\delta additif Poisson\n\n\n\nForme analytique mais risque de confusion ? \\widehat{\\delta_m} = \\frac{\\sum_{q,r} e^m_{qr}}{\\sum_{q,r} n^m_{qr}},~\\widehat{\\alpha_{qr}} = \\frac{\\sum_{m} e^m_{qr}}{\\sum_{m} n^m_{qr}} \n\n\n\nRegarder la liste des cours du MathSV et de l’Université Paris-Saclay.\n⌛ Plutôt regarder pour introduire un modèle \\delta-colBiSBM.\n\nAjouter le produit par \\delta là où nécessaire\nAjouter les modèles \\delta, \\delta\\pi, \\dots et les blocs conditionnels\nAjouter les tests unitaires adéquats et les vérifier\n\nRegarder Largest gap sur réseaux Doré\nEssayer clustering sur supinfo\nHomogénéiser notations dans les supplementaries\n\n\n\n\n\nFaire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu\n\n\n\nReference 1\n\n\n\n\n\n\neasy16s : se renseigner sur\n\n\\alpha, \\beta diversité\nHeatmap\nVoir avec Mahendra à l’occasion du CSI\n\nLancer colBiSBM sur OTU\\times Sample → problème du chargement en mémoire des données à voir\nLancer colSBM sur OTU\\times OTU\nTabNet pratiquer les exercices\nRegarder SPARTA Rennes\nLire Papiers compositional data (Aitchison et al. intro)\nLire article multi-niveaux Saint-Clair\nEcrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. \\begin{align*}\ni \\rightarrow &~N^1_i \\subseteq N^2_i \\subseteq N^3_i & \\text{Taxonomie}\\\\\nZ^0_i \\overset{?}{=} & Z^1_i \\overset{?}{=} Z^2_i \\overset{?}{=} Z^3_i & \\text{Groupes fonctionnels}\n\\end{align*}\n\n\n\nPlus sur le temps long, à regarder\n\nGT causalité\nDaria Bystrova lire présentation Bystrova (s. d.) (Meek rules, V-structure)"
},
{
"objectID": "suivi/2025-41/2025-41.html#biblio-à-faire",
"href": "suivi/2025-41/2025-41.html#biblio-à-faire",
"title": "Bilan semaine 41 2025 : 06 octobre - 10 octobre",
"section": "Biblio à faire",
"text": "Biblio à faire\n\nRegarder Transport optimal graphes bipartite."
},
{
"objectID": "suivi/2025-41/2025-41.html#lectures-en-cours",
"href": "suivi/2025-41/2025-41.html#lectures-en-cours",
"title": "Bilan semaine 41 2025 : 06 octobre - 10 octobre",
"section": "Lectures en cours 📚",
"text": "Lectures en cours 📚\n\nHDR Vincent Brault\n\n⌛ Chap 2 : Creuser l’idée de maximiser l’énergie libre, très intéressant regarder le critère CARI et lire Robert et al 2021. Actuellement p32 du manuscrit\nChap 3\n\n\n\nOT\n\n⌛ Mazelet, Flamary, et Thirion (s. d.) Intéressant pour le transport optimal entre graphes de tailles différentes | Regarder si regularization entropique ne marche pas bien pour le graphe.\n⌛ Nenna (s. d.b) Pour comprendre le problème d’OT régularisé pour l’entropie.\n⌛ Nenna (s. d.a)\n\n\n\nInférence de graphes\n\n⌛ Aitchison (1982), en cours\n❗📖 Payne et al. (2023) sur MixMPLN\n\n\n\nCausalité\n\n❗📖 Bystrova (s. d.)\n\n\n\nLargest Gaps\n\n❗📖 Brault et Channarond (2023)\n❗📖 Channarond, Daudin, et Robin (2012) le papier qui introduit le Largest Gaps"
},
{
"objectID": "suivi/2025-41/2025-41.html#a-discuter",
"href": "suivi/2025-41/2025-41.html#a-discuter",
"title": "Bilan semaine 41 2025 : 06 octobre - 10 octobre",
"section": "A discuter",
"text": "A discuter\n\nCongés P&S\n\n\nThèse\n\nFaire préz CSI\nFaire rapport CSI\n\n\n\nInférence\n\npbs : variance, bcp de zero, covariables, offset et taxonomie (Reseaux arretes differents niveaux : Genre, OTU …)\n\n\nCombine networks at different taxonomic levels\n\n\nInférence + GREMLINS"
},
{
"objectID": "suivi/2025-29/2025-29.html",
"href": "suivi/2025-29/2025-29.html",

882
suivi/2025-41/2025-41.html Normal file
View file

@ -0,0 +1,882 @@
<!DOCTYPE html>
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="fr" xml:lang="fr"><head>
<meta charset="utf-8">
<meta name="generator" content="quarto-1.7.22">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0, user-scalable=yes">
<meta name="author" content="Louis Lacoste">
<title>Bilan semaine 41 2025 : 06 octobre - 10 octobre – Suivi de la thèse</title>
<style>
code{white-space: pre-wrap;}
span.smallcaps{font-variant: small-caps;}
div.columns{display: flex; gap: min(4vw, 1.5em);}
div.column{flex: auto; overflow-x: auto;}
div.hanging-indent{margin-left: 1.5em; text-indent: -1.5em;}
ul.task-list{list-style: none;}
ul.task-list li input[type="checkbox"] {
width: 0.8em;
margin: 0 0.8em 0.2em -1em; /* quarto-specific, see https://github.com/quarto-dev/quarto-cli/issues/4556 */
vertical-align: middle;
}
/* CSS for citations */
div.csl-bib-body { }
div.csl-entry {
clear: both;
margin-bottom: 0em;
}
.hanging-indent div.csl-entry {
margin-left:2em;
text-indent:-2em;
}
div.csl-left-margin {
min-width:2em;
float:left;
}
div.csl-right-inline {
margin-left:2em;
padding-left:1em;
}
div.csl-indent {
margin-left: 2em;
}</style>
<script src="../../site_libs/quarto-nav/quarto-nav.js"></script>
<script src="../../site_libs/quarto-nav/headroom.min.js"></script>
<script src="../../site_libs/clipboard/clipboard.min.js"></script>
<script src="../../site_libs/quarto-search/autocomplete.umd.js"></script>
<script src="../../site_libs/quarto-search/fuse.min.js"></script>
<script src="../../site_libs/quarto-search/quarto-search.js"></script>
<meta name="quarto:offset" content="../../">
<script src="../../site_libs/quarto-html/quarto.js" type="module"></script>
<script src="../../site_libs/quarto-html/tabsets/tabsets.js" type="module"></script>
<script src="../../site_libs/quarto-html/popper.min.js"></script>
<script src="../../site_libs/quarto-html/tippy.umd.min.js"></script>
<script src="../../site_libs/quarto-html/anchor.min.js"></script>
<link href="../../site_libs/quarto-html/tippy.css" rel="stylesheet">
<link href="../../site_libs/quarto-html/quarto-syntax-highlighting-7b4406b7675125bc2ba204020e191172.css" rel="stylesheet" id="quarto-text-highlighting-styles">
<script src="../../site_libs/bootstrap/bootstrap.min.js"></script>
<link href="../../site_libs/bootstrap/bootstrap-icons.css" rel="stylesheet">
<link href="../../site_libs/bootstrap/bootstrap-b7709e3ceabf99e2647fc5ea1b9a158c.min.css" rel="stylesheet" append-hash="true" id="quarto-bootstrap" data-mode="light">
<script id="quarto-search-options" type="application/json">{
"location": "navbar",
"copy-button": false,
"collapse-after": 3,
"panel-placement": "end",
"type": "overlay",
"limit": 50,
"keyboard-shortcut": [
"f",
"/",
"s"
],
"show-item-context": false,
"language": {
"search-no-results-text": "Pas de résultats",
"search-matching-documents-text": "documents trouvés",
"search-copy-link-title": "Copier le lien vers la recherche",
"search-hide-matches-text": "Cacher les correspondances additionnelles",
"search-more-match-text": "correspondance de plus dans ce document",
"search-more-matches-text": "correspondances de plus dans ce document",
"search-clear-button-title": "Effacer",
"search-text-placeholder": "",
"search-detached-cancel-button-title": "Annuler",
"search-submit-button-title": "Envoyer",
"search-label": "Recherche"
}
}</script>
<script>window.backupDefine = window.define; window.define = undefined;</script><script src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/katex@latest/dist/katex.min.js"></script>
<script>document.addEventListener("DOMContentLoaded", function () {
var mathElements = document.getElementsByClassName("math");
var macros = [];
for (var i = 0; i < mathElements.length; i++) {
var texText = mathElements[i].firstChild;
if (mathElements[i].tagName == "SPAN") {
katex.render(texText.data, mathElements[i], {
displayMode: mathElements[i].classList.contains('display'),
throwOnError: false,
macros: macros,
fleqn: false
});
}}});
</script>
<script>window.define = window.backupDefine; window.backupDefine = undefined;</script><link rel="stylesheet" href="https://cdn.jsdelivr.net/npm/katex@latest/dist/katex.min.css">
<script type="text/javascript">
const typesetMath = (el) => {
if (window.MathJax) {
// MathJax Typeset
window.MathJax.typeset([el]);
} else if (window.katex) {
// KaTeX Render
var mathElements = el.getElementsByClassName("math");
var macros = [];
for (var i = 0; i < mathElements.length; i++) {
var texText = mathElements[i].firstChild;
if (mathElements[i].tagName == "SPAN") {
window.katex.render(texText.data, mathElements[i], {
displayMode: mathElements[i].classList.contains('display'),
throwOnError: false,
macros: macros,
fleqn: false
});
}
}
}
}
window.Quarto = {
typesetMath
};
</script>
</head>
<body class="nav-fixed quarto-light">
<div id="quarto-search-results"></div>
<header id="quarto-header" class="headroom fixed-top quarto-banner">
<nav class="navbar navbar-expand-lg " data-bs-theme="dark">
<div class="navbar-container container-fluid">
<div class="navbar-brand-container mx-auto">
<a class="navbar-brand" href="../../index.html">
<span class="navbar-title">Suivi de la thèse</span>
</a>
</div>
<div id="quarto-search" class="" title="Recherche"></div>
<button class="navbar-toggler" type="button" data-bs-toggle="collapse" data-bs-target="#navbarCollapse" aria-controls="navbarCollapse" role="menu" aria-expanded="false" aria-label="Basculer la navigation" onclick="if (window.quartoToggleHeadroom) { window.quartoToggleHeadroom(); }">
<span class="navbar-toggler-icon"></span>
</button>
<div class="collapse navbar-collapse" id="navbarCollapse">
<ul class="navbar-nav navbar-nav-scroll me-auto">
<li class="nav-item">
<a class="nav-link" href="../../index.html"> <i class="bi bi-journals" role="img">
</i>
<span class="menu-text">Liste des semaines</span></a>
</li>
</ul>
<ul class="navbar-nav navbar-nav-scroll ms-auto">
<li class="nav-item compact">
<a class="nav-link" href="https://git.polarolouis.fr/polarolouis/these-recap-hebdo"> <i class="bi bi-git" role="img" aria-label="Dépôt Git du journal">
</i>
<span class="menu-text"></span></a>
</li>
</ul>
</div> <!-- /navcollapse -->
<div class="quarto-navbar-tools">
</div>
</div> <!-- /container-fluid -->
</nav>
</header>
<!-- content -->
<header id="title-block-header" class="quarto-title-block default page-columns page-full">
<div class="quarto-title-banner page-columns page-full">
<div class="quarto-title column-body">
<h1 class="title">Bilan semaine 41 2025 : 06 octobre - 10 octobre</h1>
<div class="quarto-categories">
<div class="quarto-category">colBiSBM</div>
<div class="quarto-category">inférence</div>
<div class="quarto-category">GNN</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="quarto-title-meta-author">
<div class="quarto-title-meta-heading">Auteur·rice</div>
<div class="quarto-title-meta-heading">Affiliation</div>
<div class="quarto-title-meta-contents">
<p class="author">Louis Lacoste <a href="mailto:louis.lacoste@agroparistech.fr" class="quarto-title-author-email"><i class="bi bi-envelope"></i></a> <a href="https://orcid.org/0009-0004-0178-9821" class="quarto-title-author-orcid"> <img src="data:image/png;base64,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"></a></p>
</div>
<div class="quarto-title-meta-contents">
<p class="affiliation">
MIA Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, Université Paris-Saclay
</p>
</div>
</div>
<div class="quarto-title-meta">
<div>
<div class="quarto-title-meta-heading">Date de publication</div>
<div class="quarto-title-meta-contents">
<p class="date">6 octobre 2025</p>
</div>
</div>
<div>
<div class="quarto-title-meta-heading">Modifié</div>
<div class="quarto-title-meta-contents">
<p class="date-modified">6 octobre 2025</p>
</div>
</div>
</div>
</header><div id="quarto-content" class="quarto-container page-columns page-rows-contents page-layout-article page-navbar">
<!-- sidebar -->
<!-- margin-sidebar -->
<div id="quarto-margin-sidebar" class="sidebar margin-sidebar">
<nav id="TOC" role="doc-toc" class="toc-active">
<h2 id="toc-title">Sur cette page</h2>
<ul>
<li><a href="#todo-list" id="toc-todo-list" class="nav-link active" data-scroll-target="#todo-list">TODO List</a>
<ul class="collapse">
<li><a href="#inférence-et-microbes" id="toc-inférence-et-microbes" class="nav-link" data-scroll-target="#inférence-et-microbes">Inférence et microbes</a></li>
</ul></li>
<li><a href="#biblio-à-faire" id="toc-biblio-à-faire" class="nav-link" data-scroll-target="#biblio-à-faire">Biblio à faire</a></li>
<li><a href="#lectures-en-cours" id="toc-lectures-en-cours" class="nav-link" data-scroll-target="#lectures-en-cours">Lectures en cours 📚</a>
<ul class="collapse">
<li><a href="#hdr-vincent-brault" id="toc-hdr-vincent-brault" class="nav-link" data-scroll-target="#hdr-vincent-brault">HDR Vincent Brault</a></li>
<li><a href="#ot" id="toc-ot" class="nav-link" data-scroll-target="#ot">OT</a></li>
<li><a href="#inférence-de-graphes" id="toc-inférence-de-graphes" class="nav-link" data-scroll-target="#inférence-de-graphes">Inférence de graphes</a></li>
<li><a href="#causalité-1" id="toc-causalité-1" class="nav-link" data-scroll-target="#causalité-1">Causalité</a></li>
<li><a href="#largest-gaps" id="toc-largest-gaps" class="nav-link" data-scroll-target="#largest-gaps">Largest Gaps</a></li>
</ul></li>
<li><a href="#a-discuter" id="toc-a-discuter" class="nav-link" data-scroll-target="#a-discuter">A discuter</a>
<ul class="collapse">
<li><a href="#congés-ps" id="toc-congés-ps" class="nav-link" data-scroll-target="#congés-ps">Congés P&amp;S</a></li>
<li><a href="#thèse" id="toc-thèse" class="nav-link" data-scroll-target="#thèse">Thèse</a></li>
<li><a href="#inférence" id="toc-inférence" class="nav-link" data-scroll-target="#inférence">Inférence</a></li>
</ul></li>
</ul>
</nav>
</div>
<!-- main -->
<main class="content quarto-banner-title-block" id="quarto-document-content">
<section id="todo-list" class="level2">
<h2 class="anchored" data-anchor-id="todo-list">TODO List</h2>
<ul>
<li><p>Finir le papier :</p>
<ul>
<li>Écrire en annexe le BIC-L</li>
<li>Fusionner VGAE et information transfer (missing links seulement) donc refaire tourner sur même données qu’en R. A adapter pour Python et pouvoir intégrer dans la figure. (raccourcit)</li>
<li>Écrire le poster avec un titre aguicheur “Are my pollinators your pollinators: …”</li>
</ul></li>
<li><p>Maitriser graphtools de Peixoto pour essayer d’utiliser l’arbre taxonomique sur graphe de cooccurence inférer par SparCC</p></li>
<li><p>Maitriser SparCC</p></li>
<li><p>Clustering unipartite j’ai cassé une fonction de distance à vérifier et réparer</p></li>
<li><p>Idée clustering unipartite graphes des métros</p>
<div class="embed-container">
<p><iframe src="https://csun.uic.edu/wp-content/uploads/sites/1080/2023/12/pdf_7.pdf" width="100%" height="475px" style="position: relative;z-index: 9999999;"> </iframe></p>
</div></li>
<li><p>Pour clustering de collections sur données <del>réelles</del> :<br>
→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs <span class="math inline">(Q_1,Q_2)</span>.</p>
<ul>
<li>❓Je n’arrive plus à reproduire le bug pour l’inférence…</li>
<li>😫 bug encore. S’assurer que ça marche et relancer</li>
</ul></li>
<li><p>⌛ A Roscoff avec Julie et Pierre nous avons constaté que c’était l’extraction des dyades pour le calcul des métriques qui était incorrecte. Maintenant c’est corrigé et ça fonctionne ! En fait je donne tous les degrés donc le GNN a juste à retrouver les arêtes non vues.Revérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant Pour corriger cet effet :</p>
<ul>
<li>Donner la matrice identité comme features</li>
<li>Corriger les degrés calculés.</li>
</ul></li>
<li><p>⚠️ Discuter intersection simulations</p></li>
<li><p>Clustering sur Doré :</p>
<ul>
<li>Regarder pour les couples date+nom les études et le nombre de réseaux analysables (Possible demander à Élisa)
<ul>
<li>⌛ Chamberlain et al semble intéressant à regarder ! Voir le Rmarkdown</li>
</ul></li>
<li>Clusteriser sur la base des noms et voir parmi les réseaux Européens (désagrégés ?)</li>
<li>Si M &gt; 10, alors voir si je retrouve les mêmes résultats que dans les études.</li>
</ul></li>
<li><p>Regarder les codes Mangal database pour <span class="math inline">\delta</span></p></li>
<li><p>Voir <span class="math inline">\delta</span> mais additif</p></li>
</ul>
<div class="callout callout-style-default callout-note callout-titled">
<div class="callout-header d-flex align-content-center">
<div class="callout-icon-container">
<i class="callout-icon"></i>
</div>
<div class="callout-title-container flex-fill">
<span class="math inline">\delta</span> additif Bernoulli
</div>
</div>
<div class="callout-body-container callout-body">
<p>En Bernoulli pas de forme analytique non plus : Pour <span class="math inline">\alpha_{qr}</span>: <span class="math display"> \sum_{m=1}^M \sum_{i=1}^{n_1^m} \sum_{j=1}^{n_2^m} \tau_{iq}^{1,m}\tau_{jr}^{2,m}(\frac{X_{ij}^m}{\alpha_{qr}} + \frac{(1-X_{ij}^m)}{\alpha_{qr} + \delta_m -1}) = 0</span> <span class="math display">\Leftrightarrow \sum_m \frac{e^m_{qr}}{\alpha_{qr}} + \frac{1}{\alpha_{qr}+\delta_m-1} (n^m_{qr}-e^m_{qr}) = 0</span></p>
<p>Et pour <span class="math inline">\delta_m</span>: <span class="math display"> \sum_{i=1}^{n_1^m} \sum_{j=1}^{n_2^m} \sum_{q=1}^{Q_1} \sum_{r=1}^{Q_2} \tau_{iq}^{1,m}\tau_{jr}^{2,m}(\frac{X_{ij}^m}{\delta_{m}} + \frac{(1-X_{ij}^m)}{\alpha_{qr} + \delta_m -1}) = 0</span></p>
</div>
</div>
<div class="callout callout-style-default callout-note callout-titled">
<div class="callout-header d-flex align-content-center">
<div class="callout-icon-container">
<i class="callout-icon"></i>
</div>
<div class="callout-title-container flex-fill">
<span class="math inline">\delta</span> additif Poisson
</div>
</div>
<div class="callout-body-container callout-body">
<p>Forme analytique mais risque de confusion ? <span class="math display">\widehat{\delta_m} = \frac{\sum_{q,r} e^m_{qr}}{\sum_{q,r} n^m_{qr}},~\widehat{\alpha_{qr}} = \frac{\sum_{m} e^m_{qr}}{\sum_{m} n^m_{qr}} </span></p>
</div>
</div>
<ul>
<li><p>Regarder la liste des cours du MathSV et de l’Université Paris-Saclay.</p></li>
<li><p>⌛ <strong>Plutôt regarder pour introduire un modèle <span class="math inline">\delta</span>-colBiSBM</strong>.</p>
<ul>
<li>Ajouter le produit par <span class="math inline">\delta</span> là où nécessaire</li>
<li>Ajouter les modèles <span class="math inline">\delta</span>, <span class="math inline">\delta\pi, \dots</span> et les blocs conditionnels</li>
<li>Ajouter les tests unitaires adéquats et les vérifier</li>
</ul></li>
<li><p>Regarder <em>Largest gap</em> sur réseaux Doré</p></li>
<li><p>Essayer <em>clustering</em> sur <code>supinfo</code></p></li>
<li><p>Homogénéiser notations dans les supplementaries</p></li>
</ul>
<div id="ref-kmeans-vae" class="quarto-float quarto-figure quarto-figure-center anchored">
<figure class="quarto-float quarto-float-ref figure">
<div aria-describedby="ref-kmeans-vae-caption-0ceaefa1-69ba-4598-a22c-09a6ac19f8ca">
<ul>
<li>Faire GNN-VAE Doré et sub-Doré avec kmeans et clustering sur l’espace latent J’ai commencé à regarder un peu</li>
</ul>
</div>
<figcaption class="quarto-float-caption-bottom quarto-float-caption quarto-float-ref quarto-uncaptioned" id="ref-kmeans-vae-caption-0ceaefa1-69ba-4598-a22c-09a6ac19f8ca">
Reference&nbsp;1
</figcaption>
</figure>
</div>
<section id="inférence-et-microbes" class="level3">
<h3 class="anchored" data-anchor-id="inférence-et-microbes">Inférence et microbes</h3>
<ul>
<li>easy16s : se renseigner sur
<ul>
<li><span class="math inline">\alpha</span>, <span class="math inline">\beta</span> diversité</li>
<li>Heatmap</li>
<li>Voir avec Mahendra à l’occasion du CSI</li>
</ul></li>
<li>Lancer <em>colBiSBM</em> sur <span class="math inline">OTU\times Sample</span> → problème du chargement en mémoire des données à voir</li>
<li>Lancer <em>colSBM</em> sur <span class="math inline">OTU\times OTU</span></li>
<li>TabNet pratiquer les <a href="https://github.com/cregouby/Tutoriel_torch">exercices</a></li>
<li>Regarder <strong>SPARTA</strong> Rennes</li>
<li>Lire Papiers compositional data (Aitchison et al.&nbsp;intro)</li>
<li>Lire article multi-niveaux Saint-Clair</li>
<li>Ecrire et étudier les modèles pour différents niveaux taxonomiques. <span class="math display">\begin{align*}
i \rightarrow &amp;~N^1_i \subseteq N^2_i \subseteq N^3_i &amp; \text{Taxonomie}\\
Z^0_i \overset{?}{=} &amp; Z^1_i \overset{?}{=} Z^2_i \overset{?}{=} Z^3_i &amp; \text{Groupes fonctionnels}
\end{align*}</span></li>
</ul>
<section id="causalité" class="level4">
<h4 class="anchored" data-anchor-id="causalité">Causalité</h4>
<p>Plus sur le temps long, à regarder</p>
<ul>
<li>GT causalité</li>
<li>Daria Bystrova lire présentation <span class="citation" data-cites="bystrovaCausalDiscovery">Bystrova (<a href="#ref-bystrovaCausalDiscovery" role="doc-biblioref">s.&nbsp;d.</a>)</span> (Meek rules, V-structure)</li>
</ul>
</section>
</section>
</section>
<section id="biblio-à-faire" class="level2">
<h2 class="anchored" data-anchor-id="biblio-à-faire">Biblio à faire</h2>
<ul>
<li>Regarder Transport optimal graphes bipartite.</li>
</ul>
</section>
<section id="lectures-en-cours" class="level2">
<h2 class="anchored" data-anchor-id="lectures-en-cours">Lectures en cours 📚</h2>
<section id="hdr-vincent-brault" class="level3">
<h3 class="anchored" data-anchor-id="hdr-vincent-brault">HDR Vincent Brault</h3>
<ul>
<li>⌛ Chap 2 : Creuser l’idée de maximiser l’énergie libre, très intéressant regarder le critère CARI et lire Robert et al 2021. Actuellement p32 du manuscrit</li>
<li>Chap 3</li>
</ul>
</section>
<section id="ot" class="level3">
<h3 class="anchored" data-anchor-id="ot">OT</h3>
<ul>
<li>⌛ <span class="citation" data-cites="mazeletUnsupervisedLearningOptimal">Mazelet, Flamary, et Thirion (<a href="#ref-mazeletUnsupervisedLearningOptimal" role="doc-biblioref">s.&nbsp;d.</a>)</span> Intéressant pour le transport optimal entre graphes de tailles différentes | Regarder si regularization entropique ne marche pas bien pour le graphe.</li>
<li>⌛ <span class="citation" data-cites="nennaLecture2Entropic">Nenna (<a href="#ref-nennaLecture2Entropic" role="doc-biblioref">s.&nbsp;d.b</a>)</span> Pour comprendre le problème d’OT régularisé pour l’entropie.</li>
<li>⌛ <span class="citation" data-cites="nennaLecture1Monge">Nenna (<a href="#ref-nennaLecture1Monge" role="doc-biblioref">s.&nbsp;d.a</a>)</span></li>
</ul>
</section>
<section id="inférence-de-graphes" class="level3">
<h3 class="anchored" data-anchor-id="inférence-de-graphes">Inférence de graphes</h3>
<ul>
<li><p>⌛ <span class="citation" data-cites="aitchisonStatisticalAnalysisCompositional1982a">Aitchison (<a href="#ref-aitchisonStatisticalAnalysisCompositional1982a" role="doc-biblioref">1982</a>)</span>, en cours</p></li>
<li><p>❗📖 <span class="citation" data-cites="payneFiniteMixturesMultivariate2023">Payne et al. (<a href="#ref-payneFiniteMixturesMultivariate2023" role="doc-biblioref">2023</a>)</span> sur MixMPLN</p></li>
</ul>
</section>
<section id="causalité-1" class="level3">
<h3 class="anchored" data-anchor-id="causalité-1">Causalité</h3>
<ul>
<li>❗📖 <span class="citation" data-cites="bystrovaCausalDiscovery">Bystrova (<a href="#ref-bystrovaCausalDiscovery" role="doc-biblioref">s.&nbsp;d.</a>)</span></li>
</ul>
</section>
<section id="largest-gaps" class="level3">
<h3 class="anchored" data-anchor-id="largest-gaps">Largest Gaps</h3>
<ul>
<li>❗📖 <span class="citation" data-cites="braultFastConsistentAlgorithm2023">Brault et Channarond (<a href="#ref-braultFastConsistentAlgorithm2023" role="doc-biblioref">2023</a>)</span></li>
<li>❗📖 <span class="citation" data-cites="channarondClassificationEstimationStochastic2012">Channarond, Daudin, et Robin (<a href="#ref-channarondClassificationEstimationStochastic2012" role="doc-biblioref">2012</a>)</span> le papier qui introduit le <em>Largest Gaps</em></li>
</ul>
</section>
</section>
<section id="a-discuter" class="level2">
<h2 class="anchored" data-anchor-id="a-discuter">A discuter</h2>
<section id="congés-ps" class="level3">
<h3 class="anchored" data-anchor-id="congés-ps">Congés P&amp;S</h3>
</section>
<section id="thèse" class="level3">
<h3 class="anchored" data-anchor-id="thèse">Thèse</h3>
<ul>
<li>Faire préz CSI</li>
<li>Faire rapport CSI</li>
</ul>
</section>
<section id="inférence" class="level3">
<h3 class="anchored" data-anchor-id="inférence">Inférence</h3>
<ul>
<li>pbs : variance, bcp de zero, covariables, offset et taxonomie (Reseaux arretes differents niveaux : Genre, OTU …)</li>
</ul>
<blockquote class="blockquote">
<p>Combine networks at different taxonomic levels</p>
</blockquote>
<ul>
<li>Inférence + GREMLINS</li>
</ul>
</section>
</section>
<div id="quarto-appendix" class="default"><section class="quarto-appendix-contents" role="doc-bibliography" id="quarto-bibliography"><h2 class="anchored quarto-appendix-heading">Les références</h2><div id="refs" class="references csl-bib-body hanging-indent" data-entry-spacing="0" role="list">
<div id="ref-aitchisonStatisticalAnalysisCompositional1982a" class="csl-entry" role="listitem">
Aitchison, J. 1982. <span>«&nbsp;The <span>Statistical Analysis</span> of <span>Compositional Data</span>&nbsp;»</span>. <em>Journal of the Royal Statistical Society. Series B (Methodological)</em> 44 (2): 139‑77. <a href="https://www.jstor.org/stable/2345821">https://www.jstor.org/stable/2345821</a>.
</div>
<div id="ref-braultFastConsistentAlgorithm2023" class="csl-entry" role="listitem">
Brault, Vincent, et Antoine Channarond. 2023. <span>«&nbsp;Fast and <span>Consistent Algorithm</span> for the <span>Latent Block Model</span>&nbsp;»</span>. 9 mars 2023. <a href="https://doi.org/10.48550/arXiv.1610.09005">https://doi.org/10.48550/arXiv.1610.09005</a>.
</div>
<div id="ref-bystrovaCausalDiscovery" class="csl-entry" role="listitem">
Bystrova, Daria. s.&nbsp;d. <span>«&nbsp;Causal Discovery&nbsp;»</span>.
</div>
<div id="ref-channarondClassificationEstimationStochastic2012" class="csl-entry" role="listitem">
Channarond, Antoine, Jean-Jacques Daudin, et Stéphane Robin. 2012. <span>«&nbsp;Classification and Estimation in the <span>Stochastic Blockmodel</span> Based on the Empirical Degrees&nbsp;»</span>. <em>Electronic Journal of Statistics</em> 6 (janvier). <a href="https://doi.org/10.1214/12-ejs753">https://doi.org/10.1214/12-ejs753</a>.
</div>
<div id="ref-mazeletUnsupervisedLearningOptimal" class="csl-entry" role="listitem">
Mazelet, Sonia, Rémi Flamary, et Bertrand Thirion. s.&nbsp;d. <span>«&nbsp;Unsupervised <span>Learning</span> for <span>Optimal Transport</span> Plan Prediction Between Unbalanced Graphs&nbsp;»</span>.
</div>
<div id="ref-nennaLecture1Monge" class="csl-entry" role="listitem">
Nenna, Luca. s.&nbsp;d.a. <span>«&nbsp;Lecture 1 <span>Monge</span> and <span>Kantorovich</span> Problems: From Primal to Dual&nbsp;»</span>.
</div>
<div id="ref-nennaLecture2Entropic" class="csl-entry" role="listitem">
———. s.&nbsp;d.b. <span>«&nbsp;Lecture 2: <span>Entropic Optimal Transport</span>&nbsp;»</span>.
</div>
<div id="ref-payneFiniteMixturesMultivariate2023" class="csl-entry" role="listitem">
Payne, Andrea, Anjali Silva, Steven J. Rothstein, Paul D. McNicholas, et Sanjeena Subedi. 2023. <span>«&nbsp;Finite <span>Mixtures</span> of <span>Multivariate Poisson-Log Normal Factor Analyzers</span> for <span>Clustering Count Data</span>&nbsp;»</span>. 13 novembre 2023. <a href="https://doi.org/10.48550/arXiv.2311.07762">https://doi.org/10.48550/arXiv.2311.07762</a>.
</div>
</div></section></div></main> <!-- /main -->
<script id="quarto-html-after-body" type="application/javascript">
window.document.addEventListener("DOMContentLoaded", function (event) {
const icon = "";
const anchorJS = new window.AnchorJS();
anchorJS.options = {
placement: 'right',
icon: icon
};
anchorJS.add('.anchored');
const isCodeAnnotation = (el) => {
for (const clz of el.classList) {
if (clz.startsWith('code-annotation-')) {
return true;
}
}
return false;
}
const onCopySuccess = function(e) {
// button target
const button = e.trigger;
// don't keep focus
button.blur();
// flash "checked"
button.classList.add('code-copy-button-checked');
var currentTitle = button.getAttribute("title");
button.setAttribute("title", "Copié");
let tooltip;
if (window.bootstrap) {
button.setAttribute("data-bs-toggle", "tooltip");
button.setAttribute("data-bs-placement", "left");
button.setAttribute("data-bs-title", "Copié");
tooltip = new bootstrap.Tooltip(button,
{ trigger: "manual",
customClass: "code-copy-button-tooltip",
offset: [0, -8]});
tooltip.show();
}
setTimeout(function() {
if (tooltip) {
tooltip.hide();
button.removeAttribute("data-bs-title");
button.removeAttribute("data-bs-toggle");
button.removeAttribute("data-bs-placement");
}
button.setAttribute("title", currentTitle);
button.classList.remove('code-copy-button-checked');
}, 1000);
// clear code selection
e.clearSelection();
}
const getTextToCopy = function(trigger) {
const codeEl = trigger.previousElementSibling.cloneNode(true);
for (const childEl of codeEl.children) {
if (isCodeAnnotation(childEl)) {
childEl.remove();
}
}
return codeEl.innerText;
}
const clipboard = new window.ClipboardJS('.code-copy-button:not([data-in-quarto-modal])', {
text: getTextToCopy
});
clipboard.on('success', onCopySuccess);
if (window.document.getElementById('quarto-embedded-source-code-modal')) {
const clipboardModal = new window.ClipboardJS('.code-copy-button[data-in-quarto-modal]', {
text: getTextToCopy,
container: window.document.getElementById('quarto-embedded-source-code-modal')
});
clipboardModal.on('success', onCopySuccess);
}
var localhostRegex = new RegExp(/^(?:http|https):\/\/localhost\:?[0-9]*\//);
var mailtoRegex = new RegExp(/^mailto:/);
var filterRegex = new RegExp('/' + window.location.host + '/');
var isInternal = (href) => {
return filterRegex.test(href) || localhostRegex.test(href) || mailtoRegex.test(href);
}
// Inspect non-navigation links and adorn them if external
var links = window.document.querySelectorAll('a[href]:not(.nav-link):not(.navbar-brand):not(.toc-action):not(.sidebar-link):not(.sidebar-item-toggle):not(.pagination-link):not(.no-external):not([aria-hidden]):not(.dropdown-item):not(.quarto-navigation-tool):not(.about-link)');
for (var i=0; i<links.length; i++) {
const link = links[i];
if (!isInternal(link.href)) {
// undo the damage that might have been done by quarto-nav.js in the case of
// links that we want to consider external
if (link.dataset.originalHref !== undefined) {
link.href = link.dataset.originalHref;
}
}
}
function tippyHover(el, contentFn, onTriggerFn, onUntriggerFn) {
const config = {
allowHTML: true,
maxWidth: 500,
delay: 100,
arrow: false,
appendTo: function(el) {
return el.parentElement;
},
interactive: true,
interactiveBorder: 10,
theme: 'quarto',
placement: 'bottom-start',
};
if (contentFn) {
config.content = contentFn;
}
if (onTriggerFn) {
config.onTrigger = onTriggerFn;
}
if (onUntriggerFn) {
config.onUntrigger = onUntriggerFn;
}
window.tippy(el, config);
}
const noterefs = window.document.querySelectorAll('a[role="doc-noteref"]');
for (var i=0; i<noterefs.length; i++) {
const ref = noterefs[i];
tippyHover(ref, function() {
// use id or data attribute instead here
let href = ref.getAttribute('data-footnote-href') || ref.getAttribute('href');
try { href = new URL(href).hash; } catch {}
const id = href.replace(/^#\/?/, "");
const note = window.document.getElementById(id);
if (note) {
return note.innerHTML;
} else {
return "";
}
});
}
const xrefs = window.document.querySelectorAll('a.quarto-xref');
const processXRef = (id, note) => {
// Strip column container classes
const stripColumnClz = (el) => {
el.classList.remove("page-full", "page-columns");
if (el.children) {
for (const child of el.children) {
stripColumnClz(child);
}
}
}
stripColumnClz(note)
if (id === null || id.startsWith('sec-')) {
// Special case sections, only their first couple elements
const container = document.createElement("div");
if (note.children && note.children.length > 2) {
container.appendChild(note.children[0].cloneNode(true));
for (let i = 1; i < note.children.length; i++) {
const child = note.children[i];
if (child.tagName === "P" && child.innerText === "") {
continue;
} else {
container.appendChild(child.cloneNode(true));
break;
}
}
if (window.Quarto?.typesetMath) {
window.Quarto.typesetMath(container);
}
return container.innerHTML
} else {
if (window.Quarto?.typesetMath) {
window.Quarto.typesetMath(note);
}
return note.innerHTML;
}
} else {
// Remove any anchor links if they are present
const anchorLink = note.querySelector('a.anchorjs-link');
if (anchorLink) {
anchorLink.remove();
}
if (window.Quarto?.typesetMath) {
window.Quarto.typesetMath(note);
}
if (note.classList.contains("callout")) {
return note.outerHTML;
} else {
return note.innerHTML;
}
}
}
for (var i=0; i<xrefs.length; i++) {
const xref = xrefs[i];
tippyHover(xref, undefined, function(instance) {
instance.disable();
let url = xref.getAttribute('href');
let hash = undefined;
if (url.startsWith('#')) {
hash = url;
} else {
try { hash = new URL(url).hash; } catch {}
}
if (hash) {
const id = hash.replace(/^#\/?/, "");
const note = window.document.getElementById(id);
if (note !== null) {
try {
const html = processXRef(id, note.cloneNode(true));
instance.setContent(html);
} finally {
instance.enable();
instance.show();
}
} else {
// See if we can fetch this
fetch(url.split('#')[0])
.then(res => res.text())
.then(html => {
const parser = new DOMParser();
const htmlDoc = parser.parseFromString(html, "text/html");
const note = htmlDoc.getElementById(id);
if (note !== null) {
const html = processXRef(id, note);
instance.setContent(html);
}
}).finally(() => {
instance.enable();
instance.show();
});
}
} else {
// See if we can fetch a full url (with no hash to target)
// This is a special case and we should probably do some content thinning / targeting
fetch(url)
.then(res => res.text())
.then(html => {
const parser = new DOMParser();
const htmlDoc = parser.parseFromString(html, "text/html");
const note = htmlDoc.querySelector('main.content');
if (note !== null) {
// This should only happen for chapter cross references
// (since there is no id in the URL)
// remove the first header
if (note.children.length > 0 && note.children[0].tagName === "HEADER") {
note.children[0].remove();
}
const html = processXRef(null, note);
instance.setContent(html);
}
}).finally(() => {
instance.enable();
instance.show();
});
}
}, function(instance) {
});
}
let selectedAnnoteEl;
const selectorForAnnotation = ( cell, annotation) => {
let cellAttr = 'data-code-cell="' + cell + '"';
let lineAttr = 'data-code-annotation="' + annotation + '"';
const selector = 'span[' + cellAttr + '][' + lineAttr + ']';
return selector;
}
const selectCodeLines = (annoteEl) => {
const doc = window.document;
const targetCell = annoteEl.getAttribute("data-target-cell");
const targetAnnotation = annoteEl.getAttribute("data-target-annotation");
const annoteSpan = window.document.querySelector(selectorForAnnotation(targetCell, targetAnnotation));
const lines = annoteSpan.getAttribute("data-code-lines").split(",");
const lineIds = lines.map((line) => {
return targetCell + "-" + line;
})
let top = null;
let height = null;
let parent = null;
if (lineIds.length > 0) {
//compute the position of the single el (top and bottom and make a div)
const el = window.document.getElementById(lineIds[0]);
top = el.offsetTop;
height = el.offsetHeight;
parent = el.parentElement.parentElement;
if (lineIds.length > 1) {
const lastEl = window.document.getElementById(lineIds[lineIds.length - 1]);
const bottom = lastEl.offsetTop + lastEl.offsetHeight;
height = bottom - top;
}
if (top !== null && height !== null && parent !== null) {
// cook up a div (if necessary) and position it
let div = window.document.getElementById("code-annotation-line-highlight");
if (div === null) {
div = window.document.createElement("div");
div.setAttribute("id", "code-annotation-line-highlight");
div.style.position = 'absolute';
parent.appendChild(div);
}
div.style.top = top - 2 + "px";
div.style.height = height + 4 + "px";
div.style.left = 0;
let gutterDiv = window.document.getElementById("code-annotation-line-highlight-gutter");
if (gutterDiv === null) {
gutterDiv = window.document.createElement("div");
gutterDiv.setAttribute("id", "code-annotation-line-highlight-gutter");
gutterDiv.style.position = 'absolute';
const codeCell = window.document.getElementById(targetCell);
const gutter = codeCell.querySelector('.code-annotation-gutter');
gutter.appendChild(gutterDiv);
}
gutterDiv.style.top = top - 2 + "px";
gutterDiv.style.height = height + 4 + "px";
}
selectedAnnoteEl = annoteEl;
}
};
const unselectCodeLines = () => {
const elementsIds = ["code-annotation-line-highlight", "code-annotation-line-highlight-gutter"];
elementsIds.forEach((elId) => {
const div = window.document.getElementById(elId);
if (div) {
div.remove();
}
});
selectedAnnoteEl = undefined;
};
// Handle positioning of the toggle
window.addEventListener(
"resize",
throttle(() => {
elRect = undefined;
if (selectedAnnoteEl) {
selectCodeLines(selectedAnnoteEl);
}
}, 10)
);
function throttle(fn, ms) {
let throttle = false;
let timer;
return (...args) => {
if(!throttle) { // first call gets through
fn.apply(this, args);
throttle = true;
} else { // all the others get throttled
if(timer) clearTimeout(timer); // cancel #2
timer = setTimeout(() => {
fn.apply(this, args);
timer = throttle = false;
}, ms);
}
};
}
// Attach click handler to the DT
const annoteDls = window.document.querySelectorAll('dt[data-target-cell]');
for (const annoteDlNode of annoteDls) {
annoteDlNode.addEventListener('click', (event) => {
const clickedEl = event.target;
if (clickedEl !== selectedAnnoteEl) {
unselectCodeLines();
const activeEl = window.document.querySelector('dt[data-target-cell].code-annotation-active');
if (activeEl) {
activeEl.classList.remove('code-annotation-active');
}
selectCodeLines(clickedEl);
clickedEl.classList.add('code-annotation-active');
} else {
// Unselect the line
unselectCodeLines();
clickedEl.classList.remove('code-annotation-active');
}
});
}
const findCites = (el) => {
const parentEl = el.parentElement;
if (parentEl) {
const cites = parentEl.dataset.cites;
if (cites) {
return {
el,
cites: cites.split(' ')
};
} else {
return findCites(el.parentElement)
}
} else {
return undefined;
}
};
var bibliorefs = window.document.querySelectorAll('a[role="doc-biblioref"]');
for (var i=0; i<bibliorefs.length; i++) {
const ref = bibliorefs[i];
const citeInfo = findCites(ref);
if (citeInfo) {
tippyHover(citeInfo.el, function() {
var popup = window.document.createElement('div');
citeInfo.cites.forEach(function(cite) {
var citeDiv = window.document.createElement('div');
citeDiv.classList.add('hanging-indent');
citeDiv.classList.add('csl-entry');
var biblioDiv = window.document.getElementById('ref-' + cite);
if (biblioDiv) {
citeDiv.innerHTML = biblioDiv.innerHTML;
}
popup.appendChild(citeDiv);
});
return popup.innerHTML;
});
}
}
});
</script>
</div> <!-- /content -->
</body></html>