vault backup: 2026-06-11 14:13:23

Affected files:
.obsidian/workspace.json
Thèse/Séminaires/2026-06-11 BRICOUT Barbara.md

.obsidian/workspace.json

@@ -6,20 +6,63 @@
       {
         "id": "1cf21b6cf48676e1",
         "type": "tabs",
+        "dimension": 55.52282768777614,
         "children": [
           {
-            "id": "5a22d122169dedf7",
+            "id": "9008c2c9f7c08ed0",
+            "type": "leaf",
+            "pinned": true,
+            "state": {
+              "type": "markdown",
+              "state": {
+                "file": "Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md",
+                "mode": "source",
+                "source": false,
+                "backlinks": false
+              },
+              "pinned": true,
+              "icon": "lucide-file",
+              "title": "Review papier colBiSBM"
+            }
+          },
+          {
+            "id": "bd694dfa434e6a04",
             "type": "leaf",
             "state": {
               "type": "markdown",
               "state": {
-                "file": "Thèse/Axes/Phylogénie/SBM avec covariance latente.md",
+                "file": "Thèse/Séminaires/2026-06-11 BRICOUT Barbara.md",
                 "mode": "source",
                 "source": false,
                 "backlinks": false
               },
               "icon": "lucide-file",
-              "title": "SBM avec covariance latente"
+              "title": "2026-06-11 BRICOUT Barbara"
+            }
+          }
+        ],
+        "currentTab": 1
+      },
+      {
+        "id": "093b69f5907f4d4c",
+        "type": "tabs",
+        "dimension": 44.47717231222386,
+        "children": [
+          {
+            "id": "5a22d122169dedf7",
+            "type": "leaf",
+            "pinned": true,
+            "state": {
+              "type": "markdown",
+              "state": {
+                "file": "Résumé des tâches.md",
+                "mode": "source",
+                "source": false,
+                "backlinks": false
+              },
+              "pinned": true,
+              "icon": "lucide-file",
+              "title": "Résumé des tâches"
             }
           }
         ]
@@ -197,19 +240,9 @@
               "icon": "quote-glyph",
               "title": "References"
             }
-          },
-          {
-            "id": "6734703bbf1b5f03",
-            "type": "leaf",
-            "state": {
-              "type": "git-view",
-              "state": {},
-              "icon": "git-pull-request",
-              "title": "Source Control"
-            }
           }
         ],
-        "currentTab": 8
+        "currentTab": 7
       }
     ],
     "direction": "horizontal",
@@ -235,43 +268,43 @@
       "templater-obsidian:Templater": false
     }
   },
-  "active": "5a22d122169dedf7",
+  "active": "bd694dfa434e6a04",
   "lastOpenFiles": [
-    "Thèse/Axes/Phylogénie/SBM avec covariance multinomiale probit.md",
-    "Thèse/Axes/Phylogénie/SBM avec covariance latente.md",
-    "Résumé des tâches.md",
-    "Thèse/StateOfTheR/HappyR/2026-05-29 MLOps en Python.md",
     "Thèse/Packages/R/colSBM.md",
-    "Thèse/Projets annexes/VGAE avec (Gromov-)Wasserstein.md",
+    "Thèse/Séminaires/2026-06-11 BRICOUT Barbara.md",
-    "Thèse/Projets annexes/Applications colBiSBM pour impact pratiques agris sur interactions plantes pollinisateurs.md",
+    "Résumé des tâches.md",
-    "Thèse/Projets annexes/Application colBiSBM réseaux d'optimisation de NN.md",
+    "Thèse/Résolution des problèmes/Problème avec renv.md",
-    "Thèse/Projets annexes",
+    "Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md",
     "Thèse/Packages/R",
     "Thèse/Packages",
-    "public/index-listing.json",
+    "Thèse/Projets annexes/Application colBiSBM réseaux d'optimisation de NN.md",
-    "public/Thèse/Utile/Doranum.html",
+    "Thèse/Projets annexes/Applications colBiSBM pour impact pratiques agris sur interactions plantes pollinisateurs.md",
-    "public/Thèse/Utile",
+    "Thèse/TODO/2026-05-18.md",
-    "public/Thèse/TODO/2026-05-18.html",
+    "macros.tex.md",
-    "public/Thèse/TODO",
+    "Thèse/Lectures/local_macros.tex.md",
-    "public/Thèse/Séminaires/2026-06-09 FRANCHETERRE Blanche.html",
+    "Thèse/Projets annexes/VGAE avec (Gromov-)Wasserstein.md",
-    "public/Thèse/Séminaires/2026-05-21 CHENNETIER Guillaume.html",
+    "Thèse/Projets annexes",
+    "Thèse/Axes/Phylogénie/SBM avec covariance latente.md",
     "Thèse/Lectures/@quericBridgingMaximumLikelihood2026.md",
     "@quericBridgingMaximumLikelihood2026.md",
-    "Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md",
-    "Thèse/TODO/2026-05-18.md",
     "Thèse/Résumés séminaires.md",
     "Thèse/Séminaires/2026-06-09 VICTOR François.md",
     "Thèse/Séminaires/2026-06-09 FRANCHETERRE Blanche.md",
     "Perso/Tâches/2026-05-17.md",
+    "Thèse/Axes/projets-phylo.qmd",
     "Thèse/Tutoriel ABC.md",
     "Bienvenue.md",
     "Thèse/Lectures/@turnerTutorialApproximateBayesian2012.md",
     "Thèse/Lectures/@hronImputationMissingValues2010.md",
+    "Thèse/Axes/Phylogénie/SBM avec covariance multinomiale probit.md",
     "Thèse/Axes/Phylogénie/Phylogénie Papiers à regarder.md",
     "Perso/Tâches/Casque antibruit pour l'anniversaire de Kris.md",
-    "@boraCompressedSensingUsing2017.md",
+    "Thèse/StateOfTheR/HappyR/2026-05-29 MLOps en Python.md",
-    "Thèse/Groupes de travail/Modèles génératifs/VAE pour la régularisation de problème inverse.md",
+    "Thèse/StateOfTheR/HappyR/Sans titre",
-    "Thèse/Séminaires/2026-05-28 SILVA BERNARDES Juliana.md",
+    "Thèse/StateOfTheR/HappyR",
-    "Meta/Modèles/Séminaire_Template.md"
+    "Thèse/StateOfTheR",
+    "Thèse/Groupes de travail/Modèles génératifs",
+    "Thèse/Groupes de travail",
+    "public/index-listing.json"
   ]
 }

Thèse/Séminaires/2026-06-11 BRICOUT Barbara.md

@@ -0,0 +1,100 @@
+---
+tags:
+  - séminaire
+bibliography: ../these_ref.bib
+---
+
+:::{.callout-note title="Informations"}
+
+**Titre**:: Inferring the presence and abundance of rare species from scarce data
+
+**Speaker**:: Barbara Bricout
+
+**Lieu**:: AgroParisTech
+
+**Date**:: 2026-06-11
+
+**Contribution**:: 
+
+:::
+
+# Prise de notes
+
+## Contexte
+
+Oiseaux d'eau rares classés comme menacés.
+
+Comptage hivernaux en Afrique du Nord (lieu de migration pour passer l'hiver). Mais manque de moyen humains pour faire les comptages tous les ans, donc pas toutes les années.
+
+**Objectifs**:
+
+- Estimer la taille de pop
+- Donner une tendance
+
+## Données 
+
+Matrice d'abondance avec bcp de données manquantes, forte variance car espèce grégaires et bcp de 0 car espèces rares.
+
+Covariables spatiales par site
+
+Covariables temporelles par année 
+
+Covariables spatio-temporelles par site et par année 
+
+et des données socio-éco.
+
+**Mécanismes de données manquantes**: Hypo de données *Missing at random* (conditionnellement aux covariables qui sont complètes).
+
+$Y$ la matrice de comptage, $\Omega$ le masque données observées
+
+## Modèle ZI-PLN-PCA
+
+$$
+	Y_{ij} = (1-U_{ij})\delta_{0} + U_{ij} P(\exp(x_{ij}\beta+Z_{ij}))
+$$
+
+Estimation par l'ELBO avec masque sur les données manquantes pour faire l'optimisation uniquement sur les données observées.
+
+Normalité et variance sandwich pour les paramètres du modèle $\theta$ avec #M-estimateur.
+
+## Sur simulations à partir de jeux Franco-Italiens
+
+- Comparaison de modèles avec effets sites, effets années versus avec covariables et effets. => De meilleures covar expliquent mieux et font de meilleures imputations.
+- Variance fixé et plusieurs rapport de variance expliquée entre covariables et variables latentes => De meilleures covar permettent de faire une meilleure imputation.
+- Comparaison entre ZI et nonZI => Moins d'erreurs d'imputation avec ZI.
+- Analyse des Intervalles de prédiction
+
+## Illustration
+
+### sur le Fuligule Milouin
+
+Imputation sur 2023 : 4000 observés -> 35000 estimés
+
+1990 : ~80000 estimés
+
+Possible d'estimer la pente de décroissance avec la prise en compte de la variance.
+
+**Diminution significative de la probabilité de présence et de la population.**
+
+Décroissance de 3.4% depuis 1990.
+
+- Détection de point de rupture
+
+#### Significativité des covariables
+
+Sur le modèle sans effet site et année
+
+Signif cohérente avec l'aspect non côtier et plongeur du Fuligule.
+
+Anomalie de temp positive au printemps : favorable car plus de naissance
+
+Anomalie de temp positive en hiver : moins d'observation car moins nécessaire de migrer en Afrique Subsaharienne.
+
+**Lien entre la significativité des espèces**: Modélisation jointe des effets sur les espèces
+
+### Richesse spécifique : 
+
+- proba de présence sur site en tendance de diminution
+- abondance rupture de pente 
+
+## Ouverture sur communautés d'espèces