vault backup: 2026-06-12 11:43:53

Affected files:
.obsidian/workspace.json
Thèse/Axes/Phylogénie/Modèle mixte avec arbre phylogénétique.md
Thèse/Packages/R/colSBM.md
Thèse/Résolution des problèmes/vscode-R qui s'attache mal.md

.obsidian/workspace.json

@@ -48,8 +48,24 @@
               "icon": "lucide-file",
               "title": "Résumé des tâches"
             }
+          },
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+                "file": "Thèse/Packages/R/colSBM.md",
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+              "icon": "lucide-file",
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+            }
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@@ -252,11 +268,13 @@
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   "lastOpenFiles": [
-    "Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md",
-    "Résumé des tâches.md",
     "Thèse/Axes/Phylogénie/SBM avec covariance latente.md",
+    "Thèse/Résolution des problèmes/vscode-R qui s'attache mal.md",
+    "Thèse/Axes/Phylogénie/Modèle mixte avec arbre phylogénétique.md",
+    "Résumé des tâches.md",
+    "Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md",
     "Thèse/Axes/Phylogénie/Phylogénie Papiers à regarder.md",
     "Thèse/Packages/R/colSBM.md",
     "Thèse/Résumés séminaires.md",
@@ -283,8 +301,6 @@
     "Bienvenue.md",
     "Thèse/Lectures/@turnerTutorialApproximateBayesian2012.md",
     "Thèse/Lectures/@hronImputationMissingValues2010.md",
-    "Thèse/Axes/Phylogénie/SBM avec covariance multinomiale probit.md",
-    "Perso/Tâches/Casque antibruit pour l'anniversaire de Kris.md",
     "Thèse/StateOfTheR/HappyR/Sans titre",
     "Thèse/StateOfTheR/HappyR",
     "Thèse/StateOfTheR",

Thèse/Axes/Phylogénie/Modèle mixte avec arbre phylogénétique.md

@@ -0,0 +1,6 @@
+
+- [ ] Faire bibliographie: l'aspect modèle mixte et SBM
+
+# Idée
+
+Voir comment inclure un aspect modèle mixte dans le (bi)SBM en nourrissant les probabilités d'appartenance *a priori* de la phylogénie.

Thèse/Packages/R/colSBM.md

@@ -8,6 +8,16 @@ Implémentation en R des modèles #colSBM
     + [ ] (colSBM) Catégorielle
     + [ ] (colSBM) Gaussienne
     + [ ] (colSBM) Binomiale négative
+- [ ] Pour améliorer implémenter un hachage avec `rlang::hash`
+	- [ ] Comparer la vitesse entre le hachage et la méthode sans
+
+## Hachage
+
+1. Générer un hash dans fitBipartiteSBMPop à partir des matrices de tau et le rendre accessible depuis `$hash`
+2. Stocker une base des hash déjà rencontrés dans `bisbmpop`. 
+Approche moins 'flexible' que les ARIs met qui devrait permettre de gagner de la vitesse
+
+**Avantage**: Possible de passer la table de hachage à des sous-modèles ? Pour le partitionnement par exemple ?
 
 # Bugs
 
@@ -30,6 +40,4 @@ Exécution arrêtée
     + [x] Ajouter la même suppression pour discarded que pour compared ✅ 2026-06-11
 	- [x] Améliorer la fusion des runs pour conserver à chaque $(Q_1,Q_2)$ les modèles ⛔ 50v6w4 ✅ 2026-06-11
 	- [ ] Implémenter le nouveau merge dans le package et vérifier que tout fonctionne normalement
-	- [ ] Pour améliorer implémenter un hachage avec `rlang::hash` 🆔 50v6w4
-	- [ ] Comparer la vitesse entre le hachage et la méthode sans
 - [ ] Implémenter un test unitaire pour prévenir la régression ⛔ ckx0ew

Thèse/Résolution des problèmes/vscode-R qui s'attache mal.md

@@ -0,0 +1,35 @@
+La solution vient de Github de vscode-R [cette *issue*](https://github.com/REditorSupport/vscode-R/issues/1696#issuecomment-4553641300)
+
+Had the same issue after updating R from 4.5.2 to 4.6.0. `.vsc.attach()` could not be found anymore.
+
+The root cause is that R 4.6.0 no longer calls `.First.sys()` during startup. The extension's [init.R](cci:7://file:///C:/Users/meissnerto/.windsurf/extensions/reditorsupport.r-2.8.8-universal/R/session/init.R:0:0-0:0) relies on overwriting `.First.sys` to initialize the session watcher, so the attach function never gets defined.
+
+Fix that worked for me (in [init.R](cci:7://file:///C:/Users/meissnerto/.windsurf/extensions/reditorsupport.r-2.8.8-universal/R/session/init.R:0:0-0:0) of the extension, for me located at `~/.windsurf/extensions/reditorsupport.r-2.8.8-universal/R/session/init.R`):
+
+1. Change the assign call from `.First.sys` to `.First`:
+
+```r
+- assign(".First.sys", init_last, envir = globalenv())
++ assign(".First", init_last, envir = globalenv())
+```
+
+2. Remove the old.First.sys lines:
+
+```r
+- old.First.sys <- .First.sys
+```
+
+and inside `init_last`:
+
+```r
+- old.First.sys()
+```
+
+3. Update the cleanup at the end of init_last:
+
+```r
+- rm(".First.sys", envir = globalenv())
++ rm(".First", envir = globalenv())
+```
+
+After restarting the R terminal everything attaches correctly again. This should probably be patched in the extension since R 4.6.0 deprecated `.First.sys`entirely.