Louis Lacoste
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Affected files: .obsidian/types.json .obsidian/workspace.json Thèse/Articles/Review papier colBiSBM.md Thèse/Axes/Phylogénie/SBM avec covariance latente.md Thèse/Projets annexes/Application colBiSBM réseaux d'optimisation de NN.md Thèse/Projets annexes/Applications colBiSBM pour impact pratiques agris sur interactions plantes pollinisateurs.md Thèse/Projets annexes/VGAE avec (Gromov-)Wasserstein.md Thèse/Résolution des problèmes/Problème avec renv.md
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title: Pour application du modèle colBiSBM sur données interaction PP et pratiques agricoles
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categories:
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- application
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- agricole
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- graphe
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- collection
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- lbm
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- sbm
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author:
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- Louis Lacoste
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- Alizée Geffroy
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- Jean Cohen
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{{< include /_macros.tex >}}
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# TODO
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- [ ] Écrire un script pour télécharger les données des diverses sources
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- [ ] Écrire un script de prétraitement des données pour les mettre au bon format
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- [ ] Appliquer colBiSBM sur les réseaux
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# Idée de l'application
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En discutant avec Alizée et grâce aux ressources de la [section "Liens" données par Jean](#liens) possible d'essayer de voir l'impact sur la structure des réseaux plantes-pollinisateurs des pratiques agricoles autour des espaces de pollinisation.
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# Point à éclaircir
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1. Quels réseaux plantes-pollinisateurs choisir, où les trouver ? Besoin de réseaux en France pour la facilité.
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2. Faut-il utiliser les covariables seulement de manière *post-hoc* pour corréler avec le *clustering* de réseaux obtenus ?
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3. Comment encoder les covariables ?
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- Est-ce que je les mets sous forme de pourcentage dans un *buffer* (quel rayon ?) comme Jean ? Alors problèmes inhérents aux données compositionnelles mais facilité d'exécution ?
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- Quelle distance considérer pour l'impact des pratiques agricoles, distance variables par pollinisateurs en soit ? Besoin de connaissances expertes.
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- Besoin d'homogénéiser les échelles ? Ou a minima d'en choisir une ou plusieurs à considérer pour les covariables ?
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- Gestion de gros tableaux de données pas simple.
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1. **Le temps ???**
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# Liens
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CORINE Land Cover et extraction en R
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Très gros grain :
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<https://fr.wikipedia.org/wiki/Corine_Land_Cover> et le package de Jean pour l'extraction des *buffers* de types d'utilisation des sols :
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<https://github.com/jean-cohen/corine.land.cover.landuse.extraction>
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Les cartes de données :
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- Carte du Bio et des types de cultures échelle parcelle : <https://www.agencebio.org/cartobio/>
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- Échelle code postal, achat de phytosanitaires : <https://ventes-produits-phytopharmaceutiques.eaufrance.fr/>
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- Thèse de Milena Cairo, classification des parcelles selon les pratiques en pesticides : <https://theses.hal.science/tel-05038286>
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- Recensement des parcelles et du type de culture : <https://cartes.gouv.fr/rechercher-une-donnee/dataset/IGNF_RPG?redirected_from=geoservices.ign.fr>
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