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Finir le papier : Finir le papier :
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Louis Lacoste Louis Lacoste
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37
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<meta name="author" content="Louis Lacoste"> <meta name="author" content="Louis Lacoste">
<title>Bilan semaine 41 2025 : 06 octobre - 10 octobre – Suivi de la thèse</title> <title>Bilan semaine 43 2025 : 20 octobre - 24 octobre – Suivi de la thèse</title>
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<h1 class="title">Bilan semaine 41 2025 : 06 octobre - 10 octobre</h1> <h1 class="title">Bilan semaine 43 2025 : 20 octobre - 24 octobre</h1>
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<div class="quarto-title-meta-heading">Date de publication</div> <div class="quarto-title-meta-heading">Date de publication</div>
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<p class="date">6 octobre 2025</p> <p class="date">20 octobre 2025</p>
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<p class="date-modified">6 octobre 2025</p> <p class="date-modified">22 octobre 2025</p>
</div> </div>
</div> </div>
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<li><p>Finir le papier :</p> <li><p>Finir le papier :</p>
<ul> <ul>
<li>Re-structurer le plan, mon plan, Donnet et Barbillon, échelle méso et comparaison inter réseau et noeuds non partagés.</li> <li>Re-structurer le plan, mon plan, Donnet et Barbillon, échelle méso et comparaison inter réseau et noeuds non partagés.</li>
<li>Écrire en annexe le BIC-L, faire attention à ajouter l’entropie à la toute fin en mentionnant</li> <li>✅ Écrire en annexe le BIC-L, faire attention à ajouter l’entropie à la toute fin en mentionnant</li>
<li>Fusionner VGAE et information transfer (missing links seulement) donc refaire tourner sur même données qu’en R. A adapter pour Python et pouvoir intégrer dans la figure. (raccourcit)</li> <li>⌛ Fusionner VGAE et information transfer (missing links seulement) donc refaire tourner sur même données qu’en R. A adapter pour Python et pouvoir intégrer dans la figure. (raccourcit). En train de reproduire les résultats, AUC stable autour de 0.7</li>
<li>Remplacer <em>Information tranfer on simu</em> par Network partitioning.</li> <li>Remplacer <em>Information tranfer on simu</em> par Network partitioning.</li>
<li>Écrire le poster avec un titre aguicheur “Are my pollinators your pollinators: …”</li> <li>⌛ Écrire le poster avec un titre aguicheur “Are my pollinators your pollinators: …”: Commencé contenu à déterminer avec Pierre et Sophie</li>
</ul></li> </ul></li>
<li><p>Maitriser graphtools de Peixoto pour essayer d’utiliser l’arbre taxonomique sur graphe de cooccurence inférer par SparCC</p></li> <li><p>Maitriser graphtools de Peixoto pour essayer d’utiliser l’arbre taxonomique sur graphe de cooccurence inférer par SparCC</p></li>
<li><p>Maitriser SparCC</p></li> <li><p>Maitriser SparCC</p></li>
<li><p>Faire LBM sur niveau taxonomique grossier, initialiser avec le résultat pour un niveau plus fin et ainsi de suite.</p></li> <li><p>Faire LBM sur niveau taxonomique grossier, initialiser avec le résultat pour un niveau plus fin et ainsi de suite.</p></li>
<li><p>Clustering unipartite j’ai cassé une fonction de distance à vérifier et réparer</p></li> <li><p>Clustering unipartite j’ai cassé une fonction de distance à vérifier et réparer</p></li>
<li><p>Idée clustering unipartite graphes des métros</p> </ul>
<!-- - Idée clustering unipartite graphes des métros
<div class="embed-container"> <div class="embed-container">
<p><iframe src="https://csun.uic.edu/wp-content/uploads/sites/1080/2023/12/pdf_7.pdf" width="100%" height="475px" style="position: relative;"> </iframe></p> <iframe src="https://csun.uic.edu/wp-content/uploads/sites/1080/2023/12/pdf_7.pdf" width=100% height="475px" style="position: relative;">
</div></li> </iframe>
<li><p>Pour clustering de collections sur données <del>réelles</del> :<br> </div> -->
→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs <span class="math inline">(Q_1,Q_2)</span>.</p> <ul>
<li>Pour clustering de collections sur données <del>réelles</del> :<br>
→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes valeurs <span class="math inline">(Q_1,Q_2)</span>.
<ul> <ul>
<li>❓Je n’arrive plus à reproduire le bug pour l’inférence…</li> <li>❓Je n’arrive plus à reproduire le bug pour l’inférence…</li>
<li>😫 bug encore. S’assurer que ça marche et relancer</li> <li>😫 bug encore. S’assurer que ça marche et relancer</li>
</ul></li> </ul></li>
<li><p>⌛ A Roscoff avec Julie et Pierre nous avons constaté que c’était l’extraction des dyades pour le calcul des métriques qui était incorrecte. Maintenant c’est corrigé et ça fonctionne ! En fait je donne tous les degrés donc le GNN a juste à retrouver les arêtes non vues.Revérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant Pour corriger cet effet :</p> <li>⌛ A Roscoff avec Julie et Pierre nous avons constaté que c’était l’extraction des dyades pour le calcul des métriques qui était incorrecte. Maintenant c’est corrigé et ça fonctionne ! En fait je donne tous les degrés donc le GNN a juste à retrouver les arêtes non vues.Revérifier que j’entraîne correctement le VGAE car résultats de généralisation trop bons sur les autres réseaux Doré, ce qui est étonnant Pour corriger cet effet :
<ul> <ul>
<li>Donner la matrice identité comme features</li> <li>Donner la matrice identité comme features</li>
<li>Corriger les degrés calculés.</li> <li>Corriger les degrés calculés.</li>
</ul></li> </ul></li>
<li><p>⚠️ Discuter intersection simulations</p></li> <li>⚠️ Discuter intersection simulations</li>
<li><p>Clustering sur Doré :</p> <li>Clustering sur Doré :
<ul> <ul>
<li>Regarder pour les couples date+nom les études et le nombre de réseaux analysables (Possible demander à Élisa) <li>Regarder pour les couples date+nom les études et le nombre de réseaux analysables (Possible demander à Élisa)
<ul> <ul>
@ -295,8 +298,8 @@ window.Quarto = {
<li>Clusteriser sur la base des noms et voir parmi les réseaux Européens (désagrégés ?)</li> <li>Clusteriser sur la base des noms et voir parmi les réseaux Européens (désagrégés ?)</li>
<li>Si M &gt; 10, alors voir si je retrouve les mêmes résultats que dans les études.</li> <li>Si M &gt; 10, alors voir si je retrouve les mêmes résultats que dans les études.</li>
</ul></li> </ul></li>
<li><p>Regarder les codes Mangal database pour <span class="math inline">\delta</span></p></li> <li>Regarder les codes Mangal database pour <span class="math inline">\delta</span></li>
<li><p>Voir <span class="math inline">\delta</span> mais additif</p></li> <li>Voir <span class="math inline">\delta</span> mais additif</li>
</ul> </ul>
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