Journal suivi de la thèse

Auteur·rice

Affiliation

Louis Lacoste

MIA Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, Université Paris-Saclay

Date de publication

7 mai 2026

Modifié

7 mai 2026

Agenda

1 Base de connaissances et trucs en vrac

Pour application du modèle colBiSBM sur données interaction PP et pratiques agricoles

application

agricole

graphe

collection

lbm

sbm

En discutant avec Alizée et grâce aux ressources de la section “Liens” données par Jean possible d’essayer de voir l’impact sur la structure des réseaux…

Variational Graph AutoEncoder with Wasserstein

convolution

machine learning

vae

graphes

Suite à la discussion avec Julian j’inscris ce que l’on s’est dit.

Idées autour de l’inclusion de la phylogénie

phylogénie

graphes

lbm

sbm

Dans le 3e axe de ma thèse nous souhaitons inclure de l’information phylogénétique dans l’estimation de la structure des réseaux d’interaction microbiens.

2 Journaux

Bilan semaine 9 2026 : 16 mars - 20 mars

colBiSBM

inférence

GNN

Clustering unipartite j’ai cassé une fonction de distance à vérifier et réparer

Bilan semaine 9 2026 : 23 février - 27 février

colBiSBM

inférence

GNN

Clustering unipartite j’ai cassé une fonction de distance à vérifier et réparer

Bilan semaine 7 2026 : 09 février - 13 février

colBiSBM

inférence

GNN

covariables

identifiabilité

Clustering unipartite j’ai cassé une fonction de distance à vérifier et réparer

Bilan semaine 8 2026 : 16 février - 20 février

colBiSBM

inférence

GNN

Clustering unipartite j’ai cassé une fonction de distance à vérifier et réparer

Bilan semaine 6 2026 : 02 février - 06 février

colBiSBM

inférence

GNN

Petites opérations sur les OTUs (regarder la matrice dans les yeux):

Bilan semaine 51 2025 : 15 décembre - 19 décembre

colBiSBM

inférence

GNN

✅ C’est fait Passer version article flat dans Gitlab du papier et nettoyer au minimum sur une branche clean.

Bilan semaine 50 2025 : 08 décembre - 12 décembre

colBiSBM

inférence

GNN

⚠️ IL Y A UNE TYPO SUR LE SIGNE DE L’ENTROPIE POUR LE PAPIER: - \mathcal{H} au lieu de +\mathcal{H}

Bilan semaine 45 2025 : 03 novembre - 06 novembre

colBiSBM

inférence

GNN

Finir le papier :

Bilan semaine 44 2025 : 27 octobre - 31 octobre

colBiSBM

inférence

GNN

Finir le papier :

Bilan semaine 43 2025 : 20 octobre - 24 octobre

colBiSBM

inférence

GNN

Finir le papier :

Bilan semaine 38 2025 : 15 septembre - 19 septembre

colBiSBM

inférence

GNN

En Bernoulli pas de forme analytique non plus : Pour \alpha_{qr}: \sum_{m=1}^M \sum_{i=1}^{n_1^m} \sum_{j=1}^{n_2^m}…

Bilan semaine 35 2025 : 25 août - 29 août

colBiSBM

inférence

GNN

En Bernoulli pas de forme analytique non plus : Pour \alpha_{qr}: \sum_{m=1}^M \sum_{i=1}^{n_1^m} \sum_{j=1}^{n_2^m}…

Bilan semaine 33 2025 : 11 août - 15 août

colBiSBM

inférence

GNN

Pour clustering de collections sur données ~~réelles~~ :
→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes…

Bilan semaine 29 2025 : 15 juillet - 18 juillet

colBiSBM

inférence

GNN

Pour clustering de collections sur données ~~réelles~~ :
→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes…

Bilan semaine 28 2025 : 07 juillet - 11 juillet

colBiSBM

inférence

GNN

Pour clustering de collections sur données ~~réelles~~ :
→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes…

Bilan semaine 27 2025 : 30 juin - 4 juillet

colBiSBM

inférence

GNN

Pour clustering de collections sur données réelles :
→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes…

Bilan semaine 25 2025 : 16 juin - 20 juin

colBiSBM

inférence

GNN

Pour clustering de collections sur données réelles :
→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes…

Bilan semaine 24 2025 : 10 juin - 13 juin

colBiSBM

inférence

GNN

✅ Il y avait un bug dans la fenêtre glissant où la condition d’arrêt quand le BICL n’augmentait plus était mal détectée. Corrigé

Bilan semaine 22 2025 : 26 mai - 30 mai

colBiSBM

inférence

GNN

Pour clustering de collections sur données réelles :
→ L’intuition de Pierre semble être confirmé, les dissimilarités semblent arrêter de varier sensiblement pour de grandes…

Bilan semaine 21 2025 : 26 mai - 30 mai

colBiSBM

inférence

GNN

✅ Corriger pour les simus dans l’article : écrire N = \#\text{ de répétitions}

Bilan semaine 20 2025 : 12 mai - 16 mai

colBiSBM

inférence

GNN

Pour clustering de collections sur données réelles :

Bilan semaine 19 2025 : 5 mai - 9 mai

colBiSBM

inférence

Débugguer les simulations :

Bilan semaine 18 2025 : 28 avril - 2 mai

colBiSBM

inférence

Lire biblio fournie Julie, Inférence de réseaux : co-occurence

Bilan semaine 17 2025 : 24 avril - 25 avril

colBiSBM

Relire intro St Clair

Bilan semaine 16 2025

colBiSBM

Relire intro St Clair

Bilan semaine 15 2025 : 31 mars-4 avril

colBiSBM

Relire intro St Clair

Bilan semaine 14 2025 : 24-28 mars

colBiSBM

Relire intro St Clair

Bilan semaine 13 2025 : 17-21 mars

colBiSBM

Cette semaine j’ai :