Louis Lacoste
cbe404670f
Affected files: .obsidian/workspace.json Thèse/Axes/Phylogénie/Modèle mixte avec arbre phylogénétique.md Thèse/Packages/R/colSBM.md Thèse/Résolution des problèmes/vscode-R qui s'attache mal.md
43 lines
1.9 KiB
Markdown
43 lines
1.9 KiB
Markdown
Implémentation en R des modèles #colSBM
|
|
|
|
# Améliorations
|
|
|
|
- [ ] Ajouter les checks d'identifiabilité dans le package en tant que fonctions appellables
|
|
- [ ] Généraliser la manière de stocker et travailler avec différents modèles
|
|
- [ ] Implémenter les estimations pour les distributions ⛔ 417egt
|
|
+ [ ] (colSBM) Catégorielle
|
|
+ [ ] (colSBM) Gaussienne
|
|
+ [ ] (colSBM) Binomiale négative
|
|
- [ ] Pour améliorer implémenter un hachage avec `rlang::hash`
|
|
- [ ] Comparer la vitesse entre le hachage et la méthode sans
|
|
|
|
## Hachage
|
|
|
|
1. Générer un hash dans fitBipartiteSBMPop à partir des matrices de tau et le rendre accessible depuis `$hash`
|
|
2. Stocker une base des hash déjà rencontrés dans `bisbmpop`.
|
|
Approche moins 'flexible' que les ARIs met qui devrait permettre de gagner de la vitesse
|
|
|
|
**Avantage**: Possible de passer la table de hachage à des sous-modèles ? Pour le partitionnement par exemple ?
|
|
|
|
# Bugs
|
|
|
|
## Merging models vapply
|
|
|
|
Je rencontre un bug que j'ai fréquemment eu sur Migale:
|
|
|
|
```
|
|
Merging the 3 modelsErreur dans vapply(models_comparison, function(model) model$BICL, FUN.VALUE = 0.1) :
|
|
values must be length 1,
|
|
but FUN(X[[2]]) result is length 0
|
|
Appels : lapply -> FUN -> <Anonymous> -> vapply
|
|
De plus : Il y a eu 50 avis ou plus (utilisez warnings() pour voir les 50 premiers)
|
|
Exécution arrêtée
|
|
```
|
|
|
|
- [ ] Essayer de reproduire l'erreur de `vapply` pour la réparer 🆔 ckx0ew
|
|
+ Elle semble lier au fait d'ajouter des modèles `NULL`
|
|
+ [x] Modulariser la fonction de fusion des réseaux pour pouvoir implémenter le test unitaire ✅ 2026-06-11
|
|
+ [x] Ajouter la même suppression pour discarded que pour compared ✅ 2026-06-11
|
|
- [x] Améliorer la fusion des runs pour conserver à chaque $(Q_1,Q_2)$ les modèles ⛔ 50v6w4 ✅ 2026-06-11
|
|
- [ ] Implémenter le nouveau merge dans le package et vérifier que tout fonctionne normalement
|
|
- [ ] Implémenter un test unitaire pour prévenir la régression ⛔ ckx0ew
|