polarolouis/these-recap-hebdo
1
0
Fork 0
Code Issues Pull requests Projects Releases Packages Wiki Activity Actions

Détails hypo poisson

Browse source
This commit is contained in:
Louis 2025-12-23 13:43:02 +01:00
parent b011e6d08b
commit 2fa9438bcc
1 changed files with 3 additions and 1 deletions
Show stats Download patch file Download diff file Expand all files Collapse all files

4
suivi/2025-51/2025-51.qmd
View file

@ -18,7 +18,9 @@ bibliography: references.bib
- Petites opérations sur les OTUs (regarder la matrice dans les yeux): - Petites opérations sur les OTUs (regarder la matrice dans les yeux):
- Ranger les OTUs par variances (i.e. `sd(OTU_j)`) - Ranger les OTUs par variances (i.e. `sd(OTU_j)`)
- Dessiner les graphiques : $\Var[OTU] = f(\Esp[OTU]), \frac{\Var[OTU]}{\Esp[OTU]^2} = f(\Esp[OTU])$ et $\frac{\Var[OTU]}{\Esp[OTU]} = f(\Esp[OTU]) (\approx 1)$ si les données suivent une loi de Poisson. - ✅ **Dans un RMD sur Human Microbiome Compendium** Dessiner les graphiques : $\Var[OTU] = f(\Esp[OTU]), \frac{\Var[OTU]}{\Esp[OTU]^2} = f(\Esp[OTU])$ et $\frac{\Var[OTU]}{\Esp[OTU]} = f(\Esp[OTU]) (\approx 1)$ si les données suivent une loi de Poisson.
- HMC sur-dispersés (au-dessus bissectrice)
- Enterotype phyloseq sous-disp
- Regarder la proportion de 1. taxon rares, 2. zeros. - Regarder la proportion de 1. taxon rares, 2. zeros.
- Faire des coupures selon niveaux taxonomiques et regarder si $\Var_{\text{intra}} \approx \Var_{\text{inter}}$ - Faire des coupures selon niveaux taxonomiques et regarder si $\Var_{\text{intra}} \approx \Var_{\text{inter}}$
- *Bonus*: faire ça dans qmd et voir si forge permet gitlab pages - *Bonus*: faire ça dans qmd et voir si forge permet gitlab pages