polarolouis/these-recap-hebdo
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Louis 2025-12-23 13:43:02 +01:00
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suivi/2025-51/2025-51.qmd
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@ -18,7 +18,9 @@ bibliography: references.bib
- Petites opérations sur les OTUs (regarder la matrice dans les yeux):
- Ranger les OTUs par variances (i.e. `sd(OTU_j)`)
- Dessiner les graphiques : $\Var[OTU] = f(\Esp[OTU]), \frac{\Var[OTU]}{\Esp[OTU]^2} = f(\Esp[OTU])$ et $\frac{\Var[OTU]}{\Esp[OTU]} = f(\Esp[OTU]) (\approx 1)$ si les données suivent une loi de Poisson.
- ✅ **Dans un RMD sur Human Microbiome Compendium** Dessiner les graphiques : $\Var[OTU] = f(\Esp[OTU]), \frac{\Var[OTU]}{\Esp[OTU]^2} = f(\Esp[OTU])$ et $\frac{\Var[OTU]}{\Esp[OTU]} = f(\Esp[OTU]) (\approx 1)$ si les données suivent une loi de Poisson.
- HMC sur-dispersés (au-dessus bissectrice)
- Enterotype phyloseq sous-disp
- Regarder la proportion de 1. taxon rares, 2. zeros.
- Faire des coupures selon niveaux taxonomiques et regarder si $\Var_{\text{intra}} \approx \Var_{\text{inter}}$
- *Bonus*: faire ça dans qmd et voir si forge permet gitlab pages